maqview - Dalam talian di Awan

JADUAL:

NAMA

Maqview - pengindeks penjajaran Maq dan pemapar

SINOPSIS

maqindex -i|-v|-b [-c dalam.cns] dalam.peta [b.c[:permulaan[-akhir]] [...]]

maqview [-c dalam.cns] dalam.peta

DESCRIPTION

Maqview ialah satu set atur cara yang mencapai akses rawak pantas kepada fail penjajaran
dihasilkan oleh `maks map', dan memaparkan penjajaran dengan GUI yang bagus (Graphical User
Antara muka). Ia sangat cekap dalam kelajuan, memori dan penggunaan cakera. Maqview berdasarkan
OpenGL dan diketahui berfungsi pada Mac OS X dan Linux. Memindahkan ke Windows pada dasarnya
mudah.

maqindex
maqindex -i|-v|-b [-c dalam.cns] dalam.peta [b.c[:permulaan[-akhir]] [...]]

-i Indeks fail penjajaran

-v Cetak penjajaran dalam kawasan yang ditentukan dalam format `maq mapview'

-b Buang penjajaran dalam kawasan yang ditentukan dalam format .map binari

-c FAIL Indeks fail konsensus Maq untuk dilihat dalam maqview pada masa yang sama

Program maqindex mengindeks fail penjajaran maq dalam.peta atau cepat mendapatkan semula semua bacaan dalam
satu atau beberapa wilayah. Satu daripada -i, -v and -b mesti digunakan. Untuk -v or -b, sekurang-kurangnya satu
rantau seperti `chrX', `chrX:1000' atau `chrX:1,000-2,000' mesti dinyatakan. Berbilang wilayah
adalah dibenarkan.

maqview
maqview [-c dalam.cns] dalam.peta

-c FAIL Fail konsensus Maq

Program maqview memaparkan penjajaran baca dalam tetingkap grafik. Bila dalam.cns is
dinyatakan, urutan teratas adalah rujukan, diikuti oleh urutan konsensus Maq;
jika tidak, konsensus peraturan majoriti akan dikira.

Maqview mempunyai dua pandangan: paparan jujukan dan paparan kotak. Dalam paparan jujukan, baca jujukan
akan dicetak pada skrin. Pangkalan yang lebih gelap menunjukkan kualiti asas yang lebih rendah dan yang merah
tunjukkan perbezaan berbanding rujukan jika dalam.cns dinyatakan atau kepada
konsensus peraturan majoriti jika tidak. Dalam paparan kotak, pelbagai jenis nukleotida adalah
diwakili sebagai kotak warna dengan hijau untuk A, cyan untuk C, oren untuk G, merah untuk T dan gelap
kelabu untuk N. Ketepuan warna menunjukkan kualiti asas dan garis ketebalan
bacaan menunjukkan kualiti pemetaan penjajaran bacaan. Zum masuk/keluar disokong sahaja
dalam paparan kotak. Dalam kedua-dua paparan, bar status di bahagian bawah tetingkap akan menunjukkan beberapa
maklumat tentang sentuhan utama, dan membaca nama dan kualiti asas yang ditunjukkan oleh tetikus.

Menavigasi penjajaran dicapai dengan pengikatan kunci yang sia-sia.

· Pengikatan kunci:

? Paparkan bantuan
Keluar
Paparan urutan
Pandangan kotak
p Tukar kepada urutan rujukan sebelumnya
n Tukar kepada urutan rujukan seterusnya
r Segarkan semula

Bergerak ke kedudukan yang ditunjukkan oleh
h / Bergerak ke kiri dengan satu pangkalan
l / Bergerak ke kanan dengan satu pangkalan
k / Bergerak ke atas dengan satu baris
j / Bergerak ke bawah dengan satu baris
> Beralih ke bacaan seterusnya
< Beralih ke bacaan sebelumnya
g / Beralih ke permulaan rujukan semasa
G / Beralih ke penghujung rujukan semasa
u / Bergerak ke kiri dengan satu halaman
/ Bergerak ke kanan dengan satu halaman
Bergerak sebanyak 100 pangkalan
Bergerak dengan 1000 pangkalan

+ Tambah paparan baharu
- Alih keluar paparan semasa

Togol hidupkan/matikan tatal automatik kanan
^b Togol hidup/mati tatal auto kiri
+ Zum masuk
- Zum keluar
0 Zum ke skala lalai
q Togol tunjukkan/sembunyikan kualiti pemetaan
e Togol paparan kualiti pemetaan SE/PE
o Buka fail penjajaran baharu

· Masukkan integer dan kemudian tekan untuk melompat ke kedudukan yang diperlukan.

· Masukkan integer dan kemudian tekan kekunci selain daripada untuk mempercepatkan menatal oleh
faktor yang ditentukan.

· Klik kiri dan seret pangkah kuning dalam petak untuk bergerak mengikut jujukan. Betul
klik rujukan untuk menyerlahkan lajur.

Gunakan maqview dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net