meryl - Dalam Talian di Awan

JADUAL:

NAMA

meryl - pengiraan dan utiliti kmer dalam dan luar teras

SINOPSIS

Anggaran memori keperluan
meryl -P -m kmersize [-c #] [-p] -s seq.fasta

meryl -P -m kmersize [-c #] [-p] -n barang dagangan

Bangunan a meja
meryl -B -m kmersize [-c #] [-p] [-v] [-f|-r|-C] [-L kejadian kecil] [-U maxoccurrence]
[-benang n | {-segmen segmen | -ingatan megabait} [-configbatch [-sge nama kerja]]]
-s seq.fasta -o tblprefix

meryl -countbatch nombor [-sgebuild "qsuboptionstring"] -o tblprefix

meryl -mergebatch nombor [-sgemerge "qsuboptionstring"] -o tblprefix

Persembahan operasi on a meja
meryl -M operasi [-v] -s tblprefix [-s tblprefix2 ...] -o output

Lambakan a meja
meryl -Dh -s tblprefix

meryl -Dt -n kiraan min -s tblprefix

DESCRIPTION

meryl mengira kandungan kmer bagi jujukan genomik. Kandungan Kmer diwakili sebagai a
senarai kmer dan bilangan kali setiap satu berlaku dalam jujukan input. kmer boleh
terhad kepada hanya kmer hadapan, hanya kmer belakang, atau kmer kanonik
(secara leksikografi lebih kecil daripada kmer hadapan dan belakang pada setiap lokasi). Meryl boleh
laporkan histogram kiraan, senarai kmer dan kiraan mereka, atau boleh melakukan
operasi matematik dan set pada fail data yang diproses.

Pengeluaran meryl ialah dua fail binari, dipanggil pangkalan data meryl, yang boleh dengan cepat
dibuang untuk memberikan histogram kiraan, atau kiraan sebenar. Perpustakaan C++ dibekalkan
untuk akses terus ke fail.

PILIHAN

-P Anggarkan keperluan ingatan. Diberi fail urutan (-s) atau had atas pada
bilangan mers dalam fail (-n), hitung saiz jadual (-t dalam binaan) untuk meminimumkan
penggunaan ingatan. Mod ini mengenali pilihan berikut:

-m # saiz mer (diperlukan)

-c # mampatan homopolimer (pilihan)

-p membolehkan jawatan

-s seq.fasta
Fail jujukan untuk diimbas untuk menentukan bilangan mers

-n # mengira params dengan mengandaikan fail dengan banyak mers di dalamnya

Hanya satu daripada -s, -n perlu dinyatakan. Jika kedua-duanya diberikan, -s mengutamakan.

-B Kirakan jadual mer-count yang diberi fail jujukan (-s) dan banyak parameter. Oleh
lalai, kedua-dua helai diproses.

-f hanya membina untuk helai hadapan

-r hanya bina untuk helai terbalik

-C gunakan mers kanonik (menganggap kedua-dua helai)

-L # JANGAN simpan mer yang berlaku kurang daripada # kali

-U # JANGAN simpan mer yang berlaku lebih daripada # kali

-m # saiz mer (diperlukan)

-c # mampatan homopolimer (pilihan)

-p membolehkan jawatan

-s seq.fasta
urutan untuk membina jadual untuk

-o tblprefix
awalan jadual keluaran

-v menghiburkan pengguna

. meryl proses boleh berjalan dalam satu kumpulan memori yang besar, dalam banyak kumpulan memori kecil,
atau di bawah kawalan SGE, semuanya dengan atau tanpa menggunakan berbilang teras CPU. Secara lalai,
pengiraan dilakukan sebagai satu proses berurutan yang besar. Operasi berbilang benang
adalah mungkin, dengan perbelanjaan memori tambahan, seperti operasi bersegmen, pada tambahan
Perbelanjaan I/O.

Diulirkan operasi
Bahagikan pengiraan kepada n bahagian yang hampir sama saiz. Ini menggunakan tambahan
h MB (dari -P) setiap utas.

-benang n
penggunaan n benang untuk dibina

bersegmen, berjujukan operasi
Pisahkan pengiraan kepada kepingan yang boleh muat tidak lebih daripada m MB
ingatan, atau ke dalam n keping bersaiz sama. Setiap bahagian dikira secara berurutan,
dan hasilnya digabungkan pada akhirnya. Hanya satu daripada -ingatan and -segmen is
diperlukan.

-ingatan m
gunakan paling banyak m MB memori setiap segmen

-segmen n
penggunaan n segmen

bersegmen, berkelompok operasi
Sama seperti berurutan, kecuali ini membolehkan setiap segmen dilaksanakan secara manual
selari. Hanya satu daripada -ingatan and -segmen diperlukan. Juga lihat
CONTOH bahagian pada halaman ini.

-ingatan m
gunakan paling banyak m MB memori setiap segmen

-segmen n
penggunaan n segmen

-configbatch
buat kumpulan

-countbatch n
menjalankan nombor kumpulan n

-mergebatch
gabungkan kelompok

Mod berkelompok boleh berjalan pada grid.

-sge nama kerja
nama kerja yang unik untuk pelaksanaan ini. Meryl akan menghantar kerja dengan nama
mpnama kerja, ncnama kerja, nmnama kerja, untuk fasa sediakan, kira dan cantumkan.

-sgebuild "pilihan"

-sgemerge "pilihan"
sebarang pilihan tambahan untuk qsub(1) (cth, "-p -153 -pe benang 2 -A
merylaccount") NB - -N akan diabaikan NB - pastikan anda memetik
pilihan

-M Diberi senarai jadual, lakukan operasi matematik, logik atau ambang. Melainkan
ditentukan, semua operasi mengambil sebarang bilangan pangkalan data. Operasi matematik ialah:

minit count ialah kiraan minimum untuk semua pangkalan data. Jika mer TIDAK wujud dalam
semua pangkalan data, mer mempunyai kiraan sifar, dan TIDAK dalam output.

wujud dengan galian
count ialah kiraan minimum untuk semua pangkalan data yang mengandungi mer

maks count ialah kiraan maksimum untuk semua pangkalan data

menambah count ialah jumlah kiraan untuk semua pangkalan data

sub kiraan ialah yang pertama tolak kedua (perduaan sahaja)

abs kiraan ialah nilai mutlak yang pertama tolak kedua (perduaan sahaja)

Operasi logik ialah:

and output mer jika ia wujud dalam semua pangkalan data

nand output mer jika ia wujud dalam sekurang-kurangnya satu, tetapi bukan semua, pangkalan data

or output mer jika ia wujud dalam sekurang-kurangnya satu pangkalan data

xor output mer jika ia wujud dalam bilangan pangkalan data yang ganjil

Operasi ambang adalah:

kurang daripada x
output mer jika ia mempunyai kiraan < x

kurang sama x
output mer jika ia mempunyai kiraan <= x

lebih besar daripada x
output mer jika ia mempunyai kiraan > x

lebih besar daripada sama x
output mer jika ia mempunyai kiraan >= x

sama x
output mer jika ia mempunyai kiraan == x

Operasi ambang berfungsi pada satu pangkalan data.

-s tblprefix
penggunaan tblprefix sebagai pangkalan data

-o tblprefix
cipta output ini

-v menghiburkan pengguna

-D Buang meja (bukan semua ini berfungsi)

-Dd Buang histogram jarak antara mer yang sama.

-Dt Dump mers >= ambang. guna -n untuk menentukan ambang.

-Dc Kira bilangan mer, mer berbeza dan mer unik.

-Dh Buang (untuk stdout) histogram kiraan mer.

-s Baca jadual kiraan dari sini (tinggalkan .mcdat atau .mcidx).

CONTOH

Batch penciptaan of a meja
Mulakan pengiraan dengan -configbatch, yang memerlukan semua pilihan binaan. Laksanakan semua
-countbatch pekerjaan, kemudian -mergebatch untuk disiapkan.

meryl -configbatch -B [pilihan] -o fail
meryl -countbatch 0 -o fail
meryl -countbatch 1 -o fail
...
meryl -countbatch N -o fail
meryl -mergebatch N -o fail

Gunakan meryl dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net