mia-2dmyomiles - Dalam Talian di Awan

JADUAL:

NAMA

mia-2dmyomiles - Jalankan pendaftaran siri imej 2D.

SINOPSIS

mia-2dmyomiles -i -o [pilihan]

DESCRIPTION

mia-2dmyomiles Program ini digunakan untuk menjalankan versi ubah suai berasaskan ICA
pendekatan pendaftaran yang diterangkan dalam Milles et al. 'Pembetulan Gerakan Automatik Sepenuhnya dalam
First-Pass Myocardial Perfusion MR Image Sequences', Trans. Med. pengimejan., 27(11),
1611-1621, 2008. Perubahan termasuk pengekstrakan pergerakan kuasi-berkala secara percuma
set data yang diperoleh secara bernafas dan pilihan untuk menjalankan pendaftaran affine atau rigid
daripada pengoptimuman terjemahan sahaja.

PILIHAN

Fail-IO
-i --in-file=(input, diperlukan); tali
set data perfusi input

-o --out-file=(output, diperlukan); tali
set data perfusi keluaran

-r --berdaftar=
pangkalan nama fail untuk fail berdaftar

--save-references=
simpan imej rujukan sintetik ke pangkalan fail ini

--save-crop=
simpan set imej yang dipangkas pada fail ini

--ciri-simpan=
simpan imej ciri yang terhasil daripada ICA dan beberapa imej perantaraan
digunakan untuk pembahagian RV-LV dengan pangkalan nama fail yang diberikan kepada fail PNG.
Simpan juga pekali pencampuran IC awal terbaik dan akhir
matriks.

Bantuan & Info
-V --verbose=amaran
verbositi output, cetak mesej tahap tertentu dan keutamaan yang lebih tinggi.
Keutamaan yang disokong bermula pada tahap terendah ialah:
maklumat ‐ Mesej tahap rendah
mengesan ‐ Surih panggilan fungsi
gagal ‐ Laporkan kegagalan ujian
amaran ‐ Amaran
kesilapan ‐ Laporkan ralat
debug ‐ Keluaran nyahpepijat
mesej ‐ Mesej biasa
maut ‐ Laporkan hanya kesilapan yang membawa maut

--hak cipta
mencetak maklumat hak cipta

-h --bantuan
cetak bantuan ini

-? --penggunaan
mencetak bantuan ringkas

--versi
cetak nombor versi dan keluar

ICA
-C --komponen=0
Komponen ICA 0 = anggaran automatik Komponen ICA 0 = automatik
anggaran

--normalkan
IC yang dinormalkan

--tidak-menyampah
jangan menanggalkan min daripada lengkung pencampuran

-g --teka
gunakan tekaan awal untuk perfusi miokardium

-s --segscale=1.4
segmen dan skala kotak tanaman di sekeliling segmen LV (0=tiada segmentasi) dan
skala kotak tanaman di sekeliling LV (0=tiada pembahagian)

-k --langkau=0
langkau imej pada permulaan siri seperti yang lain
modalitiesskip imej pada permulaan siri seperti yang lain
modaliti

-m --maks-ica-iter=400
bilangan lelaran maksimum dalam ICA bilangan lelaran maksimum dalam ICA

-E --segmethod=ciri
Kaedah pembahagian
puncak delta ‐ perbezaan imej peningkatan puncak
ciri-ciri ‐ imej ciri
ciri delta ‐ perbezaan imej ciri

Pemprosesan
--benang=-1
Bilangan maksimum benang untuk digunakan untuk pemprosesan, Nombor ini harus lebih rendah
atau sama dengan bilangan teras pemproses logik dalam mesin. (-1:
anggaran automatik).Bilangan maksimum benang untuk digunakan untuk pemprosesan,Ini
nombor hendaklah lebih rendah atau sama dengan bilangan teras pemproses logik
mesin itu. (-1: anggaran automatik).

Pendaftaran
-c --kos=ssd
kriteria pendaftaran

-O --optimizer=gsl:opt=simplex,step=1.0
Pengoptimum digunakan untuk peminimumkanOptimizer digunakan untuk peminimuman Untuk
pemalam yang disokong lihat PLUGINS:minimizer/singlecost

-f --transForm=tegar
jenis transformasi jenis transformasi Untuk pemalam yang disokong lihat
Plugin: 2dimage / mengubah

-l --mg-levels=3
peringkat berbilang resolusi peringkat berbilang resolusi

-R --rujukan=-1
Rujukan global semua imej harus diselaraskan. Jika ditetapkan kepada bukan negatif
nilai, imej akan diselaraskan dengan rujukan ini, dan output yang dipangkas
tarikh imej akan disuntik ke dalam imej asal. Bertolak pada -1 jika anda
tak kisah. Dalam kes ini semua imej dengan didaftarkan pada kedudukan min
rujukan pergerakanGlobal semua imej harus diselaraskan. Jika ditetapkan kepada a
nilai bukan negatif, imej akan diselaraskan dengan rujukan ini, dan
tarikh imej output yang dipangkas akan disuntik ke dalam imej asal. cuti
pada -1 jika anda tidak peduli. Dalam kes ini semua imej dengan didaftarkan kepada a
min kedudukan pergerakan

-P --lulus=2
pas pendaftaran pas pendaftaran

PEMAIN: 1d/splinebc

cermin Keadaan sempadan interpolasi spline yang mencerminkan sempadan

(tiada parameter)

mengulangi Keadaan sempadan interpolasi spline yang mengulangi nilai pada sempadan

(tiada parameter)

sifar Keadaan sempadan interpolasi spline yang menganggap sifar untuk nilai di luar

(tiada parameter)

PEMAIN: 1d/splinekernel

bspline Penciptaan kernel B-spline , parameter yang disokong ialah:

d = 3; int dalam [0, 5]
Ijazah spline.

omoms Penciptaan kernel OMoms-spline, parameter yang disokong ialah:

d = 3; int dalam [3, 3]
Ijazah spline.

PEMAIN: 2dimage/transform

diperhalusi Transformasi afine (enam darjah kebebasan), parameter yang disokong ialah:

imgboundary = cermin; kilang
keadaan sempadan interpolasi imej. Untuk pemalam yang disokong lihat
PLUGIN:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; kilang
kernel interpolator imej. Untuk pemalam yang disokong lihat
PLUGIN:1d/splinekernel

tegar Transformasi tegar (iaitu putaran dan terjemahan, tiga darjah daripada
kebebasan)., parameter yang disokong ialah:

imgboundary = cermin; kilang
keadaan sempadan interpolasi imej. Untuk pemalam yang disokong lihat
PLUGIN:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; kilang
kernel interpolator imej. Untuk pemalam yang disokong lihat
PLUGIN:1d/splinekernel

pusat reput = [[0,0]]; 2dfvector
Pusat putaran relatif, iaitu <0.5,0.5> sepadan dengan pusat
segi empat tepat sokongan.

putaran Transformasi putaran (iaitu putaran tentang pusat tertentu, satu darjah
kebebasan)., parameter yang disokong ialah:

imgboundary = cermin; kilang
keadaan sempadan interpolasi imej. Untuk pemalam yang disokong lihat
PLUGIN:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; kilang
kernel interpolator imej. Untuk pemalam yang disokong lihat
PLUGIN:1d/splinekernel

pusat reput = [[0,0]]; 2dfvector
Pusat putaran relatif, iaitu <0.5,0.5> sepadan dengan pusat
segi empat tepat sokongan.

spline Transformasi bentuk bebas yang boleh diterangkan oleh set pekali B-spline
dan inti B-spline asas., parameter yang disokong ialah:

anisorate = [[0,0]]; 2dfvector
kadar pekali anisotropik dalam piksel, nilai bukan positif akan menjadi
ditimpa oleh nilai 'kadar'..

imgboundary = cermin; kilang
keadaan sempadan interpolasi imej. Untuk pemalam yang disokong lihat
PLUGIN:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; kilang
kernel interpolator imej. Untuk pemalam yang disokong lihat
PLUGIN:1d/splinekernel

kernel = [bspline:d=3]; kilang
kernel spline transformasi.. Untuk pemalam yang disokong lihat
PLUGIN:1d/splinekernel

penalti = ; kilang
Penggal penalti transformasi. Untuk pemalam yang disokong lihat
PLUGINS:2dtransform/splinepenalty

kadar = 10; terapung dalam [1, inf)
kadar pekali isotropik dalam piksel.

menterjemah Terjemahan sahaja (dua darjah kebebasan), parameter yang disokong ialah:

imgboundary = cermin; kilang
keadaan sempadan interpolasi imej. Untuk pemalam yang disokong lihat
PLUGIN:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; kilang
kernel interpolator imej. Untuk pemalam yang disokong lihat
PLUGIN:1d/splinekernel

vf Pemalam ini melaksanakan transformasi yang mentakrifkan terjemahan untuk setiap satu
titik grid yang mentakrifkan domain transformasi., disokong
parameter ialah:

imgboundary = cermin; kilang
keadaan sempadan interpolasi imej. Untuk pemalam yang disokong lihat
PLUGIN:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; kilang
kernel interpolator imej. Untuk pemalam yang disokong lihat
PLUGIN:1d/splinekernel

PEMAIN: 2dtransform/splinepenalty

divcurl penalti divcurl pada transformasi, parameter yang disokong ialah:

curl = 1; terapung dalam [0, inf)
berat penalti pada curl.

div = 1; terapung dalam [0, inf)
berat penalti atas perbezaan.

norma = 0; bool
Tetapkan kepada 1 jika penalti harus dinormalisasi berkenaan dengan imej
saiz.

berat = 1; terapung dalam (0, inf)
berat tenaga penalti.

PEMAIN: minimizer/singlecost

gdas Turun kecerunan dengan pembetulan saiz langkah automatik., Parameter yang disokong ialah:

ftolr = 0; dua kali ganda dalam [0, inf)
Berhenti jika perubahan relatif kriteria di bawah..

max-step = 2; dua kali ganda dalam (0, inf)
Saiz langkah mutlak maksimum.

maksiter = 200; uint dalam [1, inf)
Kriteria berhenti: bilangan maksimum lelaran.

langkah min = 0.1; dua kali ganda dalam (0, inf)
Saiz langkah mutlak minimum.

xtola = 0.01; dua kali ganda dalam [0, inf)
Berhenti jika inf-norma perubahan yang digunakan pada x adalah di bawah nilai ini..

gdsq Turun kecerunan dengan anggaran langkah kuadratik, parameter yang disokong ialah:

ftolr = 0; dua kali ganda dalam [0, inf)
Berhenti jika perubahan relatif kriteria di bawah..

gtola = 0; dua kali ganda dalam [0, inf)
Berhenti jika inf-norma kecerunan adalah di bawah nilai ini..

maksiter = 100; uint dalam [1, inf)
Kriteria berhenti: bilangan maksimum lelaran.

skala = 2; dua kali ganda dalam (1, inf)
Penskalaan saiz langkah tetap mundur.

langkah = 0.1; dua kali ganda dalam (0, inf)
Saiz langkah awal.

xtola = 0; dua kali ganda dalam [0, inf)
Berhenti jika inf-norma x-update berada di bawah nilai ini..

gsl pemalam pengoptimum berdasarkan pengoptimum multimin Perpustakaan Saintifik GNU
(GSL) https://www.gnu.org/software/gsl/, parameter yang disokong ialah:

eps = 0.01; dua kali ganda dalam (0, inf)
pengoptimum berasaskan kecerunan: berhenti apabila |grad| < eps, simplex: berhenti apabila
saiz simplex < eps..

berulang = 100; uint dalam [1, inf)
bilangan maksimum lelaran.

pilih = gd; dict
Pengoptimum khusus untuk digunakan.. Nilai yang disokong ialah:
bfgs ‐ Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shann
bfgs2 ‐ Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shann (versi paling cekap)
cg-fr ‐ Algoritma kecerunan konjugat Flecher-Reeves
gd ‐ Keturunan kecerunan.
simplex ‐ Algoritma Simplex Nelder dan Mead
cg-pr ‐ Algoritma kecerunan konjugat Polak-Ribiere

langkah = 0.001; dua kali ganda dalam (0, inf)
saiz langkah awal.

push = 0.1; dua kali ganda dalam (0, inf)
beberapa parameter toleransi.

nlopt Algoritma peminimum menggunakan perpustakaan NLOPT, untuk penerangan tentang
pengoptimum sila lihat 'http://ab-
initio.mit.edu/wiki/index.php/NLopt_Algorithms', parameter yang disokong ialah:

ftola = 0; dua kali ganda dalam [0, inf)
Kriteria penghentian: perubahan mutlak nilai objektif adalah di bawah
nilai ini.

ftolr = 0; dua kali ganda dalam [0, inf)
Kriteria berhenti: perubahan relatif bagi nilai objektif adalah di bawah
nilai ini.

yang lebih tinggi = inf; berganda
Sempadan yang lebih tinggi (sama untuk semua parameter).

local-opt = tiada; dict
algoritma pengecilan tempatan yang mungkin diperlukan untuk utama
algoritma pengecilan.. Nilai yang disokong ialah:
gn-orig-direct-l ‐ Membahagi Segiempat (pelaksanaan asal,
berat sebelah tempatan)
gn-direct-l-noscal ‐ Membahagi Segi Empat (tidak berskala, berat sebelah setempat)
gn-isres ‐ Strategi Evolusi Kedudukan Stokastik yang dipertingkatkan
ld-tnewton ‐ Newton terpotong
gn-direct-l-rand ‐ Membahagi Segi empat tepat (pincang tempatan, rawak)
ln-newuoa ‐ Pengoptimuman Tanpa Kekangan Tanpa Derivatif secara Iteratif
Penghampiran Kuadratik Terbina
gn-direct-l-rand-noscale ‐ Membahagi Segi Empat (tidak berskala, setempat
berat sebelah, rawak)
gn-orig-direct ‐ Membahagi Segiempat (pelaksanaan asal)
ld-tnewton-precond ‐ Newton Terpenggal Prasyarat
ld-tnewton-restart ‐ Newton terpotong dengan mulakan semula menurun paling curam
gn-langsung ‐ Membahagi Segiempat
ln-neldermead ‐ Algoritma Nelder-Mead simplex
ln-cobyla ‐ Pengoptimuman Terkekang OLEH Penghampiran Linear
gn-crs2-lm ‐ Carian Rawak Terkawal dengan Mutasi Setempat
ld-var2 ‐ Metrik Pembolehubah Memori Terhad Beralih, Kedudukan 2
ld-var1 ‐ Metrik Pembolehubah Memori Terhad Beralih, Kedudukan 1
ld-mma ‐ Kaedah Menggerakkan Asimtot
ld-lbfgs-nocedal - Tiada
ld-lbfgs ‐ BFGS storan rendah
gn-direct-l ‐ Membahagi Segi empat tepat (pincang tempatan)
tiada ‐ jangan nyatakan algoritma
ln-bobyqa ‐ Pengoptimuman Terhad Terhad bebas terbitan
ln-sbplx ‐ Varian subplex Nelder-Mead
ln-newuoa-terikat ‐ Pengoptimuman terikat terikat bebas terbitan oleh
Penghampiran Kuadratik Dibina Secara Berulang
ln-praksis ‐ Pengoptimuman Tempatan tanpa kecerunan melalui Paksi-Principal
kaedah
gn-direct-noscal ‐ Membahagi Segi Empat (tidak berskala)
ld-tnewton-precond-restart ‐ Newton Terpenggal prasyarat dengan
mulakan semula turunan paling curam

yang lebih rendah = -inf; berganda
Sempadan bawah (sama untuk semua parameter).

maksiter = 100; int dalam [1, inf)
Kriteria berhenti: bilangan maksimum lelaran.

pilih = ld-lbfgs; dict
algoritma pengecilan utama. Nilai yang disokong ialah:
gn-orig-direct-l ‐ Membahagi Segiempat (pelaksanaan asal,
berat sebelah tempatan)
g-mlsl-lds ‐ Pautan Tunggal Berbilang Aras (jujukan percanggahan rendah,
memerlukan pengoptimuman dan sempadan berasaskan kecerunan tempatan)
gn-direct-l-noscal ‐ Membahagi Segi Empat (tidak berskala, berat sebelah setempat)
gn-isres ‐ Strategi Evolusi Kedudukan Stokastik yang dipertingkatkan
ld-tnewton ‐ Newton terpotong
gn-direct-l-rand ‐ Membahagi Segi empat tepat (pincang tempatan, rawak)
ln-newuoa ‐ Pengoptimuman Tanpa Kekangan Tanpa Derivatif secara Iteratif
Penghampiran Kuadratik Terbina
gn-direct-l-rand-noscale ‐ Membahagi Segi Empat (tidak berskala, setempat
berat sebelah, rawak)
gn-orig-direct ‐ Membahagi Segiempat (pelaksanaan asal)
ld-tnewton-precond ‐ Newton Terpenggal Prasyarat
ld-tnewton-restart ‐ Newton terpotong dengan mulakan semula menurun paling curam
gn-langsung ‐ Membahagi Segiempat
auglag-eq ‐ Algoritma Lagrangian ditambah dengan kekangan kesamaan
hanyalah
ln-neldermead ‐ Algoritma Nelder-Mead simplex
ln-cobyla ‐ Pengoptimuman Terkekang OLEH Penghampiran Linear
gn-crs2-lm ‐ Carian Rawak Terkawal dengan Mutasi Setempat
ld-var2 ‐ Metrik Pembolehubah Memori Terhad Beralih, Kedudukan 2
ld-var1 ‐ Metrik Pembolehubah Memori Terhad Beralih, Kedudukan 1
ld-mma ‐ Kaedah Menggerakkan Asimtot
ld-lbfgs-nocedal - Tiada
g-mlsl ‐ Pautan Tunggal Berbilang Peringkat (memerlukan pengoptimuman tempatan dan
sempadan)
ld-lbfgs ‐ BFGS storan rendah
gn-direct-l ‐ Membahagi Segi empat tepat (pincang tempatan)
ln-bobyqa ‐ Pengoptimuman Terhad Terhad bebas terbitan
ln-sbplx ‐ Varian subplex Nelder-Mead
ln-newuoa-terikat ‐ Pengoptimuman terikat terikat bebas terbitan oleh
Penghampiran Kuadratik Dibina Secara Berulang
auglag ‐ Algoritma Lagrangian tambahan
ln-praksis ‐ Pengoptimuman Tempatan tanpa kecerunan melalui Paksi-Principal
kaedah
gn-direct-noscal ‐ Membahagi Segi Empat (tidak berskala)
ld-tnewton-precond-restart ‐ Newton Terpenggal prasyarat dengan
mulakan semula turunan paling curam
ld-slsqp ‐ Pengaturcaraan Kuadratik Kuadrat Terkecil Berjujukan

langkah = 0; dua kali ganda dalam [0, inf)
Saiz langkah awal untuk kaedah bebas kecerunan.

berhenti = -inf; berganda
Kriteria berhenti: nilai fungsi jatuh di bawah nilai ini.

xtola = 0; dua kali ganda dalam [0, inf)
Kriteria penghentian: perubahan mutlak semua nilai-x berada di bawah ini
nilai.

xtolr = 0; dua kali ganda dalam [0, inf)
Kriteria penghentian: perubahan relatif semua nilai-x berada di bawah ini
nilai.

CONTOH

Daftarkan siri perfusi yang diberikan dalam 'segment.set' dengan menggunakan anggaran ICA automatik.
Langkau dua imej pada permulaan dan sebaliknya gunakan parameter lalai. Simpan
menghasilkan 'berdaftar.set'.

mia-2dmyomiles -i segmen.set -o berdaftar.set -k 2

AUTHOR(s)

Gert Wollny

HAKCIPTA

Perisian ini adalah Hak Cipta (c) 1999‐2015 Leipzig, Jerman dan Madrid, Sepanyol. Ia datang
dengan BENAR-BENAR TIADA WARANTI dan anda boleh mengagihkannya semula di bawah syarat-syarat GNU
LESEN AWAM AM Versi 3 (atau lebih baru). Untuk maklumat lanjut jalankan program dengan
pilihan '--hak cipta'.

Gunakan mia-2dmyomilles dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net