Ini ialah peta minima arahan yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
minimap - pemetaan pantas antara jujukan DNA yang panjang
SINOPSIS
minimap [-lSOV] [-k kmer] [-w winSize] [-I saiz kumpulan] [-d dumpFile] [-f occThres] [-r
lebar jalur] [-m minShared] [-c minCount] [-L minMatch] [-g maxGap] [-T habukThres] [-t
nBenang] [-x pratetap] sasaran.fa pertanyaan.fa > keluaran.paf
DESCRIPTION
Minimap ialah alat untuk mencari dengan cekap berbilang kedudukan pemetaan anggaran antara dua
set jujukan panjang, seperti antara genom bacaan dan rujukan, antara genom dan
antara bacaan bising yang panjang. Minimap mempunyai fasa pengindeksan dan pemetaan. Dalam pengindeksan
fasa, ia mengumpul semua peminimum bagi kumpulan besar jujukan sasaran dalam jadual cincang; dalam
fasa pemetaan, ia mengenal pasti gugusan yang baik bagi hits peminimum kolinear. Minimap tidak
tidak menjana penjajaran terperinci antara sasaran dan urutan pertanyaan. Ia sahaja
mengeluarkan anggaran permulaan dan koordinat akhir bagi kelompok ini.
PILIHAN
Pengindeksan pilihan
-k INT Minimizer panjang k-mer [15]
-w INT Saiz tetingkap peminimum [2/3 daripada panjang k-mer]. Minizer ialah k-mer terkecil
dalam tetingkap w k-mers berturut-turut.
-I NUM Muatkan paling banyak NUM pangkalan sasaran ke dalam RAM untuk pengindeksan [4G]. Jika terdapat lebih daripada
NUM pangkalan di sasaran.fa, minimap perlu membaca pertanyaan.fa beberapa kali untuk memetakannya
terhadap setiap kumpulan jujukan sasaran. NUM mungkin berakhir dengan k/K/m/M/g/G.
-d FAIL Buang indeks peminimum ke FAIL [tiada pembuangan]
-l Tunjukkan itu sasaran.fa sebenarnya adalah indeks peminimum yang dihasilkan oleh pilihan -d, Tidak
fail FASTA atau FASTQ.
Pemetaan pilihan
-f FLOAT Abaikan atas FLOAT pecahan daripada kebanyakan peminimum yang berlaku [0.001]
-r INT Anggaran lebar jalur untuk pengelompokan hits peminimum awal [500]. A peminimum
melanda ialah peminimum yang hadir dalam kedua-dua urutan sasaran dan pertanyaan. A peminimum
melanda kelompok ialah sekumpulan pukulan peminimum kolinear yang berpotensi antara sasaran
dan urutan pertanyaan.
-m FLOAT Gabungkan kelompok hit peminimum awal jika FLOAT atau pecahan pengecil yang lebih tinggi
dikongsi antara kelompok [0.5]
-c INT Kekalkan kelompok hit peminimum jika ia mengandungi INT atau lebih banyak hits peminimum [4]
-L INT Buang kelompok hit peminimum jika selepas penyelarasan, bilangan padanan
pangkalan adalah di bawah INT [40]. Pilihan ini terutamanya mengurangkan saiz output. Ia mempunyai
sedikit kesan pada kelajuan dan memori puncak.
-g INT Pisahkan kluster hit peminimum pada celah INT-bp atau lebih lama yang tidak mengandungi
mana-mana peminimum hits [10000]
-T INT Topeng kawasan pada urutan pertanyaan dengan ambang skor SDUST INT; 0 untuk melumpuhkan
[0]. SDUST ialah algoritma untuk mengenal pasti urutan kerumitan rendah. Bukan
didayakan secara lalai. Jika SDUST diutamakan, nilai antara 20 dan 25 ialah
disyorkan. Ambang yang lebih tinggi menutupi kurang urutan.
-S Lakukan pemetaan semua-vs-semua. Dalam mod ini, jika nama urutan pertanyaan ialah
leksikografi lebih besar daripada nama urutan sasaran, hits di antara mereka
akan ditindas; jika nama urutan pertanyaan adalah sama dengan nama sasaran,
hits peminimum pepenjuru juga akan ditindas.
-O Gugurkan hit peminimum jika ia jauh daripada hit lain (EKSPERIMEN). ini
pilihan berguna untuk memetakan kromosom panjang daripada dua spesies yang bercapah.
-x STR Menukar berbilang tetapan berdasarkan STR [tidak ditetapkan]. Adalah disyorkan untuk memohon
pilihan ini sebelum pilihan lain, supaya pilihan berikut mungkin mengatasi
berbilang tetapan yang diubah suai oleh pilihan ini.
ava10k untuk pemetaan baca PacBio atau Oxford Nanopore all-vs-all (-Sw5 -L100 -m0).
Input / output pilihan
-t INT Bilangan utas [3]. Minimap menggunakan paling banyak tiga utas semasa mengumpul
peminimum pada jujukan sasaran, dan menggunakan sehingga INT+1 utas apabila memetakan (the
benang tambahan adalah untuk I/O, yang kerap melahu dan mengambil sedikit masa CPU).
-V Cetak nombor versi ke stdout
OUTPUT FORMAT
Minimap output memetakan kedudukan dalam Format Pemetaan Berpasangan (PAF). PAF ialah TAB-
format teks terhad dengan setiap baris terdiri daripada sekurang-kurangnya 12 medan seperti yang diterangkan dalam
jadual berikut:
┌────┬────────┬─────────────────────────────────── ──────────────────────────┐
│Col │ Jenis │ Penerangan Produk │
├────┼────────┼─────────────────────────────────── ──────────────────────────┤
│ 1 │ rentetan │ Nama urutan pertanyaan │
│ 2 │ int │ Panjang jujukan pertanyaan │
│ 3 │ int │ Koordinat mula pertanyaan (berasaskan 0) │
│ 4 │ int │ Koordinat akhir pertanyaan (berasaskan 0) │
│ 5 │ char │ `+' jika pertanyaan dan sasaran pada helai yang sama; `-' jika bertentangan │
│ 6 │ rentetan │ Nama jujukan sasaran │
│ 7 │ int │ Panjang jujukan sasaran │
│ 8 │ int │ Koordinat mula sasaran pada helai asal │
│ 9 │ int │ Koordinat hujung sasaran pada helai asal │
│ 10 │ int │ Bilangan pangkalan yang sepadan dalam pemetaan │
│ 11 │ int │ Pangkalan nombor, termasuk jurang, dalam pemetaan │
│ 12 │ int │ Kualiti pemetaan (0-255 dengan 255 untuk tiada) │
└────┴────────┴─────────────────────────────────── ──────────────────────────┘
Apabila penjajaran tersedia, lajur 11 memberikan jumlah bilangan padanan jujukan,
ketidakpadanan dan jurang dalam penjajaran; lajur 10 dibahagikan dengan lajur 11 memberikan penjajaran
identiti. Oleh kerana minimap tidak menghasilkan penjajaran terperinci, kedua-dua lajur ini adalah
anggaran. PAF mungkin mempunyai medan tambahan dalam nilai kunci ditaip seperti SAM
format. Minimap menulis bilangan hit peminimum dalam kelompok pada teg cm.
Gunakan minimap dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
