Ini ialah arahan NEXUSnormalizer yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
NEXUSnormalizer - menulis semula fail NEXUS kepada standard keluar dengan lekukan yang konsisten dan
sintaks
DESCRIPTION
NEXUSnormalizer mengambil membaca fail dan menulis semula fail ke standard dengan konsisten
lekukan dan sintaks.
. yang paling biasa penggunaan is hanya:
NEXUSnormalizer
PILIHAN
-h pada baris arahan menunjukkan mesej bantuan ini
-q menyekat mesej status NCL semasa membaca fail
-lmembaca fail dan merawat setiap baris fail sebagai laluan ke fail NEXUS
-a keluaran AltNexus (tiada jadual terjemahan dalam pokok)
-x JANGAN sahkan label dalaman dalam pokok sebagai label taksa
-X JANGAN layan nombor dalam pokok sebagai nombor takson, layan mereka sebagai sewenang-wenangnya
label (tidak boleh digunakan dengan fail NEXUS).
-smengawal tahap ketegasan NEXUS.
tahap lalai adalah bersamaan dengan -s2 menyeru program dengan -s3 atau yang lebih tinggi
nombor akan menukar beberapa amaran kepada ralat maut. Berlari dengan -s1 akan menyebabkan
parser untuk menerima binaan berbahaya, dan berjalan dengan -s0 akan menyebabkan
parser membuat setiap percubaan untuk menyelesaikan menghurai fail (amaran tentang sangat serius
kesilapan).
Perhatikan bahawa bila -s0 tahap ketegasan digunakan, dan penghurai gagal menyelesaikannya
selalunya akan menjadi hasil daripada ralat yang lebih awal daripada ralat yang dilaporkan dalam
mesej terakhir.
-imenentukan panjang halaman bersilang untuk dibuat
-fmenentukan format fail input yang dijangkakan:
-fnexus
NEXUS (ini juga lalai)
-faafasta
Data asid amino dalam fasta
-fdnafasta
Data DNA dalam fasta
-frnafasta
Data RNA dalam fasta
Senarai lengkap nama format yang boleh mengikut -f bendera ialah:
nexus
dnafasta
aafasta
rnafasta
dnaphylip
rnaphylip
aaphylip
discretephylip
dnaphyliinterleaved
rnaphyliinterleaved
aaphiliinterleaved
discretephiliinterleaved
dnarelaxedphylip
rnarelaxedphylip
aarelaxedphylip
discreterelaxedphylip
dnarelaxedphyliinterleaved
rnarelaxedphyliinterleaved
arelaxedphyliinterleaved
discreterelaxedphyliinterleaved
dnaaln
rnaaln
aaaln
philiptree
relaxedphyliptree
nexml
DNAfin
aafin
rnafin
Gunakan NEXUSnormalizer dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
