predictprotein - Dalam talian di Awan

JADUAL:

NAMA

predictprotein - menganalisis urutan protein

SINOPSIS

predictprotein [--blast-processors] [--num-cpus|c] [--debug|d] [--help] [--make-file|m]
[--makedebug] [--man] [--kaedah] [--dryrun|n] [--numresmax] [--output-dir|o]
[--print-ext-method-map] [--profnumresmin] [--psicexe] [--prot-name|p] [--jujukan|seq|s]
[--seqfile] [--spkeyidx] [--target]* [--version|v] [--work-dir|w]

predictprotein [--bigblastdb] [--big80blastdb] [--pfam2db] [--pfam3db] [--prodomblastdb]
[--prositedat] [--prositeconvdat] [--swissblastdb]

predictprotein [--setacl|acl] [-- gabungan cache] [-- force-cache-store]
[-- use-cache]

DESCRIPTION

predictprotein menjalankan satu set kaedah analisis jujukan protein:

Standard kaedah
Kaedah ini dijalankan oleh sasaran lalai 'semua':

Halaman Lelaki Sambungan Sasaran Ciri
------- ------ --------- --------
mobiliti atom profbval profbval, profb4snap profbval(1)
transmem bakteria- proftmb proftmb, proftmbdat Proftmb(1)
tong beta brane
coiled-coils coiledcoils coils, coils_raw gegelung-bungkus(1)
gegelung(1)
jambatan disulfida disulfinder disulfinder disulfinder(1)
Istilah Ontologi Gen metastudent metastudent.BPO.txt, metapelajar(1)
metastudent.CCO.txt,
metastudent.MFO.txt
letupan letupan penjajaran tempatanPsiOutTmp, chk, blastpgp(1)
blastPsiMat,
letupanPsiAli,
blastpSwissM8 letupan(1)
kerumitan tempatan ncbi-seg segNorm, segNormGCG ncbi-seg(1)
norsp sekunder bukan biasa, sumNors norsp(1)
struktur
penyetempatan nuklear meramalkan nls, nlsDat, nlsSum predictnls(1)
Pfam scan hmmer v2 hmm2pfam hmm2pfam hmm2pfam(1)
Imbasan Pfam hmmer v3 hmm3pfam hmm3pfam, hmm3pfamTbl, hmmscan(1)
hmm3pfamDomTbl
PROSITE scan prosite prosite imbasan_prosite(1)
protein-protein profisis isis profisis(1)
tapak interaksi
struktur sekunder, prof profRdb Prof(1)
kebolehcapaian daripada
profil urutan
struktur sekunder, prof prof1Rdb Prof(1)
kebolehcapaian daripada
urutan tunggal
struktur sekunder, reprof reprof teguran(1)
kebolehcapaian daripada
urutan tunggal
transmembran phd phdPred, phdRdb Prof(1)
heliks
gelung tidak berstruktur norsnet norsnet norsnet(1)

Pilihan kaedah
Kaedah ini tidak boleh diagihkan semula atau bergantung pada perisian tidak boleh diagihkan semula (ditunjukkan
oleh '*'). Anda perlu memperoleh sendiri komponen yang tidak boleh diagihkan semula sebelum anda boleh
gunakan kaedah ini.

Kaedah ini dijalankan oleh sasaran 'pilihan'.

Halaman Lelaki Sambungan Sasaran Ciri
------- ------ --------- --------
kawasan bercelaru metadisorder mdisorder gangguan meta(1)
subselular loctree3 {arch,bact,euka}.lc3 loctree3(1)
tmhmm* tmhmm na
protein-RNA, somena somena somena(1)
protein-DNA
tapak interaksi
psik khusus kedudukan* psik, clustalngz psik(1),
kiraan bebas runNewPSIC(1),
dan asasnya berbilang clustalw(1)
penjajaran ple
heliks transmembran tmhmm tmhmm na
tmseg tmseg tmseg(1)
kawasan berfungsi consurf _consurf.grades melayari(1)

Sumber
Argumen baris Cmd pangkalan data
---------------------- -----------------
pangkalan data letupan besar (Uniprot+PDB) --bigblastdb
big_80 (besar @ 80% identiti jujukan --big80blastdb
tahap redunan) pangkalan data letupan
pangkalan data swiss blast --swissblastdb
pangkalan data pfam v2 --pfam2db
pangkalan data pfam v3 --pfam3db
prosite_convert.dat --prositeconvdat

Sumber khususnya pilihan sasaran

Argumen baris Cmd pangkalan data
---------------------- -----------------
pangkalan data letupan besar (Uniprot+PDB) --bigblastdb
prosite.dat --prositedat
Kata kunci-untuk-penyertaan Swiss-Prot --spkeyidx
'indeks' untuk loctree

Menjana Sumber
Dengan hormat dari Wiktor Jurkowski:

* rostlab-data-prosite_convert prosite.dat prosite_convert.dat
* perl /usr/share/loctree/perl/keyindex4loctree.pl < keyindex.txt > keyindex_loctree.txt
* hmmpress Pfam-A.hmm

Output format
Output kaedah didepositkan ke dalam --output-dir. Setiap kaedah mempunyai satu atau lebih nama fail
sambungan yang berkaitan dengannya, lihat jadual di atas. Rujuk halaman lelaki bagi
kaedah individu untuk butiran lanjut. Sambungan yang berakhir dengan `gz' dimampatkan dengan
gzip(1).

RUJUKAN

Rost, B., Yachdav, G., dan Liu, J. (2004). Pelayan PredictProtein. Res Asid Nukleik,
32(isu Pelayan Web), W321-6.

Sekiranya anda menjumpai predictprotein dan alat yang berguna, sila nyatakan:

* rujukan untuk PredictProtein, lihat di atas

* rujukan untuk alat yang anda gunakan, lihat RUJUKAN pada halaman manual alat tersebut

PILIHAN

--pemproses letupan
Bilangan pemproses untuk digunakan, lalai = 1

-c, --num-cpus
Buat kerja, lalai = 1

-d, --nyahpepijat
- membantu
Cetak mesej bantuan ringkas dan keluar.

-m, --buat-fail
buat fail untuk digunakan, lalai = /usr/share/predictprotein/MakefilePP.mk

--makedebug
hujah nyahpepijat untuk make, lihat membuat(1)

--lelaki
Halaman dokumentasi ini

--kaedah
Menghuraikan parameter kawalan kaedah dan meminta kaedah untuk dijalankan apabila --sasaran tidak
semua. Contoh format:

--method=norsp,win=50

* mulakan dengan nama kaedah, cth `norsp'

* senaraikan parameter kawalan kaedah, cth win=50

Tidak semua kaedah menyokong parameter kawalan lulus dengan cara ini kerana primitifnya
antara muka baris arahan.

-n, --dryrun
Jangan laksanakan, hanya tunjukkan apa yang akan dijalankan

--numresmax
Panjang jujukan maksimum, lalai: 6000. Urutan yang lebih panjang daripada ini akan dibuat
predictprotein gagal dengan kod ralat masing-masing, lihat RALAT.

-o, --output-dir
Lokasi akhir fail output, diperlukan melainkan caching digunakan.

--print-ext-method-map
Cetak peta externsion-to-method. Berguna sebagai fail input untuk penyemak konsistensi.
Format: .

--profnumresmin
Panjang jujukan minimum yang diperlukan oleh prof, lalai: 17. Urutan lebih pendek daripada ini
akan membuat predictprotein gagal dengan kod ralat masing-masing, lihat RALAT.

--psicexe
pembungkus psic boleh laku, lalai: /usr/share/rost-runpsic/runNewPSIC.pl

-p, --prot-nama
Nama asas fail hasil dan nama protein dalam - contohnya - fail FASTA. Lalai =
`pertanyaan'.

Nama yang sah adalah daripada set aksara "[[:alnum:]._-]".

-s, --seq, --urutan
input jujukan asid amino satu huruf

--seqfile
fail jujukan asid amino FASTA; jika `-', input standard dibaca

--spkeyidx
Fail 'indeks' kata kunci-ke-pengenal Swiss-Prot untuk loctree(1).

--sasaran=rentetan
Kumpulan kaedah untuk dijalankan. Berikan hujah ini untuk setiap sasaran yang anda perlukan. Lalai: yang
nilai `default_targets' dalam fail konfigurasi; `semua' jika itu tidak diberikan.

Beberapa sasaran minat:

semua kaedah yang GPL atau boleh diagihkan semula kepada entiti bukan komersial

pilihan
kaedah yang tidak sesuai semua

Lihat di /usr/share/predictprotein/MakefilePP.mk untuk senarai sasaran ("Gunakan sumber
Lukas").

-v, --versi
Cetak versi pakej

-w, --kerja-dir
Direktori kerja, pilihan

Pangkalan Data pilihan
--bigblastdb
Laluan ke pangkalan data letupan yang komprehensif

--big80blastdb
Laluan ke pangkalan data letupan komprehensif pada tahap lebihan identiti jujukan 80%.

--pfam2db
Pangkalan data Pfam v2, cth Pfam_ls

--pfam3db
Pangkalan data Pfam v3, cth Pfam-A.hmm

--prodomblastdb
usang. Argumen ini disimpan hanya untuk mengekalkan keserasian dengan versi lama.

--prositedat
Laluan ke fail `prosite.dat', lihat


--prositeconvdat
Laluan ke fail `prosite_convert.dat', lihat


--swissblastdb
Laluan ke pangkalan data letupan SwissProt

Cache berkaitan pilihan
--acl, --setacl
Tetapkan senarai kawalan akses. Senarai kawalan akses ditetapkan hanyalah sekiranya keputusan adalah
disimpan dalam cache. Pilihan ini tidak berkesan sebaliknya. Semua ACL sebelumnya adalah
hilang - tiada penggabungan. Bit baca mengawal kebolehlihatan hasil. Bit lain tidak
digunakan. Cth

u:lkajan:4,u:gachdav:4,g:lkajan:4,o::0

--cache-merge
--nocache-merge
Gabung/jangan gabungkan hasil ke dalam cache. --cache-merge menggunakan semula hasil yang sudah ada dalam cache;
ini bertukar --gunakan-cache dihidupkan secara automatik. --cache-merge tidak serasi dengan
--force-cache-store.

--nocache-merge ialah lalai KECUALI

· --gunakan-cache dihidupkan dan

· --noforce-cache-store sedang berkuat kuasa dan

· --sasaran digunakan dan

· cache tidak kosong

--cache-merge diabaikan secara senyap sekiranya cache kosong.

--force-cache-store
--noforce-cache-store
Dayakan/lumpuhkan pemaksaan penyimpanan hasil ke dalam cache. menyiratkan --gunakan-cache. Lalai:
--noforce-cache-store

Dengan --noforce-cache-store apabila predictprotein menjumpai hasil cache, ia hanya mengambil
mereka daripada cache dan tidak melakukan pemprosesan (walaupun keputusannya tidak lengkap). Dengan
--force-cache-store predictprotein tidak mengambil apa-apa daripada cache tetapi melakukannya
simpan hasilnya, menggantikan sepenuhnya apa yang dicache.

--force-cache-store tidak serasi dengan --cache-merge.

--gunakan-cache
--nouse-cache
Gunakan/jangan gunakan cache untuk meramalkan hasil protein. Lalai: --nouse-cache.

Pilihan `use_cache' boleh diberikan dalam fail konfigurasi untuk mengatasi lalai.

KESALAHAN

253 Urutan terlalu panjang, lihat --numresmax

254 Urutan terlalu pendek, lebih pendek daripada panjang minimum yang diperlukan oleh prof. Lihat
--profnumresmin.

CONTOH

predictprotein --seqfile /usr/share/doc/predictprotein/examples/tquick.fasta --output-dir /tmp/pp

predictprotein --seqfile /usr/share/doc/predictprotein/examples/tquick.fasta --output-dir /tmp/pp --target query.profRdb --target loctree3

predictprotein --seqfile /usr/share/doc/predictprotein/examples/tquick.fasta --method=norsp,win=100 --output-dir /tmp/pp

Cache contoh
Simpan hasil dalam cache, tidak peduli tentang menyimpan fail --output-dir:
predictprotein --seqfile /usr/share/doc/predictprotein/examples/tquick.fasta --method=norsp,win=100 --use-cache --setacl g:rostlab:7

Jika tidak dalam stor cache, jika tidak, ambil hasil daripada cache ke dalam --output-dir:
predictprotein --seqfile /usr/share/doc/predictprotein/examples/tquick.fasta --method=norsp,win=100 --use-cache --setacl g:rostlab:7 --output-dir /tmp/pp

PERSEKITARAN

PREDICTPROTEINCONF
Lokasi fail konfigurasi predictproteinrc untuk digunakan, mengatasi konfigurasi lain
fail

Gunakan predictprotein dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net