Ini ialah perintah primerse yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
primer - Versi ringkas primer3 untuk memilih primer PCR
SINOPSIS
buku asas -urutan seqall [-wilayah sasaran pelbagai] [-saiz kecil integer] [-saiz maksima integer]
[-maxdifftm terapung] [-terangkan bendera boolean] [-bilangan pulangan integer] -fail luar fail luar
buku asas -membantu
DESCRIPTION
buku asas ialah program baris arahan daripada EMBOSS (“The European Molecular Biology Open
Suite Perisian”). Ia adalah sebahagian daripada kumpulan arahan "Nukleik: Primer".
PILIHAN
Input seksyen
-urutan seqall
Urutan dari mana untuk memilih primer. Urutan mesti dibentangkan 5' -> 3'
Tambahan seksyen
-wilayah sasaran pelbagai
Jika satu atau lebih Sasaran ditentukan maka pasangan primer yang sah mesti mengapit sekurang-kurangnya satu
daripada mereka. Sasaran mungkin tapak ulang jujukan mudah (contohnya ulangan CA) atau
polimorfisme pasangan asas tunggal. Nilai itu mestilah senarai yang dipisahkan dengan ruang
, berpasangan di mana ialah indeks asas pertama Sasaran, dan
ialah yang terakhir Cth 50,51 memerlukan primer untuk mengelilingi 2 tapak pada kedudukan 50
dan 51.
-saiz kecil integer
Panjang minimum buku asas yang boleh diterima. Mesti lebih besar daripada 0 dan kurang daripada atau sama
kepada MAX-SIZE. Nilai lalai: 18
-saiz maksima integer
Panjang maksimum yang boleh diterima (dalam tapak) primer. Pada masa ini parameter ini tidak boleh
lebih besar daripada 35. Had ini dikawal oleh saiz oligo maksimum yang mana Primer3
suhu lebur adalah sah. Nilai lalai: 27
-maxdifftm terapung
Perbezaan maksimum yang boleh diterima (tidak ditandatangani) antara suhu lebur
primer hadapan dan belakang. Nilai lalai: 100.0
Output seksyen
-terangkan bendera boolean
Jika bendera ini bukan 0, hasilkan LEFT-EXPLAIN dan RIGHT-EXPLAIN, output, iaitu
bertujuan untuk memberikan maklumat tentang bilangan pasangan primer yang diperiksa oleh Primer3,
dan statistik tentang bilangan yang dibuang atas pelbagai sebab. Nilai lalai: N
-bilangan pulangan integer
Bilangan maksimum pasangan primer untuk dikembalikan. Pasangan primer yang dikembalikan diisih mengikut
'kualiti' mereka, dengan kata lain dengan nilai fungsi objektif (di mana nilai yang lebih rendah
nombor menunjukkan pasangan primer yang lebih baik). Awas: menetapkan parameter ini kepada besar
nilai akan meningkatkan masa berjalan. Nilai lalai: 5
-fail luar fail luar
Gunakan primerse dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
