remape - Dalam talian di Awan

JADUAL:

NAMA

peta semula - Paparkan tapak pengikat enzim sekatan dalam urutan nukleotida

SINOPSIS

membuat semula -urutan seqall -mfile fail data -enzim rentetan -sitelen integer [-mincuts integer]
[-maxcuts integer] [-bujang boolean] [-tumpul boolean] [-melekit boolean]
[-kekaburan boolean] [-plasmid boolean] [-metilasi boolean] [-komersil boolean]
[-meja senarai] [-rangka senarai] -fail luar fail luar [-senarai potong boolean]
[-format rata boolean] [-had boolean] -terjemahan boolean -terbalik boolean
-orfminize integer -percetakan pelbagai -highlight pelbagai -pencetak tiga boolean
-nombor boolean -lebar integer -panjang integer -margin integer -yam boolean
-penerangan boolean -mengimbangi integer -html boolean

membuat semula -membantu

DESCRIPTION

membuat semula ialah program baris arahan daripada EMBOSS (“Perisian Terbuka Biologi Molekul Eropah
Suite”). Ia adalah sebahagian daripada arahan "Paparan, Nukleik: Sekatan, Nukleik: Terjemahan".
kumpulan (s).

PILIHAN

Input seksyen
-urutan seqall

-mfile fail data
Nilai lalai: Emethylsites.dat

diperlukan seksyen
-enzim rentetan
Nama 'semua' dibaca dalam semua nama enzim daripada pangkalan data REBASE. Anda boleh menentukan
enzim dengan memberikan nama mereka dengan koma antara waktu itu, seperti:
'HincII,hinfI,ppiI,hindiii'. Kes nama tidak penting. Anda boleh menentukan a
fail nama enzim untuk dibaca dengan memberikan nama fail yang memegang enzim
nama dengan aksara '@' di hadapannya, contohnya, '@enz.list'. Garisan kosong dan
baris bermula dengan aksara cincang atau '!' diabaikan dan semua baris lain adalah
digabungkan bersama dengan aksara koma ',' dan kemudian dianggap sebagai senarai
enzim untuk dicari. Contoh fail nama enzim ialah: ! enzim saya HincII,
ppiII ! enzim lain hindiii HinfI PpiI Nilai lalai: semua

-sitelen integer
Ini menetapkan panjang minimum tapak pengecaman enzim sekatan. Mana-mana enzim
dengan tapak yang lebih pendek daripada ini akan diabaikan. Nilai lalai: 4

Tambahan seksyen
-mincuts integer
Ini menetapkan bilangan pemotongan minimum untuk sebarang enzim sekatan yang akan berlaku
dipertimbangkan. Mana-mana enzim yang memotong lebih sedikit kali daripada ini akan diabaikan. Nilai asal:
1

-maxcuts integer
Ini menetapkan bilangan maksimum pemotongan untuk sebarang enzim sekatan yang akan berlaku
dipertimbangkan. Mana-mana enzim yang memotong lebih banyak kali daripada ini akan diabaikan. Nilai asal:
2000000000

-bujang boolean
Jika ini ditetapkan maka ini memaksa nilai potongan mincut dan maxcuts kelayakan
kedua-duanya ialah 1. Sebarang nilai lain yang mungkin anda tetapkan akan diabaikan. Nilai lalai: N

-tumpul boolean
Ini membolehkan enzim yang memotong pada kedudukan yang sama di hadapan dan belakang
helai untuk dipertimbangkan. Nilai lalai: Y

-melekit boolean
Ini membolehkan enzim yang memotong pada kedudukan yang berbeza di hadapan dan belakang
helai, meninggalkan tidak terjual, untuk dipertimbangkan. Nilai lalai: Y

-kekaburan boolean
Ini membolehkan enzim yang mempunyai satu atau lebih kod kekaburan 'N' dalam coraknya
untuk dipertimbangkan Nilai lalai: Y

-plasmid boolean
Jika ini ditetapkan maka ini membolehkan carian untuk tapak pengecaman enzim sekatan dan
kedudukan potong yang merentangi penghujung urutan yang akan dipertimbangkan. Nilai lalai: N

-metilasi boolean
Jika ini ditetapkan maka tapak pengecaman RE tidak akan sepadan dengan asas metilasi. lalai
nilai: N

-komersil boolean
Jika ini ditetapkan, maka hanya enzim yang mempunyai pembekal komersial akan dicari
untuk. Kelayakan ini diabaikan jika anda telah menetapkan senarai eksplisit enzim untuk
mencari, dan bukannya mencari melalui 'semua' enzim dalam pangkalan data REBASE. Ia
diandaikan bahawa, jika anda meminta enzim eksplisit, maka anda mungkin tahu
dari mana untuk mendapatkannya dan semua nama enzim yang anda minta untuk dicari,
dan pemotongan yang mana, akan dilaporkan sama ada mereka mempunyai pembekal komersial atau tidak.
Nilai lalai: Y

-meja senarai

-rangka senarai
Ini membolehkan anda menentukan bingkai yang diterjemahkan. Jika anda tidak memaparkan
potong tapak pada deria songsang, maka terjemahan deria songsang tidak akan
dipaparkan walaupun jika anda telah meminta bingkai 4, 5 atau 6. Secara lalai, kesemua enam bingkai akan
dipaparkan. Nilai lalai: 6

Output seksyen
-fail luar fail luar

-senarai potong boolean
Ini menghasilkan senarai dalam output enzim yang memotong, mereka yang memotong tetapi sedang
dikecualikan kerana memotong lebih sedikit kali daripada potongan mincut atau lebih banyak kali daripada maxcut dan mereka
enzim yang tidak memotong. Nilai lalai: Y

-format rata boolean
Ini menukar format output kepada satu di mana tapak pengecaman ditunjukkan oleh baris
daripada aksara '===' dan tapak yang dipotong ditunjuk oleh aksara '>' di hadapan
deria, atau '<' dalam untaian deria terbalik. Nilai lalai: N

-had boolean
Ini mengehadkan pelaporan enzim kepada hanya satu enzim daripada setiap kumpulan
isoschizomer. Enzim yang dipilih untuk mewakili kumpulan isoschizomer ialah prototaip
ditunjukkan dalam fail data 'embossre.equ', yang dicipta oleh program
'rebaseextract'. Jika anda lebih suka prototaip yang berbeza untuk digunakan, buat salinan
embossre.equ dalam direktori rumah anda dan editnya. Jika nilai ini ditetapkan sebagai palsu maka
semua enzim input akan dilaporkan. Anda mungkin ingin menetapkan ini kepada palsu jika anda
sedang membekalkan set enzim yang jelas dan bukannya mencari 'semua' mereka. lalai
nilai: Y

-terjemahan boolean
Ini memaparkan terjemahan 6 bingkai urutan dalam output. Nilai lalai: Y

-terbalik boolean
Ini memaparkan tapak potong dan terjemahan deria terbalik. Nilai lalai: Y

-orfminize integer
Ini menetapkan saiz minimum Bingkai Bacaan Terbuka (ORF) untuk dipaparkan dalam
terjemahan. Semua kawasan terjemahan lain ditutup dengan menukar asid amino kepada
'-' watak.

-percetakan pelbagai
Kawasan untuk dimasukkan ke dalam huruf besar. Jika ini dibiarkan kosong, maka kes urutan dibiarkan
bersendirian. Satu set wilayah ditentukan oleh satu set pasangan kedudukan. Jawatan adalah
integer. Mereka dipisahkan oleh mana-mana aksara bukan digit, bukan alfa. Contoh wilayah
spesifikasi ialah: 24-45, 56-78 1:45, 67=99;765..888 1,5,8,10,23,45,57,99

-highlight pelbagai
Kawasan untuk diwarnakan jika memformat untuk HTML. Jika ini dibiarkan kosong, maka urutannya adalah
dibiarkan sahaja. Satu set wilayah ditentukan oleh satu set pasangan kedudukan. The
kedudukan adalah integer. Ia diikuti oleh mana-mana warna fon HTML yang sah. Contoh daripada
spesifikasi wilayah ialah: 24-45 biru 56-78 oren 1-100 hijau 120-156 merah Satu fail daripada
julat kepada warna (satu julat setiap baris) boleh ditentukan sebagai '@nama fail'.

-pencetak tiga boolean
Nilai lalai: N

-nombor boolean
Nilai lalai: N

-lebar integer
Nilai lalai: 60

-panjang integer

-margin integer
Nilai lalai: 10

-yam boolean
Tetapkan ini sebagai palsu jika anda tidak mahu memaparkan nama ID urutan Lalai
nilai: Y

-penerangan boolean
Tetapkan ini sebagai palsu jika anda tidak mahu memaparkan perihalan jujukan
Nilai lalai: Y

-mengimbangi integer
Nilai lalai: 1

-html boolean
Nilai lalai: N

Gunakan remape dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net