Ini ialah reben arahan yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
reben - pakej grafik molekul Raster3D ribbon-drawer
SINOPSIS
"riben" [-h] [-d[0123456]] fail pdb
or
"riben" [-h] -d[0123456] - (untuk mengambil rekod PDB dari stdin)
Riben membaca fail koordinat PDB dan menghasilkan fail pada stdout yang mengandungi Raster3D
rekod deskriptor untuk perwakilan reben yang dibina daripada jaringan segi tiga. The
fail yang dihasilkan oleh reben boleh disuap terus ke menghasilkan atau ia boleh digabungkan dengan
fail deskriptor yang dihasilkan oleh utiliti Raster3D lain.
CONTOH
Untuk menggambarkan keseluruhan rantai protein sebagai reben tunggal yang diwarnakan dengan lancar daripada biru di
terminal-N kepada merah pada terminal-C:
reben -d2 protein.pdb | render > chain_picture.png
Untuk mewarnakan protein berbilang rantai dengan warna tertentu untuk setiap rantai:
cat chaincolors.pdb protein.pdb | reben -d5 - > rantai.r3d
PILIHAN
-h
Sekat rekod pengepala dalam output. Secara lalai reben akan menghasilkan fail output yang
bermula dengan rekod pengepala yang mengandungi set lalai pilihan penskalaan dan pemprosesan.
. -h flag akan menyekat rekod pengepala ini supaya fail output mengandungi sahaja
deskriptor segi tiga. Pilihan ini berguna untuk menghasilkan fail yang menerangkan sebahagian sahaja
adegan, dan yang kemudiannya akan digabungkan dengan fail deskriptor yang dihasilkan oleh orang lain
program.
-d[0123456]
Secara lalai reben memerlukan input interaktif untuk memilih parameter reben dan pewarnaan
maklumat. Lima skema pewarna lalai dilaksanakan, bagaimanapun, dan ini mungkin
dipilih sebagai pilihan baris arahan untuk memintas sebarang input interaktif.
-d atau -d0 sama seperti -d2 di bawah
-d1 reben warna pepejal (lalai kepada biru)
-d2 lorek daripada biru di N-terminus kepada merah di C-terminus
-d3 satu permukaan reben berwarna biru, permukaan lain berwarna kelabu
-d4 lorek permukaan hadapan daripada biru kepada merah, permukaan belakang berwarna kelabu
-d5 warna rantai berasingan menggunakan kad warna berturut-turut
daripada aliran input. Ambil perhatian bahawa padanan corak pada rekod warna _belum_ selesai;
warna hanya diambil secara berurutan apabila rantai baru ditemui.
-d6 Warnakan mengikut atom CA terdekat seperti yang diambil daripada COLOR
rekod di kepala fail input
DESCRIPTION
Input kepada reben terdiri daripada satu fail teks yang mengandungi maklumat warna
[pilihan] dan koordinat atom dalam format bank data PDB. Hanya atom CA dan karbonil O
rekod diperlukan; semua atom input lain diabaikan. Parameter reben dan pewarna
ditentukan secara interaktif apabila program dijalankan. Interaksi papan kekunci boleh dipintas oleh
memilih salah satu skema pewarna lalai menggunakan bendera -d. Jaring segi tiga
reben dikeluarkan sebagai rekod deskriptor Raster3D. Secara lalai fail output mengandungi a
set rekod pengepala seperti yang dikehendaki oleh menghasilkan program. Pengepala dibina untuk
sertakan matriks TMAT yang sepadan dengan matriks transformasi yang terkandung dalam fail
persediaan.matriks (jika wujud), atau kepada sudut Eulerian yang terkandung dalam fail persediaan.sudut (jika
ia wujud).
Riben menghasilkan kesan lancar berterusan tulang belakang protein. Untuk lebih rumit
perwakilan struktur sekunder protein adalah lebih baik untuk menggunakan program yang berbeza,
cth MOLSCRIPT, bukannya reben.
PERSEKITARAN
Fail setup.matrix dan setup.angles, jika wujud, mempengaruhi rekod pengepala yang dihasilkan
by reben.
SUMBER
tanpa nama ftp tapak:
ftp.bmsc.washington.edu
web URL:
http://www.bmsc.washington.edu/raster3d/raster3d.html
hubungi:
Ethan A Merritt
Universiti Washington, Seattle WA 98195
[e-mel dilindungi]
Gunakan reben dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
