snap-aligner-paired - Dalam talian dalam Awan

JADUAL:

NAMA

snap-aligner_paired - program penjajaran nukleotida boleh skala

DESCRIPTION

Selamat datang ke SNAP versi 1.0beta.18.

Terlalu sedikit parameter Penggunaan: penyelaras snap dipasangkan [ ] di mana
ialah senarai fail untuk diproses.

PILIHAN

-o penjajaran output nama fail kepada nama fail dalam format SAM atau BAM, bergantung pada fail
sambungan atau penentu jenis eksplisit (lihat di bawah). Gunakan sempang dengan jenis eksplisit
specifier untuk menulis ke stdout, jadi sebagai contoh -o -sam - akan menulis output SAM ke
stdout

-d jarak edit maksimum dibenarkan setiap bacaan atau pasangan (lalai: 15)

-n bilangan biji untuk digunakan setiap bacaan

-sc Liputan benih (iaitu, readSize/seedSize). Titik terapung. Eksklusif dengan -n.
(kegunaan lalai -n)

-h hits maksimum untuk dipertimbangkan setiap biji (lalai: 300)

-Cik padanan benih minimum setiap lokasi (lalai: 1)

-t bilangan utas (lalai ialah satu setiap teras)

-b ikat setiap benang ke pemprosesnya (ini adalah lalai)

--b Jangan ikat setiap benang pada pemprosesnya (perhatikan tanda sempang berganda)

-P melumpuhkan prefetching cache dalam genom; mungkin berguna untuk mesin dengan kecil
cache atau banyak teras/cache

-jadi mengisih fail output mengikut lokasi penjajaran

-sm memori untuk digunakan untuk mengisih dalam Gb

-x terokai beberapa hits benih yang terlalu popular (berguna untuk penapisan)

-f berhenti pada perlawanan pertama dalam had jarak edit (mod penapisan)

-F keluaran penapis (a=sejajar sahaja, s=satu pukulan sahaja (MAPQ >= 10), u=tidak sejajar sahaja,
l=cukup panjang untuk diselaraskan (lihat -mrl))

-S menyekat pemprosesan tambahan (output BAM diisih sahaja) i=indeks, d=pendua
menandakan

-I abaikan ID yang tidak sepadan dalam penjajar hujung berpasangan

-Cxx mesti diikuti dengan dua + atau - simbol yang menyatakan sama ada untuk klip kualiti rendah

asas dari hadapan dan belakang bacaan masing-masing; lalai: belakang sahaja (C-+)

-M menunjukkan bahawa rentetan CIGAR dalam fail SAM yang dihasilkan harus menggunakan M (alignment
padanan) dan bukannya = dan X (jujukan (salah-)padanan). Ini adalah lalai

-= gunakan rentetan CIGAR gaya baharu dengan = dan X daripada M. Sebaliknya -M

-G nyatakan penalti jurang untuk digunakan apabila menjana rentetan CIGAR

-pf nyatakan nama fail untuk mengandungi kelajuan larian

--hp Menunjukkan untuk tidak menggunakan halaman yang besar (ini mungkin mempercepatkan pemuatan indeks dan melambatkan
penjajaran)
Ini adalah lalai

-hp Menunjukkan untuk menggunakan halaman yang besar (ini mungkin mempercepatkan penjajaran dan memperlahankan beban indeks).

-D Menentukan kedalaman carian tambahan (jarak edit melebihi pukulan terbaik yang SNAP
digunakan untuk mengira MAPQ). Lalai 2

-rg Tentukan kumpulan baca lalai jika ia tidak dinyatakan dalam fail input

-R Tentukan keseluruhan baris kumpulan baca untuk output SAM/BAM. Ini mesti termasuk ID
tag. Jika ia tidak bermula dengan '@RG' SNAP akan menambahnya. Tentukan tab mengikut \t. dua
garis miring ke belakang akan menghasilkan satu garis miring ke belakang. garis miring ke belakang diikuti dengan apa-apa lagi
adalah haram. Jadi, '-R @RG\tID:foo\tDS:my data' akan menghasilkan bacaan dengan teg lalai
foo, dan baris @RG yang turut menyertakan medan data DS:my.

-sa Sertakan bacaan daripada fail SAM atau BAM dengan kedua (0x100) atau tambahan
(0x800) set bendera; lalai ialah menggugurkannya.

-om Keluarkan berbilang penjajaran. Mengambil sebagai parameter jarak suntingan tambahan maksimum
berbanding dengan penjajaran terbaik untuk membolehkan penjajaran sekunder

-omax Hadkan bilangan penjajaran setiap bacaan yang dijana oleh -om.
Ini bermaksud sekiranya -om akan menjana lebih banyak

daripada -omax penjajaran sekunder, SNAP akan menulis hanya yang terbaik -omax daripada mereka,
di mana 'terbaik' bermaksud 'dengan jarak suntingan terendah'. Ikatan putus sewenang-wenangnya.

-mpc Hadkan bilangan penjajaran yang dijana oleh -om kepada ini banyak per contig
(kemasukan kromosom/FASTA);

'mpc' bermaksud 'maks per contig; lalai tidak terhad.
Penapis ini digunakan sebelum -omax. Penjajaran utama

dikira.

-pc Kekalkan keratan lembut untuk bacaan yang datang daripada fail SAM atau BAM

-xf Tingkatkan faktor pengembangan untuk fail BAM dan GZ (lalai 1.0)

-hdp Gunakan awalan gaya Hadoop (reporter:status:...) pada mesej ralat dan keluarkan
mesej kemajuan gaya hadoop

-mrl Tentukan panjang bacaan minimum untuk diselaraskan, bacaan lebih pendek daripada ini (selepas keratan)
kekal tidak sejajar.
Ini semestinya

sedikit lebih besar daripada panjang biji atau anda mungkin mendapat beberapa penjajaran yang boleh dipersoalkan.
Lalai 50

-peta Gunakan pemetaan fail untuk memuatkan indeks daripada membacanya.
Ini mungkin mempercepatkan pemuatan indeks dalam kes

di mana SNAP dijalankan berulang kali pada indeks yang sama, dan indeks lebih besar daripada separuh daripada
saiz memori mesin. Pada sesetengah sistem pengendalian, memuatkan indeks dengan
-peta adalah lebih perlahan berbanding tanpa jika indeks tiada dalam ingatan. Anda mungkin pertimbangkan
menambah -pra untuk prefetch indeks ke dalam cache sistem apabila memuatkan dengan -peta apabila anda
jangan mengharapkan indeks berada dalam cache.

-pra Prefetch indeks ke dalam cache sistem.
Ini hanya bermakna dengan -peta, dan hanya membantu jika indeks tidak

sudah dalam ingatan dan sistem pengendalian anda lambat membaca fail yang dipetakan (iaitu,
beberapa versi Linux, tetapi bukan Windows).

-lp Jalankan SNAP pada keutamaan penjadualan rendah (Hanya dilaksanakan pada Windows)

-nu Tiada Ukkonen: jangan kurangkan carian jarak edit berdasarkan calon terdahulu. ini
pilihan adalah semata-mata untuk menilai kesan prestasi menggunakan algoritma Ukkonen
bukannya Smith-Waterman, dan menyatakannya akan memperlahankan pelaksanaan tanpa
menambah baik penjajaran.

-dekat Tiada Pesanan: jangan perintah penilaian bacaan untuk memilih lebih berkemungkinan
calon dahulu. Pilihan ini adalah semata-mata untuk menilai kesan prestasi bagi
perintah penilaian baca, dan menyatakannya akan memperlahankan pelaksanaan tanpa
menambah baik penjajaran.

-nt Jangan potong carian berdasarkan hit benih yang terlepas. Pilihan ini adalah semata-mata untuk
menilai kesan prestasi pemotongan calon, dan menentukan kesannya
memperlahankan pelaksanaan tanpa menambah baik penjajaran.

-wbs Tulis saiz penimbal dalam megabait. Jangan nyatakan ini melainkan anda mendapat ralat
mesej mengatakan untuk menjadikannya lebih besar. Lalai 16.

Anda boleh memproses lebih daripada satu penjajaran tanpa memulakan semula SNAP, dan jika boleh tanpa
memuatkan semula indeks. Untuk melakukan ini, senaraikan pada baris arahan semua parameter
untuk penjajaran pertama, diikuti dengan koma (dipisahkan oleh ruang daripada yang lain
parameter) diikuti dengan parameter untuk penjajaran seterusnya (termasuk tunggal atau
berpasangan). Anda mungkin mempunyai seberapa banyak yang anda suka. Jika dua jajaran berturut-turut menggunakan
indeks yang sama, ia tidak akan dimuatkan semula. Jadi, sebagai contoh, anda boleh melakukan 'snap-aligner
bujang hg19-20 foo.fq -o foo.sam , berganding hg19-20 end1.fq end2.fq -o berpasangan.sam' dan ia
tidak akan memuatkan semula indeks antara penjajaran tunggal dan berpasangan. Apabila menyatakan a
input atau output fail, anda hanya boleh menyenaraikan nama fail, yang mana SNAP akan membuat kesimpulan
jenis fail daripada sambungan fail (.sam atau .bam sebagai contoh), atau anda boleh secara eksplisit
tentukan jenis fail dengan mendahului nama fail dengan salah satu daripada

penentu jenis berikut (yang sensitif huruf besar-besaran):

-cepatq

-compressedFastq

-sam

-bam

-berpasanganFastq

-berpasanganInterleavedFastq

-berpasanganCompressedInterleavedFastq

Jadi, sebagai contoh, anda boleh menentukan -bam input.file untuk menjadikan SNAP merawat input.file sebagai BAM
fail, walaupun ia biasanya menganggap fail FASTQ untuk input atau fail SAM untuk
output apabila ia tidak mengenali sambungan fail. Untuk menggunakan nama fail yang
bermula dengan '-' dan tidak mempunyai SNAP menganggapnya sebagai suis, anda mesti menyatakan secara eksplisit
taip. Tetapi sebenarnya, itu hanya mengelirukan dan anda tidak sepatutnya melakukannya. Input dan output boleh
juga dari/ke stdin/stdout. Untuk melakukan itu, gunakan a - untuk nama fail input atau output dan
berikan penentu jenis yang jelas. Jadi, sebagai contoh, penyelaras snap-aligner single myIndex
-cepatq - -o -sam - akan membaca FASTQ dari stdin dan menulis SAM ke stdout.

-s jarak min dan maks untuk membenarkan antara hujung berpasangan (lalai: 50 1000).

-fs jarak paksa untuk terletak di antara min dan maks.

-H pukulan maksimum untuk penjajar bersilang (lalai: 2000).

-mcp menentukan saiz kumpulan calon maksimum (Struktur data dalaman.

Hanya tingkatkan ini jika anda mendapat mesej ralat yang mengatakan untuk berbuat demikian. Jika anda sedang berlari
hilang ingatan, anda mungkin mahu mengurangkannya. Lalai: 1000000)

-F b pilihan tambahan kepada -F untuk menghendaki kedua-dua pasangan memenuhi penapis (lalai hanyalah satu)

Jika anda tentukan -F b bersama-sama dengan satu daripada yang lain -F pilihan, -F b MESTI berada di tempat kedua

-ku Simpan bacaan yang kelihatan tidak berpasangan dalam input SAM/BAM. Biasanya, jika bacaan tidak
nyatakan maklumat pasangan (medan RNEXT ialah * dan/atau PNEXT ialah 0) kemudian kod itu
padanan yang dibaca akan segera membuangnya. Menentukan bendera ini boleh menyebabkan besar
penggunaan memori untuk beberapa fail input, tetapi mungkin diperlukan untuk beberapa fail yang aneh
fail input yang diformatkan. Anda juga perlu menentukan bendera ini untuk fail SAM/BAM
yang telah dijajarkan oleh penjajar satu hujung.

Gunakan snap-aligner-paired dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net