Ini ialah perintah tigr-ekstrak yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
tigr-glimmer — Kedudukan mula/berhenti yang baik bagi gen dalam jujukan genom
SINOPSIS
ekstrak tigr [fail genom pilihan]
DESCRIPTION
Ekstrak program mengambil fail jujukan format FASTA dan fail dengan senarai mula/berhenti
kedudukan dalam fail tersebut (cth, seperti yang dihasilkan oleh program long-orfs) dan ekstrak dan
mengeluarkan urutan yang ditentukan.
Argumen baris arahan pertama ialah nama fail jujukan, yang mesti ada dalam FASTA
format.
Argumen baris arahan kedua ialah nama fail koordinat. Ia mesti mengandungi a
senarai pasangan jawatan dalam fail pertama, satu setiap baris. Format setiap penyertaan ialah:
>
Fail ini sepatutnya tidak mengandungi maklumat lain, jadi jika anda menggunakan output glimmer
atau long-orfs , anda perlu memotong baris pengepala.
Output program pergi ke output standard dan mempunyai satu baris untuk setiap baris masuk
fail koordinat. Setiap baris mengandungi IDstring , diikuti dengan ruang putih, diikuti
oleh subrentetan fail jujukan yang ditentukan oleh pasangan koordinat. Secara khusus,
subrentetan bermula pada kedudukan pertama pasangan dan berakhir pada kedudukan kedua
(termasuk). Jika kedudukan pertama lebih besar daripada yang kedua, maka DNA terbalik
pelengkap setiap kedudukan dijana. Mula/berhenti pasangan yang "membungkus" penghujung
genom dibenarkan.
PILIHAN
-langkau menjadikan output meninggalkan 3 aksara pertama setiap jujukan, iaitu, ia melangkau
atas kodon permulaan. Ini adalah tingkah laku versi sebelumnya
program.
-l menjadikan output meninggalkan urutan yang lebih pendek daripada n aksara. n termasuk
3 aksara langkau jika suis -langkau ialah satu.
Gunakan ekstrak tigr dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
