Ini ialah arahan TransDecoder.Predict yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS
JADUAL:
NAMA
Transdecoder - Ramalan Protein Transkriptom
PENGGUNAAN
Ape Diperlukan:
-t transkrip.fasta
Pilihan biasa:
--retain_long_orfs mengekalkan semua ORF yang didapati sama atau lebih panjang daripada banyak nukleotida ini walaupun tiada bukti lain
tandakannya sebagai pengekodan (lalai: 900 bp => 300aa)
--kekalkan_pfam_hits /path/to/pfam_db.hmm untuk mencari
menggunakan hmmscan (yang sepatutnya boleh diakses melalui tetapan PATH anda)
--retain_blastp_hits
Pilihan lanjutan
--kereta api FASTA fail dengan ORF untuk melatih Markov Mod untuk pengenalan protein; sebaliknya
ORF tidak berlebihan yang paling lama digunakan
-T Jika tiada --latih, ORF terpanjang teratas untuk melatih Model Markov (statistik heksamer) (lalai: 500)
2015-12-28 TRANSDECODER.PREDICT(1)
Gunakan TransDecoder.Predict dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
