Ini ialah arahan vcf_filter yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
vcf_filter - Tapis fail VCF
SINOPSIS
vcf_filter [-h] [--tiada-litar pintas] [--tiada-tapis] [--output OUTPUT] [--local-script
LOCAL_SCRIPT] penapis input [filter_args] [filter [filter_args]] ...
DESCRIPTION
Skrip ini adalah sebahagian daripada PyVCF.
PILIHAN
kedudukannya hujah:
input Fail untuk diproses (gunakan - untuk STDIN) (lalai: Tiada)
pilihan hujah:
-h, - membantu
Tunjukkan mesej bantuan ini dan keluar. (lalai: Palsu)
--tiada-litar pintas
Jangan hentikan pemprosesan penapis di tapak jika mana-mana penapis dicetuskan (lalai: Palsu)
--pengeluaran OUTPUT
Nama fail untuk mengeluarkan [STDOUT] (lalai: <_io.TextIOWrapper name=' 'mod='w'
pengekodan='ANSI_X3.4-1968'>)
--tidak ditapis
Keluaran hanya tapak yang melepasi penapis (lalai: Palsu)
--skrip tempatan LOCAL_SCRIPT
Fail Python dalam direktori kerja semasa dengan kelas penapis (lalai: Tiada)
mgq:
Menapis tapak dengan hanya varian berkualiti rendah. Ia adalah mungkin untuk mempunyai tapak yang tinggi
berkualiti dengan banyak panggilan berkualiti rendah. Penapis ini memerlukan sekurang-kurangnya satu panggilan di atas
kualiti ambang.
--kualiti-genotip GENOTYPE_QUALITY
Tapis tapak tanpa genotip melebihi kualiti ini (lalai: 50)
snp sahaja:
Pilih hanya varian SNP
dps:
Kedalaman bacaan ambang setiap sampel
--depth-per-sampel DEPTH_PER_SAMPLE
Perlindungan minimum yang diperlukan dalam setiap sampel (lalai: 5)
purata-dps:
Purata ambang kedalaman bacaan setiap sampel (read_depth / sample_count)
--avg-depth-per-sample AVG_DEPTH_PER_SAMPLE
Purata liputan minimum yang diperlukan bagi setiap sampel (lalai: 3)
eb:
Tapis tapak yang kelihatan seperti ralat penjujukan berkorelasi. Beberapa penjujukan
teknologi, terutamanya pyrosequencing, menghasilkan titik panas mutasi di mana terdapat a
tahap bunyi yang berterusan, menghasilkan beberapa rujukan dan beberapa panggilan heterozigot. ini
penapis mengira Faktor Bayes untuk setiap tapak dengan membandingkan kemungkinan binomial
daripada kedalaman alel yang diperhatikan di bawah: * Model dengan ralat malar sama dengan
MAF. * Model di mana setiap sampel adalah ploidi yang dilaporkan oleh pemanggil. Ujian itu
nilai ialah log faktor bayes. Nilai yang lebih tinggi lebih berkemungkinan ralat.
Nota: penapis ini memerlukan rpy2
--eblr EBLR
Tapis tapak di atas nisbah kemungkinan log ralat ini (lalai: -10)
persegi:
Tapis tapak berkualiti rendah
--kualiti tapak SITE_QUALITY
Tapis tapak di bawah kualiti ini (lalai: 30)
Gunakan vcf_filter dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
