Ini ialah arahan velvetg_63_long yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS
JADUAL:
NAMA
velvetg_63_long - pembinaan graf de Bruijn, penyingkiran ralat dan resolusi ulangan
(MAXKMERLENGTH = 63, LONGSEQUENCES)
DESCRIPTION
Penggunaan: ./velvetg direktori [pilihan]
direktori
: nama direktori kerja
Standard pilihan yang berikut:
-cov_cutoff
: penyingkiran nod liputan rendah SELEPAS bas pelancongan atau membenarkan sistem membuat kesimpulan
(lalai: tiada pengalihan keluar)
-dalam_panjang
: jarak jangkaan antara dua bacaan hujung berpasangan (lalai: tidak berpasangan baca)
-baca_trkg
: penjejakan kedudukan bacaan pendek dalam pemasangan (lalai: tiada penjejakan)
-min_contig_lgth
: panjang contig minimum dieksport ke fail contigs.fa (lalai: panjang cincang * 2)
-amos_file
: eksport pemasangan ke fail AMOS (lalai: tiada eksport)
-exp_cov
: jangkaan liputan bagi kawasan unik atau membenarkan sistem menyimpulkannya
(lalai: tiada resolusi bacaan panjang atau berpasangan)
-potongan_panjang_cov : penyingkiran nod dengan liputan bacaan lama yang rendah SELEPAS lawatan
bas
(lalai: tiada pengalihan keluar)
Maju pilihan yang berikut:
-dalam_panjang*
: jarak jangkaan antara dua bacaan akhir berpasangan dalam bacaan pendek masing-masing
set data (lalai: tiada gandingan dibaca)
-dalam_panjang_panjang
: jarak jangkaan antara dua bacaan berpasangan-akhir yang panjang (lalai: tidak berpasangan dibaca)
-dalam_panjang*_sd
: anggaran sisihan piawai bagi set data masing-masing (lalai: 10% daripada yang sepadan
panjang)
[gantikan '*' dengan apa-apa, '2' atau '_long' mengikut keperluan]
-perancah
: perancah contigs menggunakan maklumat hujung berpasangan (lalai: hidup)
-panjang_cawangan maks
: panjang maksimum dalam pasangan asas gelembung (lalai: 100)
-perbezaan_maks : kadar perbezaan maksimum antara dua cabang dalam gelembung
(lalai: 0.2)
-bilangan_gap_max
: bilangan maksimum jurang yang dibenarkan dalam penjajaran dua cabang gelembung
(lalai: 3)
-min_pair_count
: bilangan minimum sambungan hujung berpasangan untuk mewajarkan perancah dua panjang
contigs (lalai: 5)
-liputan_maks
: pengalihan nod liputan tinggi SELEPAS bas pelancongan (lalai: tiada pengalihan)
-topeng_liputan
: perlindungan minimum yang diperlukan untuk kawasan kontig yang yakin (lalai: 1)
-potongan_berbilang_panjang
: bilangan minimum bacaan panjang yang diperlukan untuk menggabungkan contigs (lalai: 2)
-baca_tidak digunakan
: eksport bacaan yang tidak digunakan dalam fail UnusedReads.fa (lalai: tidak)
-penjajaran
: eksport ringkasan penjajaran contig kepada jujukan rujukan (lalai: tidak)
-exportFiltered
: eksport nod panjang yang telah dihapuskan oleh penapis liputan (lalai: tidak)
-bersih
: keluarkan semua fail perantara yang tidak berguna untuk pengiraan semula (lalai :
tidak)
-sangat bersih
: keluarkan semua fail perantara (tiada pengiraan semula mungkin) (lalai: tidak)
-pecahan_exp_berpasangan
: keluarkan semua sambungan hujung berpasangan yang kurang daripada pecahan yang ditentukan
kiraan yang dijangkakan (lalai: 0.1)
-ShortMatePaired*
: untuk perpustakaan pasangan pasangan, nyatakan bahawa perpustakaan mungkin tercemar dengan
bacaan akhir berpasangan (tidak lalai)
-memuliharaLong
: kekalkan urutan dengan bacaan panjang di dalamnya (tidak lalai)
Output:
direktori/contigs.fa
: fail fasta contigs lebih panjang daripada dua kali panjang cincangan
direktori/stats.txt
: fail statistik (jarak tab) berguna untuk menentukan pemotongan liputan yang sesuai
direktori / LastGraph
: fail berformat khas dengan semua maklumat pada graf akhir
direktori/velvet_asm.afg
: (jika diminta) Fail pemasangan serasi AMOS
Gunakan velvetg_63_long dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
