Ini ialah apl Linux bernama simulate_pcr yang keluaran terbarunya boleh dimuat turun sebagai simulate_PCR-v1.2.tar.gz. Ia boleh dijalankan dalam talian dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks untuk stesen kerja.
Muat turun dan jalankan dalam talian apl bernama simulate_pcr ini dengan OnWorks secara percuma.
Ikut arahan ini untuk menjalankan apl ini:
- 1. Memuat turun aplikasi ini dalam PC anda.
- 2. Masukkan dalam pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 3. Muat naik aplikasi ini dalam pengurus filem tersebut.
- 4. Mulakan OnWorks Linux dalam talian atau emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MACOS dari tapak web ini.
- 5. Daripada OS Linux OnWorks yang baru anda mulakan, pergi ke pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 6. Muat turun aplikasi, pasang dan jalankan.
simulasi_pcr
Ad
DESCRIPTION
Menilai kekhususan primer dan meramalkan kedua-dua produk penguatan yang diingini dan di luar sasaran ialah langkah penting untuk reka bentuk ujian PCR yang mantap. Skrip ini meramalkan potensi amplikon tindak balas rantai polimerase (PCR) dalam pangkalan data jujukan yang besar seperti NCBI nt daripada sama ada singleplex atau set primer bermultipleks yang besar, membenarkan asas primer dan probe yang merosot, dengan toleransi ketidakpadanan sasaran dan julat panjang amplikon ditetapkan oleh pengguna. Kod simulasi amplikon PCR juga menganotasi amplikon dengan maklumat gen yang dimuat turun secara automatik daripada NCBI, dan secara pilihan ia boleh meramalkan sama ada terdapat juga padanan siasatan TaqMan/Luminex dalam amplikon yang diramalkan. Ia adalah skrip Perl baris arahan sumber terbuka yang dipanggil simulate_PCR.pl yang memanggil program BLAST (Altschul, et al., 1990) makeblastdb, blastn, dan blastdbcmd, dan utiliti efetch NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi).Ini adalah aplikasi yang juga boleh diambil dari https://sourceforge.net/projects/simulatepcr/. Ia telah dihoskan dalam OnWorks untuk dijalankan dalam talian dengan cara yang paling mudah daripada salah satu Sistem Operasi percuma kami.
