Dit is de opdracht altree-convertp die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
altree-convert - Titel...
KORTE INHOUD
altree-convert [opties]
Opties:
--versie programmaversie
--short-help|h kort helpbericht
--help helpbericht met beschrijvingen van opties
--man volledige documentatie
--eerste-invoerbestand|i invoerbestand 1
--second-input-file|j invoerbestand 2 (niet verplicht)
--output-bestand|o uitvoerbestand
--case-control-output|c uitvoer met de nb cases/controls
--gegevenstype|t DNA|NUM
--phylo-prog|p PAUP|PHYLIP
--reconstruct-prog|r FASE|FAMHAP
--data-quali|q Type gegevens: kwalitatief of kwantitatief
--nbind-threshold|s Minimum aantal individuen dat nodig is om een haplotype te behouden
OPTIES
--versie
Druk de programmaversie af en sluit af.
--korte-help
Druk een kort helpbericht af en sluit af.
--help Druk een helpbericht af met beschrijvingen van opties en uitgangen.
--Mens Drukt de handleiding af en sluit af.
--eerste-invoerbestand|i
Invoerbestand 1 (uitvoer van het haplotype-reconstructieprogramma)
--tweede-invoerbestand|j
Invoerbestand 2 (tweede uitvoer van famhap of bestand met de ziektestatus)
--output-bestand|o
Uitvoerbestand
--case-control-uitvoer|c
Uitvoerbestand met het aantal gevallen en controles die elk haplotype dragen
--gegevenstype|t "DNA"|"SNP"
Type gegevens: DNA (ATGCU) of SNP (0-1)
--phylo-prog|p "phylip"|"paup"
Fylogenie-reconstructieprogramma
reconstrueren-prog|r "famhap | fase"
Haplotype-reconstructieprogramma
data-kwalificatie|q "kwalitatief | kwantitatief"
Type gegevens geanalyseerd
nbind-drempel|s
Minimaal aantal individuen die een haplotype dragen dat nodig is om het te behouden
verdere analyse. Als je alle haplotypes wilt behouden, moet je hier 0 op beïnvloeden
variabele
PRODUCTBESCHRIJVING
Deze programma zal de opgegeven invoerbestanden lezen en een invoerbestand genereren voor de
fylogenetische reconstructiesoftware paup of phylip/paml
Gebruik altree-convertp online met behulp van onworks.net-services