Dit is de opdracht andi die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
andi - schat de evolutionaire afstand
KORTE INHOUD
andi [-jlv] [-b INT] [-p FLOAT] [-m MODEL] [-t INT] FILES...
PRODUCTBESCHRIJVING
andi schat de evolutionaire afstand tussen nauw verwante genomen. Voor deze andi
leest de invoerreeksen uit FAST bestanden en berekent de paarsgewijze ankerafstand. De
idee hierachter wordt uitgelegd in een artikel van Haubold et al. (zie hieronder).
OUTPUT
De uitvoer is een symmetrische afstandsmatrix in PHYLIP formaat, waarbij elke invoer vertegenwoordigt
divergentie met een positief reëel getal. Een afstand van nul betekent dat er twee reeksen zijn
identiek, terwijl andere waarden schattingen zijn voor de snelheid van nucleotidesubstitutie (Jukes-
Cantor gecorrigeerd). Om technische redenen kan de vergelijking mislukken en is er geen schatting mogelijk
berekend. In dergelijke gevallen nan wordt afgedrukt. Dit betekent ofwel dat de invoerreeksen dat waren
te kort (<200bp) of te divers (K>0.5) om onze methode goed te laten werken.
OPTIES
-B, --bootstrap
Bereken meerdere afstandsmatrices, met n-1 opgestart vanaf de eerste. Zie de
paper Klötzl & Haubold (2016, in recensie) voor een gedetailleerde uitleg.
-j, --meedoen
Gebruik deze modus als elk van uw FAST bestanden vertegenwoordigt één vergadering met talrijke
contigs. andi zal dan alle opgenomen reeksen per bestand als één behandelen
genoom. In deze modus moet er minstens één bestandsnaam worden opgegeven via de opdrachtregel
argumenten. Voor de uitvoer wordt de bestandsnaam gebruikt om elke reeks te identificeren.
-l, --slecht geheugen
In multithreaded-modus, andi vereist geheugen dat lineair is aan het aantal threads. De
de lage geheugenmodus verandert dit in een constante vraag, onafhankelijk van het gebruikte nummer
van bedreigingen. Helaas brengt dit aanzienlijke runtimekosten met zich mee.
-m, --model
Er worden verschillende modellen van nucleotide-evolutie ondersteund. Standaard de Jukes-Cantor
correctie wordt gebruikt.
-p
Betekenis van een ankerpaar; standaard: 0.05.
-t
Het aantal te gebruiken threads; standaard worden alle beschikbare processors gebruikt.
Multithreading is alleen beschikbaar als andi is gecompileerd met OpenMP-ondersteuning.
-v, --uitgebreid
Drukt aanvullende informatie af. Meerdere keren toepassen voor extra breedsprakigheid.
-h, --help
Drukt de samenvatting en een uitleg van de beschikbare opties af.
--versie
Voert versie-informatie en bevestigingen uit.
COPYRIGHT
Copyright © 2014, 2015 Fabian Klötzl Licentie GPLv3+: GNU GPL versie 3 of hoger.
Dit is gratis software: u bent vrij om deze te wijzigen en opnieuw te verspreiden. Er is GEEN GARANTIE,
voor zover toegestaan door de wet. De volledige licentietekst is beschikbaar op
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.
ACKNOWLEDGMENTS
1) andi: Haubold, B. Klötzl, F. en Pfaffelhuber, P. (2015). andi: Snel en nauwkeurig
schatting van evolutionaire afstanden tussen nauw verwante genomen
2) Algoritmen: Ohlebusch, E. (2013). Bio-informatica-algoritmen. Sequentieanalyse, genoom
Herschikkingen en fylogenetische reconstructie. blz. 118f.
3) SA-constructie: Mori, Y. (2005). Korte beschrijving van verbeterd achtervoegsel in twee fasen
sorteer algoritme. http://homepage3.nifty.com/wpage/software/itssort.txt
Gebruik andi online met behulp van onworks.net-services
