chemtool - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

chemtool - editor voor chemische structuren

KORTE INHOUD

chemtool [bestandsnaam]

PRODUCTBESCHRIJVING

chemtool is een programma om organische moleculen te tekenen en te exporteren als een X bitmap, PNG,
PicTeX-, Xfig-, SVG-, SXD-, MDL- of EPS-bestand. Het draait onder het X Window-systeem met behulp van de GTK
widget-set.

Het programma biedt in wezen onbeperkt ongedaan maken/opnieuw uitvoeren, twee tekstlettertypen plus symbolen, zeven
kleuren, tekenen op verschillende zoomschalen en vierkante en zeshoekige achtergrondrasters voor eenvoudiger
uitlijning.

Voorbeelden

In alle teken- en bewerkingsmodi wordt muisknop één (meestal de linkerknop) gebruikt om:
markeer of teken objecten, terwijl knop drie (de rechterknop) kan worden gebruikt om objecten te verwijderen
van het huidige type. De middelste knop wordt voornamelijk gebruikt in de modi voor het tekenen van obligaties waar het
maakt snelle verandering van bondtypes mogelijk. Vanaf versie 1.5, de standaard opslag
directory voor databestanden, en de te gebruiken bestandsnaamextensie, kunnen worden opgeslagen via a
configuratiedialoogvenster.

tekening of obligaties:
Bindingen kunnen in 4 verschillende hoekinstellingen worden getekend (zeshoek met intervallen van 30°, twee
vijfhoeken met intervallen van 72 ° (verschillende oriëntatie) en een achthoek van 45 ° i). (Tussenliggend
hoeken zijn ook mogelijk in al deze modi - negeer gewoon de markeringspunten hierin
geval).

De obligatiestijlkiezer in het midden van de knoppenbalk bepaalt het type obligatie dat is
getekend - in eerste instantie is dit een enkele binding. Als u het type obligatie later wilt wijzigen,
ofwel klik erop met de middelste muisknop om naar de volgende type(s) te gaan, of
selecteer het juiste type in de kiezer en schakel vervolgens over naar de bondtype-modus en kies alles
obligaties die u naar het nieuwe type wilt overschakelen. (De kleur die wordt gebruikt voor de binding is
indien nodig tegelijkertijd bijgewerkt.) De middelste muisknop op een binding drukken wanneer in
'Bondtype'-modus keert de richting van die binding om.

Door de derde (meestal de rechter) muisknop te gebruiken, wordt de binding naast de cursor verwijderd
positie.

De beschikbare soorten obligaties zijn:

· enkele band

· dubbele binding

· dubbele binding (kortere lijn aan de andere kant)

· gecentreerde dubbele binding

· driedubbele binding (flanklijnen korter dan centraal)

· drievoudige binding (met gelijke lijnlengtes)

· viervoudige binding

· wigvormig verband

· gestreepte wigvormige binding

· golvende lijn

· halve pijl

· gewone pijl

· brede band

· cirkel

· stippellijn

· overlappende enkele binding (die een segment wegsnijdt van elke binding die het kruist)

· lichte pi orbitaalkwab

· donkere pi orbitale kwab

Halfautomatische tekening of ringen:
Ringen van 3 tot 12 leden kunnen eenvoudig worden getekend door de Ctrl-toets ingedrukt te houden tijdens het tekenen a
lijn. Deze lijn wordt dan het eerste segment van een ring die automatisch wordt getekend
met de klok mee. De maat van de ring is standaard de maat die past bij de geselecteerde
tekenmodus (dwz 5, 6 of 8 zijden), maar het kan per ring worden ingesteld door op te drukken
Ctrl- voordat de ring wordt getekend, waarbij de nummers 3-9 overeenkomen met 3 tot 9-ledig
ringen, terwijl 0 tot 2 respectievelijk 10, 11 en 12-ledige ringen selecteren.

Nieuw getekende ringen kunnen worden verwijderd door Ctrl en muisknop 3 tegelijk in te drukken.

tekening of gebogen lijnen:
Gebogen lijnen voor objecten zoals pijlen of orbitale lobben kunnen in spline-curvemodus worden getekend door:
specificeren van vier controlepunten die een begrenzende veelhoek vormen (startpunt, twee punten op
beide zijden van de piek, eindpunt). Van de reguliere obligatietypes die beschikbaar zijn in het menu Stijl,
de 'enkele lijn', 'halve pijl', pijl en 'stippellijn' behouden hun gebruikelijke functie, terwijl
het type 'brede lijn' wordt gebruikt om een ​​gevulde veelhoek aan te duiden. De controlepunten zijn alleen
zichtbaar in Verplaatsen modus, waar ze kunnen worden gesleept om de vorm van een curve na te veranderen
het is getekend.

omgeving band stijl
In de modus voor obligaties verandert het klikken op een obligatie in het diagram de weergave ervan in de
type geselecteerd in het vervolgkeuzemenu naast de Type knop.

Het extra obligatietype dat beschikbaar is in het vervolgkeuzemenu,

gebogen pijl

is alleen beschikbaar voor tekenen. Het is eigenlijk een snelkoppeling voor een van de curve-tekening
functies zoals hierboven beschreven, met automatisch het tweede en derde controlepunt
gegenereerd. Als zodanig kan het niet worden omgezet van of naar een van de conventionele typen obligaties.

(Men kan het echter converteren naar een van de andere curvetypes, bijv. om het type van . te veranderen
pijlpunt). De vorm van de pijl moet meestal worden aangepast door de
controlepunt dat ernaast verschijnt in de modus 'Verplaatsen'.

invoegen tekst
Tekst die in het tekstvak is geschreven, kan met de cursor worden geplaatst en kan links verschijnen,
midden of rechts uitgelijnd in de tekening. Tekstgrootte en kleur is selecteerbaar uit een vast
lijst met keuzes. Er zijn twee speciale tekens die kunnen worden gebruikt voor sub- en superscript
het volgende karakter:

'^' om omhoog te schakelen (bijv. N^+)

'_' om terug te schakelen (bijv. CH_3)

Het controleteken '|' wordt gebruikt om het volgende teken cursief te maken, zoals in |t-Bu.

Een vet lettertype, dat doorgaans wordt gebruikt voor het nummeren van verbindingen, kan worden geselecteerd door de . vooraf te gaan
teken met een '#'.

Het speciale teken '@' schakelt over naar de symboolmodus, die het standaard X11-symbool gebruikt
lettertype. Alle alfabetische toetsen produceren de corresponderende Griekse karakters in deze modus, en
er zijn verschillende andere symbolen beschikbaar als hun standaard Latin1-equivalenten dat al zijn
in kaart gebracht op het toetsenbord:

yen -> oneindig

koppelteken -> pijl omhoog

macron -> pijl omlaag

De symbolen 'plusminus' en 'geregistreerd' (handelsmerk) staan ​​al in het standaard lettertype,
hoewel ze normaal niet beschikbaar zijn op het toetsenbord. Gebruik de volgende commando's (of
voeg de verklaringen toe aan uw .xmodmaprc ) om ze beschikbaar te maken via +
( + ):

xmodmap -e 'keysym r = r R geregistreerd' \
-e 'keysym o = o O yen' \
-e 'keysym p = p P plusmin' \
-e 'keysym u = u U koppelteken' \
-e 'keysym d = d D macron'

(dit leidt tot AltGr-P = plusminus, AltGr-R = geregistreerd in normale modus en AltGr-O =
oneindig, AltGr-U = pijl omhoog, AltGr-D = pijl omlaag in symboollettertype).

Voor 'dots-and-crosses'-diagrammen kunnen de volgende toewijzingen aan het symboollettertype zijn:
handig: acuut -> kruis (bijv. keysym x = x X acuut) middelste punt -> gevulde punt (bijv. keysym
d = d D periodegecentreerd) (gebruik het gradenteken voor de open punt).

Omcirkelde versies van de plus- en mintekens voor het aanduiden van ionische lading zijn beschikbaar als @+
en @- .

Als u symbolen als sub- of superscript wilt gebruiken, plaatst u de sub- of superscript
teken vóór het teken '@', bijv. K_@a .

In de tekstmodus verwijdert de rechtermuisknop het label op de cursorpositie. Veranderen
de grootte, het lettertype of de kleur van een label kan worden gedaan door er met de linkermuisknop op te klikken na het kiezen van de
gewenste combinatie van instellingen. Als het tekstinvoervak ​​boven het tekengebied leeg is,
alleen de instellingen worden bijgewerkt zonder de inhoud van het label te wijzigen, anders wordt de
labeltekst wordt ook vervangen. Als u de tekst van een bestaand label wilt kopiëren naar de
tekstinvoervak, klikt u erop met de middelste muisknop.

labeling snelkoppelingen
In alle modi voor het tekenen van bindingen zijn verschillende sneltoetsen beschikbaar om atoomsymbolen toe te voegen
zonder de tekenmodus te hoeven verlaten. Het label wordt op de huidige tekenpositie geplaatst
(het eindpunt van de laatst getrokken lijn, of de plek waarop het laatst is geklikt).

De toetsen 'c','h','n','o','s','p' en 'r' voegen de corresponderende hoofdletter 'l' in
(kleine letter L) voegt 'Cl' in, terwijl '1', '2', '3' respectievelijk CH,CH_2 en CH_3 invoegt. De
asterisk-toets (*) voegt een gevulde cirkel in.

Door eenmaal op de spatiebalk te drukken, kunt u willekeurige labels invoeren, die worden geplaatst op
de huidige positie wanneer u op de Return-toets drukt.

tekening elektron paren
De toetsen van het numerieke toetsenbord kunnen worden gebruikt om korte 'elektronenpaar'-lijnen naast een
elementsymbool - als men zich voorstelt dat het elementsymbool op de centrale '5'-toets zit,
elke sleutel trekt het juiste elektronenpaar voor zijn positie. Bij gebruik in combinatie met de
Shift-toets, er worden twee stippen getekend in plaats van een lijn - verwijder gewoon een van de stippen opnieuw als
je hebt een oneven aantal elektronen nodig.

nummering atomen
Voor een snelle nummering van de atomen in een molecuul, schakelt u over naar een van de tekstmodi, houdt u ingedrukt
de Control-toets en kies achtereenvolgens elk atoom met de linkermuisknop. Nummering
begint bij 1, en de reeks kan op elk moment worden gereset door met de rechtermuisknop te klikken.
Als u uw eigen nummeringsschema moet gebruiken, klikt u op de middelste knop (terwijl u nog steeds
door de Control-toets ingedrukt te houden) neemt het nummer op in het tekstinvoerveld.

Centreren
Als er niet genoeg ruimte is voor je molecuul, kun je het in het midden van het vel plaatsen
met de middelste knop.

Exporteren naar vreemd formaten:
U kunt uw moleculen exporteren als een X-bitmap, een PNG- of EMF-afbeelding, een ingekapselde
postscript-bestand, een invoerbestand voor Brian Smith' xfig(1) programma, een MDL ver. 2000 molfile
voor gegevensuitwisseling met commerciële pakketten, een SVG-bestand voor XHTML-webpagina's of in de
PicTeX-formaat voor directe opname in LaTeX-documenten. De PicTeX, PNG, EMF en
Postscript-uitvoerfuncties zijn afhankelijk van de fig2dev81) programma van de transfig(1) pakket
en zijn alleen beschikbaar wanneer dit programma bij het opstarten werd gedetecteerd. Als de fig2sxd(1)
programma is geïnstalleerd, is er een extra exportoptie beschikbaar voor OpenOffice SXD-indeling.
Evenzo, als het (open)babel-programma is geïnstalleerd, verschijnt er een extra Export-menu met:
toegang tot alle bestandstypen die door deze tool worden ondersteund, wordt beschikbaar.

U kunt de uitgangen in verschillende formaten maken volgens de huidige zoomschaal.
Postscript- en PicTeX-bestanden kunnen ook worden gemaakt op een willekeurige schaal die kan worden geselecteerd op de
bestandsmenu exporteren.

Een optie in het configuratiemenu kan worden ingesteld om te bellen fig2dev in internationale taal
modus, die automatisch alle tekst weergeeft die is geschreven in het alternatieve (Times) lettertype met behulp van
het postscript-lettertype dat geschikt is voor de huidige landinstelling (momenteel Kroatisch, Cyrillisch,
Tsjechisch, Hongaars, Japans, Koreaans, Pools). Zie de fig2dev documentatie voor details.

Om het PicTeX-bestand in uw LaTeX-document op te nemen, heeft u het pictex-macropakket nodig.
Afhankelijk van de versies die u gebruikt, moet u mogelijk ook het 'kleur'-pakket in de
preambule van uw LaTeX-bestand. Als u de foutmelding 'TeX-capaciteit overschreden' krijgt,
verhoog de parameter extra_mem_bot in uw texmf.cnf bestand (meestal in
/usr/share/texmf/web2c, /usr/local/texmf or /etc/texmf). Pictex staat bekend om zijn ongewone
(volgens tex-normen) geheugenvereisten, en de standaardinstellingen houden hier geen rekening mee
(hoewel je een opmerking kunt vinden a la 'wijzig dit als je pictex gebruikt' in de texmf.cnf
het dossier). Iets als extra_mem_bot=400000 zou geen kwaad moeten doen op een redelijk moderne
systeem.

Printen tekeningen
Sinds versie 1.5 is het direct afdrukken van diagrammen naar een Postscript-compatibel afdrukapparaat (of
meer typisch een afdrukwachtrij met ghostscript) is mogelijk. Het papierformaat,
vergroting, printernaam en de te gebruiken printopdracht (momenteel ofwel lp(1) lpr(1)
or kprinter(1)) kunnen worden opgeslagen in het configuratiedialoogvenster.

Selecteren allen or onderdelen of a tekening For transformaties:
Met de knop 'Markeren' kunt u eenvoudig delen van de huidige tekening selecteren door de
ze met een 'rubberband' rechthoek.

Als u atomen buiten het rechthoekige gebied aan uw selectie wilt toevoegen, tekent u gewoon
een ander elastiekje om hen heen terwijl je de Ctrl-toets ingedrukt houdt.

De geselecteerde onderdelen worden blauw gemarkeerd en zijn direct beschikbaar voor

bewegend sleep het fragment eenvoudig met de muis naar de gewenste positie terwijl u ingedrukt houdt
de linkermuisknop ingedrukt. (Als u alleen afzonderlijke atomen hoeft te verplaatsen of
obligaties, je kunt ze gewoon kiezen en slepen in de modus 'Verplaatsen' zonder te hoeven markeren
zij eerst).

roterende horizontale beweging van de muis vertaalt zich in een soepele rotatie rond de
draaipunt geselecteerd bij het indrukken van de muisknop

flippen (spiegelend) het fragment om een ​​horizontaal of verticaal spiegelvlak door
het midden: dit wordt uitgevoerd door op de juiste menuknop te klikken

kopiëren klikken op de menuknop 'Kopiëren' maakt een exacte kopie van de geselecteerde
fragment enigszins verschoven ten opzichte van het origineel. Het teken wordt automatisch
overgebracht naar het nieuwe exemplaar.

herschalen horizontale muisbeweging wordt vertaald in een vloeiende toename of afname van
grootte van het gemarkeerde fragment

verwijderen om het gemarkeerde fragment te verwijderen, klikt u op de derde (meestal rechts)
muisknop nadat deze is gemarkeerd.

framing een van de pictogrammen kiezen uit de vervolgkeuzelijst met frame- en haakjesstijlen
tekent het corresponderende object, bijv. een paar ronde haakjes, rond de
gemarkeerd fragment.

optimaliseren klikken op het 'emmer en bezem'-symbool roept een functie op die verwijdert
overlappende (duplicaat) bindingen en labels uit de tekening en rechtzetten
lijnen die bijna horizontaal of verticaal zijn.

Het toevoegen van die eerder gered figuren:
Om nog een molecuul uit een eerder opgeslagen chemtool-tekening toe te voegen, selecteert u het in het bestand
selectievenster dat verschijnt als u op de knop 'Toevoegen' drukt. Eén keer klikken op een willekeurige
bestandsnaam in de lijst geeft een klein voorbeeld van het molecuul weer om te helpen bij de selectie. De
nieuw toegevoegde molecuul wordt automatisch actief gemaakt, zodat het kan worden verplaatst als:
gewenst.

Als je het wilt toevoegen aan een vooraf gedefinieerde positie op een ander molecuul, kun je dat markeren
bijlagesite door er met de linkermuisknop op te klikken in plaats van de markeerrechthoek te slepen. Een kleine
groene stip zal verschijnen op wat nu de referentiepositie is voor het nieuwe onderdeel. Als je opslaat
moleculen met zo'n markerset, zal het op zijn beurt hun aanhechtingsplaats bepalen wanneer ze
worden toegevoegd aan een andere tekening.

Het toevoegen van een of de voorgedefinieerde Sjablonen:
Door 'Templates' te selecteren in het menu 'Extra' wordt een tweede venster geopend met een kleine verzameling
van voorgedefinieerde structuren. Klik eenvoudig op de afbeelding van het gewenste molecuul om het toe te voegen aan
jouw tekening. Het sjabloonvenster kan tijdens een chemtoolsessie open blijven - als het
wordt verborgen door een ander venster, u kunt het naar voren verplaatsen door het menu 'Sjabloon' te selecteren
weer in chemtool.

De gegevens in het sjabloonsysteem verschillen alleen van normale chemtool-tekeningen door het feit dat:
ze zijn opgeslagen in het programma en in een enigszins onhandig formaat (x- en y-coördinaten
apart vermeld in het bronbestand templates.h). Deze zijn bedoeld om een
handige basisset beschikbaar voor alle gebruikers, maar niet individueel uitbreidbaar (u kunt gebruiken
de functie 'Toevoegen' voor uw eigen structuren). Laat het ons weten als je specifiek wilt
moleculen toegevoegd aan de sjablonen - hun naam of idealiter een normaal chemtool-tekeningbestand
is alles wat we nodig hebben. (stuur een email naar [e-mail beveiligd])

Importeren vreemd filet formaten:
Chemtool biedt functies voor het importeren van bestanden in zowel het PDB-formaat dat wordt gebruikt door de Protein
Database (en door de meeste pakketten voor moleculaire modellering) en het eigen MDL-molfile-formaat
gebruikt door ISISdraw en begrepen door andere structuurtekenpakketten en database
front-ends.

Omdat beide 3D-bestandsindelingen zijn, terwijl chemtool alleen 2D-projecties verwerkt, geïmporteerd
moleculen worden eerst in een tijdelijke opslag ingelezen en in blauw op het doek weergegeven.
Deze 3D-weergave kan vervolgens met de muis worden gedraaid. Pas na het indrukken van de Return
toets op het toetsenbord wordt het omgezet in de uiteindelijke 2D-projectie die kan worden bewerkt. Terwijl
een dergelijke 3D-import aan de gang is, zijn alle normale teken- en bewerkingsfuncties uitgeschakeld.

Met MDL-molfile-import worden de koolstofatoomlabels automatisch weggegooid. Voor VOB
importeren, kan de hoeveelheid labeling worden gekozen in het dialoogvenster voor bestandsselectie, dat:
behoud van ofwel alle labels, alleen die van niet-waterstofatomen, of alleen de niet-numerieke
onderdeel van de etiketten.

Als het programma babel is geïnstalleerd - ofwel de originele versie geschreven door Pat Walters of
de meer recente OpenBabel-inspanning - chemtool biedt automatisch een menu-optie voor:
importeren vanuit een van de bestandsindelingen die dit ondersteunt.

Het bepalen som formule en moleculair gewicht:
De distributie bevat een hulpprogramma, cht(1), door Radek Liboska (Praag) om te berekenen
somformule en (exact) molecuulgewicht uit een chemtool-tekeningbestand. Het is ook
beschikbaar vanuit chemtool om deze gegevens te berekenen voor de huidige structuur of a
gemarkeerd fragment ervan. cht kan worden misleid door dubbele bindingen (chemtool verwijdert niet
overlappende bindingen, zoals deze kunnen ontstaan ​​door fuserende ringsystemen, automatisch) en
door het 'aromatische ring'-symbool, dus vermijd deze en controleer de aannemelijkheid van de
gegenereerde somformule waar mogelijk.

tekening functies niet Beschikbaar binnen Chemtool:
Voor functies die momenteel niet worden ondersteund door chemtool, zoals algemene lijntekeningfuncties,
het XFig-tekenpakket van Brian Smith krijgen xfig wordt sterk aanbevolen. Over de enige
wat het niet biedt, is ondersteuning voor 'chemische' lijntypen en tekenhoeken - dat is
waarom chemtool is geschreven als een soort begeleidend programma. (Er zullen waarschijnlijk meer van zijn)
de meest broodnodige tekenopties toegevoegd aan chemtool in de loop van de tijd, maar het dupliceren van de
meer algemene functies van xfig lijkt nogal zinloos.)

Gebruik chemtool online met onworks.net-services