delta-filter - Online in de Cloud

PROGRAMMA:

NAAM

delta-filter - lees een delta-uitlijningsbestand van nucmer of promer en filtert het
uitlijningen

KORTE INHOUD

delta-filter [Opties]

PRODUCTBESCHRIJVING

-1 1-op-1 uitlijning waardoor herschikkingen mogelijk zijn (snijpunt van -r en -q uitlijningen)

-g 1-op-1 mondiale afstemming die geen herschikkingen toestaat

-h Help-informatie weergeven

-i drijven
Stel de minimale uitlijningsidentiteit in [0, 100], standaard 0

-l int Stel de minimale uitlijningslengte in, standaard 0

-m Veel-op-veel-uitlijning maakt herschikkingen mogelijk (vereniging van -r en -q uitlijningen)

-q Wijst elke positie van elke zoekopdracht toe aan de beste treffer in de referentie, rekening houdend met
referentie overlapt

-r Wijst elke positie van elke verwijzing toe aan de beste treffer in de zoekopdracht, rekening houdend met
vraag overlapt

-u float Stel de minimale uniciteit van de uitlijning in, dat wil zeggen een percentage van

de uitlijning die overeenkomt met de unieke referentie EN zoekreeks [0, 100], standaard 0

-o drijven
Stel de maximale uitlijningsoverlapping in -r en -q opties als een percentage van de
uitlijningslengte [0, 100], standaard 100

-v Druk de weggegooide uitlijningen af ​​in plaats van de uitlijningen die door de filters gaan

-b Duplicaties van kaarten (XOR van -r en -q uitlijningen, het een of het ander, maar niet beide)

Leest een delta-uitlijningsbestand van nucmer of promer en filtert de uitlijningen op basis
op de opdrachtregelschakelaars, waardoor alleen de gewenste uitlijningen overblijven waarnaar wordt uitgevoerd
stdout in hetzelfde deltaformaat als de invoer. Voor meerdere schakelaars: volgorde van bewerking
is als volgt: -i -l -u -q -r -g -m -1 -b. Als een uitlijning wordt uitgesloten door een voorgaande
bewerking, wordt deze genegeerd door de volgende bewerkingen.

Een belangrijk onderscheid tussen de -g optie en de -1 en -m opties is dat -g
vereist dat de uitlijningen onderling consistent zijn in hun volgorde, terwijl de -1 en -m
opties hoeven niet onderling consistent te zijn en tolereren daarom translocaties,
inversies, enz. In algemene gevallen is de -m optie is echter de beste keuze -1 kan zijn
handig voor toepassingen zoals SNP-vinding waarvoor een 1-op-1-toewijzing vereist is. Tenslotte, voor
het in kaart brengen van querycontigs, of sequencing-lezingen, naar een referentiegenoom, gebruik -q. De
duplicaten afgedrukt met de -b optie zijn -r en -q uitlijningen die niet aanwezig zijn in
de 1-op-1 uitlijning. Deze uitlijningen zijn ook het verschil tussen de -1 en -m
uitlijningen

Gebruik deltafilter online met behulp van onworks.net-services