Dit is het commando delta2maf dat kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
delta2blocks - extra tool voor mama van patch of mugsy om uitlijningen te sorteren
delta2maf - extra tool voor mama van patch of mugsy om uitlijningen te sorteren
KORTE INHOUD
delta2blokken [Opties]<refID><qryID>
delta2maf [Opties]<refID><qryID>
PRODUCTBESCHRIJVING
-h Help-informatie weergeven
-q Sorteer uitlijningen op de startcoördinaat van de query
-r Sorteer alignementen op de startcoördinaat van de referentie
-w int Stel de schermbreedte in - standaard is 60
-x int Stel het matrixtype in - standaard is 2 (BLOSUM 62), andere opties zijn 1 (BLOSUM 45)
en 3 (BLOSUM 80)
opmerking: heeft alleen effect op aminozuuruitlijningen
Invoer is de .delta-uitvoer van het "nucmer"- of het "promer"-programma dat is doorgegeven aan de
opdrachtregel.
De uitvoer is naar stdout en bestaat uit alle uitlijningen tussen de query en de referentie
sequenties geïdentificeerd op de opdrachtregel.
OPMERKING: Er wordt niet standaard gesorteerd, daarom worden de uitlijningen geordend zoals gevonden in
de invoer.
Gebruik delta2maf online met behulp van onworks.net-services
