Dit is de opdrachtsamenvatting die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online-emulator of MAC OS online-emulator
PROGRAMMA:
NAAM
digest - Rapporten over proteolytische enzym- of reagenssplitsingsplaatsen
KORTE INHOUD
digest -vervolg vervolg -mwdata data bestand - menu lijst -mono boolean - ongunstig boolean
- raggen boolean -uiteinden lijst -overlappen boolean -alle delen boolean
-uitbestand verslag
digest -Help
PRODUCTBESCHRIJVING
digest is een commandoregelprogramma van EMBOSS (“the European Molecular Biology Open
softwarepakket"). Het maakt deel uit van de "Protein:Motifs"-opdrachtgroep(en).
OPTIES
Invoer sectie
-vervolg vervolg
-mwdata data bestand
Molecuulgewichtgegevens voor aminozuren Standaardwaarde: Emolwt.dat
Nodig sectie
- menu lijst
Standaardwaarde: 1
-mono boolean
Standaardwaarde: N
Geavanceerd sectie
- ongunstig boolean
Trypsine knipt normaal gesproken niet na 'KR' als ze gevolgd worden door 'KRIFLP'.
Lys-C zal normaal gesproken niet knippen na 'K' als het wordt gevolgd door 'P'. Arg-C niet
normaal afgesneden na 'R' als het wordt gevolgd door 'P'. V8-bicarb zal normaal gesproken niet snijden
'E' als het wordt gevolgd door 'KREP'. V8-phosph zal normaal gesproken niet knippen na 'DE' if
ze worden gevolgd door 'P'. Chymotrypsine zal normaal gesproken niet knippen na 'FYWLM' als dat zo is
gevolgd door 'P'. Als u niet-begunstigd opgeeft, worden deze niet-begunstigde bezuinigingen weergegeven, evenals de
bevoorrechte.
- raggen boolean
Maakt semi-specifieke en niet-specifieke spijsvertering mogelijk. Deze optie is bijzonder handig
voor het genereren van lijsten met peptidesequenties voor eiwitidentificatie met behulp van
massaspectrometrie.
-uiteinden lijst
Standaardwaarde: 1
uitgang sectie
-overlappen boolean
Gebruikt voor gedeeltelijke spijsvertering. Toont alle sneden van favoriete zaagplaatsen plus 1..3, 2..4,
3..5 etc maar niet (bijv.) 2..5. Overlappingen zijn dus fragmenten met precies één
mogelijke snijplaats erin.
-alle delen boolean
Wat betreft overlap, maar fragmenten die meer dan één potentiële knipplaats bevatten, zijn inbegrepen.
-uitbestand verslag
Gebruik digeste online met behulp van onworks.net-services
