Dit zijn de opdrachtdomeinen die kunnen worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
domainsse - Voeg secundaire structuurrecords toe aan een DCF-bestand.
KORTE INHOUD
domein -dcfinbestand in bestand -dccfdir directory -dcfoutbestand uitbestand -logbestand uitbestand
domein -Help
PRODUCTBESCHRIJVING
domein is een commandoregelprogramma van EMBOSS (“the European Molecular Biology Open
softwarepakket"). Het maakt deel uit van de "Utils:Database creation" opdrachtgroep(en).
OPTIES
Invoer sectie
-dcfinbestand in bestand
Deze optie specificeert de naam van het DCF-bestand (domeinclassificatiebestand) (invoer). A
'domeinclassificatiebestand' bevat classificatie- en andere gegevens voor domeinen van
SCOP of CATH, in DCF-formaat (EMBL-achtig). De bestanden worden gegenereerd met behulp van SCOPPARSE
en KATHPARS. Informatie over de domeinvolgorde kan aan het bestand worden toegevoegd door gebruik te maken van
DOMEINENEQ.
-dccfdir directory
Deze optie specificeert de locatie van het CCF-domeinbestand (schone coördinatenbestanden)
(invoer). Een 'schoon coördinatiebestand' bevat eiwitcoördinaten en afgeleide gegevens voor a
enkel PDB-bestand ('proteïne schoon coördinatenbestand') of een enkel domein van SCOP of CATH
('domein schoon coördinatenbestand'), in CCF-formaat (EMBL-achtig). De bestanden, gegenereerd door
met PDBPARSE (PDB-bestanden) of DOMAINER (domeinen), bevatten 'opgeschoonde' gegevens die
zelfconsistent en foutgecorrigeerd. Records voor toegankelijkheid van residu-oplosmiddelen en
secundaire structuur worden aan het bestand toegevoegd met behulp van PDBPLUS. Standaardwaarde: ./
Nodig sectie
Geavanceerd sectie
uitgang sectie
-dcfoutbestand uitbestand
Met deze optie specificeert u de naam van het DCF-bestand (domeinclassificatiebestand).
secundaire structuurrecords (uitvoer). Een 'domeinclassificatiebestand' bevat
classificatie- en andere gegevens voor domeinen uit SCOP of CATH, in DCF-formaat
(EMBL-achtig). De bestanden worden gegenereerd met behulp van SCOPPARSE en CATHPARSE. Domeinvolgorde
informatie kan aan het bestand worden toegevoegd met behulp van DOMAINSEQS.
-logbestand uitbestand
Deze optie specificeert de naam van het DOMAINSSE-logbestand. Standaardwaarde: domainsse.log
Gebruik domeinenzie online met behulp van onworks.net-services
