Dit is de commando-dsimulator die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
dsimulator - genereer synthetische metingen voor een willekeurig genoom
KORTE INHOUD
dsimulator genlen:dubbel [-cdubbel(20.)] [-bdubbel(.5)] [-rint] [-mint(10000)]
[-sint(2000)][-xint(4000)] [-edubbel(.15)][-Mfilet]
PRODUCTBESCHRIJVING
dsimulator genereert eerst een nep-genoom van grootte geniaal*1Mb lang, dat heeft een AT-bias van
-b. Vervolgens genereert het voorbeeldmetingen met een gemiddelde lengte -m vanaf een lognormale lengte
verdeling met standaarddeviatie -s, maar negeert lezingen met een lengte kleiner dan -x. Het
verzamelt voldoende gegevens om het genoom te dekken -c keer en introduceert -e breukfouten in
elke lezing waarbij de verhouding van invoegingen, verwijderingen en vervangingen wordt bepaald door gedefinieerd
constanten INS_RATE (standaard 73%) en DEL_RATE (standaard 20%) binnen genereren.c. Men kan
controleer ook de snelheid waarmee lezingen uit de voorwaartse en achterwaartse strengen worden opgepikt
het instellen van de gedefinieerde constante FLIP_RATE (standaard 50/50). De -r optie zaait het willekeurige
nummergenerator voor het genereren van het genoom zodat men reproduceerbaar kan genereren
hetzelfde onderliggende genoom waaruit monsters moeten worden genomen. Als deze parameter ontbreekt, wordt de taak-id
van de aanroep zorgt voor de generator van willekeurige getallen. De uitvoer wordt naar de standaard verzonden
uitvoer (dwz het is een UNIX-pipe). De uitvoer is in Pacbio .fasta-formaat geschikt als invoer
naar fasta2DB(1). eindelijk, de -M optie vraagt om de coördinaten waarvan elk leest
is bemonsterd, worden naar het aangegeven bestand geschreven, één regel per leesbeurt, ASCII-gecodeerd.
Dit "kaart"-bestand vertelt in wezen waar elke lezing thuishoort in een assemblage en is erg
handig voor foutopsporing en testdoeleinden. Als een leespaar bijvoorbeeld b,e is, dan als b < e de
gelezen werd bemonsterd van [b,e] in de voorwaartse richting, en als b > e van [e,b] in de
tegengestelde richting.
Gebruik dsimulator online met behulp van onworks.net-services
