Dit is de opdracht ecoPCR die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
ecoPCR - zoeken naar sequentie en taxonomie die hybridiseert met bepaalde primers
KORTE INHOUD
ecoPCR [Opties] <nucleotidic patronen>
PRODUCTBESCHRIJVING
ecoPCR is een elektronische PCR-software ontwikkeld door LECA en Helix-Project. Het helpt om
schat de kwaliteit van streepjescodeprimers.
OPTIES
-a : Zoutconcentratie in M voor Tm-berekening (standaard 0.05 M)
-c : Bedenk dat de databasesequenties [circulair] zijn
-d : [D]atabase : om overeen te komen met het verwachte formaat, de database
moet eerst worden geformatteerd door de ecoPCRFormaat(1) programma. ecoPCRFormaat(1) creëert
drie bestandstypen:
.sdx: bevat de reeksen
.tdx: bevat informatie over de taxonomie
.rdx: bevat de taxonomierangschikking
ecoPCR heeft het hele bestandstype nodig. Als gevolg hiervan moet je de database radicaal schrijven
zonder enige verlenging. Bijvoorbeeld /ecoPCRDB/gbmam
-D : Behoudt het gespecificeerde aantal nucleotiden aan elke kant van de in silico
geamplificeerde sequenties (inclusief het geamplificeerde DNA-fragment plus de twee doelwitten).
sequenties van de primers).
-e : [E]rror: max. toegestane fouten door oligonucleotide (standaard 0)
-h : [H]elp - afdrukken hulp
-i : [Ik] negeer de opgegeven taxonomie-ID.
Taxonomie-ID's zijn beschikbaar via het ecofind-programma. zie de hulp bij het typen van ecofind
-h voor meer informatie.
-k : [K]ingdom-modus: stel de koninkrijksmodus in
standaard super koninkrijk-modus.
-l : minimum [L]ength: definieer de minimale amplicatielengte.
-L : maximale [L]engte: definieer de maximale amplicatielengte.
-m : Zoutcorrectiemethode voor Tm-berekening (SANTALUCIA: 1
of OWCZARZY:2, standaard=1)
-r : [R]beperkt de zoekopdracht tot de opgegeven taxonomische id.
Taxonomie-ID's zijn beschikbaar via het ecofind-programma. zie de hulp bij het typen van ecofind
-h voor meer informatie.
eerste argument: oligonucleotide voor directe streng
tweede argument: oligonucleotide voor omgekeerde streng
Beschrijving van tabelresultaten:
kolom 1: toetredingsnummer
kolom 2: lengte van de reeks
kolom 3: taxonomische id
kolom 4: rang
kolom 5: taxonomische id van de soort
kolom 6: wetenschappelijke naam
kolom 7: taxonomische ID van het geslacht
kolom 8: geslachtsnaam
kolom 9: taxonomische ID van de familie
kolom 10: familienaam
kolom 11: taxonomische id van het superrijk
kolom 12: naam van het superkoninkrijk
kolom 13: streng (direct of omgekeerd)
kolom 14: eerste oligonucleotide
kolom 15: aantal fouten voor de eerste streng
kolom 16: Tm voor hybridisatie van primer 1 op deze plaats
kolom 17: tweede oligonucleotide
kolom 18: aantal fouten voor de tweede streng
kolom 19: Tm voor hybridisatie van primer 1 op deze plaats
kolom 20: versterkingslengte
kolom 21: reeks
kolom 22: definitie
Gebruik ecoPCR online met behulp van onworks.net-services
