faidx - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

faidx - Haal reeksen op van FASTA

KORTE INHOUD

faidx [-h] [-b BED] [-o OUT] [-i {bed,chromsizes,nucleotide,transposed}] [-c] [-r] [-n |
-F] [-x] [-l] [-s DEFAULT_SEQ] [-d DELIMITER] [-g REGEX] [-m | -M] [--versie] snel
[regio's [regio's ...]]

PRODUCTBESCHRIJVING

Haal sequenties op van FASTA. Als er geen regio's zijn opgegeven, zijn alle vermeldingen in het invoerbestand dat
teruggekeerd. Het FASTA-invoerbestand moet consistent worden omwikkeld met regels en de uitvoer moet regelomlopend zijn
is gebaseerd op de lengte van de invoerregels.

OPTIES

Positioneel argumenten
fasta FASTA-bestand

regio
door spaties gescheiden gebieden van de reeks die moeten worden opgehaald, bijvoorbeeld chr1:1-1000

optioneel argumenten
-h, --help
toon dit helpbericht en sluit af

-b BED, --bed BED
bed bestand van regio's

-o UIT, --uit OUT
naam van het uitvoerbestand (standaard: stdout)

-i {bed,chromsizes,nucleotide,getransponeerd}, --transformeren
{bed,chromgroottes,nucleotide,getransponeerd}
transformeer de gevraagde regio's naar een ander formaat. standaard: Geen

-c, --aanvulling
complementeren de reeks. standaard: Onwaar

-r, --omgekeerde
keer de volgorde om. standaard: Onwaar

-n, --geen-namen
laat reeksnamen weg uit de uitvoer. standaard: Onwaar

-f, --volledige namen
uitvoer volledige namen inclusief beschrijving. standaard: Onwaar

-x, --split-bestanden
schrijf elke regio naar een apart bestand (namen zijn afgeleid van regio's)

-l, --lui
Vul in --standaard-volg voor ontbrekende reeksen. standaard: Onwaar

-s DEFAULT_SEQ, --standaard-volg DEFAULT_SEQ
standaardbasis voor ontbrekende posities en maskering. standaard: N

-d BEPERKING, --scheidingsteken BEPERKING
scheidingsteken voor het splitsen van namen in meerdere waarden (dubbele namen worden
weggegooid). standaard: Geen

-g REGEX, --regex REGEX
reguliere expressie voor het filteren van niet-overeenkomende reeksnamen. standaard: .*

-m, --mask-met-standaard-seq
maskeer het FASTA-bestand met behulp van --standaard-volg standaard: Onwaar

-M, --masker per geval
maskeer het FASTA-bestand door het in kleine letters te wijzigen. standaard: Onwaar

--versie
versienummer van pyfaidx afdrukken

Gebruik faidx online met behulp van onworks.net-services