Dit is de opdracht fastq-multx die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations, zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
fastq-multx - ea-utils: vervang % met de barcode-id in het barcodes-bestand
KORTE INHOUD
fastq-multx [-g|-l|-B] -o r1.%.fq [mate.fq -o r2.%.fq
PRODUCTBESCHRIJVING
fastq-multx: ongeldige optie -- 'h' Onbekende optie '-h'.
Versie: 1.02.684
Uitvoerbestanden moeten een '%'-teken bevatten dat wordt vervangen door de barcode-id in de barcodes
bestand. Uitvoerbestand kan n/a zijn om de bijbehorende gegevens te verwijderen (gebruik dit voor de streepjescode
lezen)
Barcodebestand (-B) het lijkt hierop:
...
Standaard wordt er geraden -schaal or -eol gebaseerd op duidelijke statistieken.
If -g wordt gebruikt, dan is de parameter een indexstrook, en veelvoorkomende sequenties zijn
gebruikt.
If -l wordt gebruikt, dan worden alle barcodes in het bestand geprobeerd en de *groep* met de *meeste*
wedstrijden is gekozen.
Gegroepeerd barcodebestand (-l or -L) het lijkt hierop:
...
Gekoppelde reads, indien geleverd, worden synchroon gehouden
OPTIES
-o FIL1 Uitvoerbestanden (één per invoer, vereist) -g SEQFIL Bepaal barcodes van
geïndexeerd lezen SEQFIL -l BCFIL Bepaal barcodes van elke uitlezing, met behulp van BCFIL als master
lijst -L BCFIL Bepaal barcodes van , met behulp van BCFIL als hoofdlijst -B BCFIL
Gebruik barcodes uit het opgegeven bestand, voer geen bepalingsstap uit -b Dwingen
begin van de regel (5') voor barcode-matching -e Forceer einde van regel (3') voor batcode
matching -t NUM Deeldrempel voor automatisch bepalen door factor NUM (1), > 1 = meer
gevoelig -G NAAM Gebruik alleen groep(en) die overeenkomen met NAAM -x Knip barcodes niet af
voordat je de bestemming opschrijft -n Niet uitvoeren, alleen een waarschijnlijke barcodelijst afdrukken
-v C Controleer of de gekoppelde id's overeenkomen met teken C (gebruik ' ' voor illumina) -m N
Sta maximaal N mismatches toe, zolang ze uniek zijn (1) -d N Vereist een minimum
afstand van N tussen de beste en de op één na beste (2) -q N Vereist een minimum phred
kwaliteit van N om een barcodebasis te accepteren (0)
Gebruik fastq-multx online met behulp van onworks.net-services
