Dit is de opdracht filterPolishes die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
sim4dbutils - hulpprogramma's om te werken met door sim4db gegenereerde uitlijningsbestanden
convertPolishes - converteer tussen sim4db- en GFF3-formaten
filterPolishes - filter uitlijningen op basis van sequentie-identiteit, dekking en lengte.
mergePolishes - voeg uitlijningen uit meerdere bestanden samen
sortPolishes - sorteer uitlijningen op cDNA of genomische sequentie-index of sequentienaam
convertToExtent - Converteer van sim4db-indeling naar een door tabs gescheiden indeling met één regel
fixPolishesIID - Werkt een sim4db-bestand bij om de sequentie-index van een specifiek fasta-bestand te gebruiken.
Kan ook worden gebruikt om een subset van de uitlijningen uit het sim4db-bestand te extraheren.
depthOfPolishes - Voert een door tabs gescheiden histogram uit van de polijstdiepte bij verschillende
raam maten.
headPolishes - print de eerste N-uitlijningen in een bestand, vergelijkbaar met hoofd(1)
pickBestPolish - rapporteer alleen de 'beste' uitlijning voor elk cDNA
pickUniquePolish - rapporteert uitlijningen waar er een duidelijke beste uitlijning is voor
elk cDNA.
plotCoverageVsIdentity - Genereert (1) een histogram van het percentage identiteit, (2) a
histogram van het dekkingspercentage, en (3) een lijst met identiteitspercentages en dekkingspercentages (voor
gebruik in een spreidingsplot).
uniqPolishes - Filtert alle uitlijningen voor cDNA met meerdere uitlijningen (-uniq) of
met een enkele uitlijning (-dupl). Gelijkwaardig aan uniek(1)
realignPolishes - herbereken de uitlijningen die in een sim4db-bestand worden vermeld.
reportAlignmentDifferences - genereert een histogram van de soorten fouten in een set van
uitlijningen niet gesteund en Verouderd
vergelijkPolishes - Correleer uitlijningen in twee bestanden.
convertToAtac - Converteert van sim4db-formaat naar ATAC-formaat.
detectChimera - Onderzoekt uitlijningen voor sequenties die chimeer kunnen zijn.
mappedCoverage - Rapporteert de hoeveelheid van de querysequentie (EST, cDNA) die wordt gedekt door
uitlijningen.
parseSNP - Analyseert uitlijningen voor SNP's.
removeDuplicate - zoekt in de invoer naar dubbele uitlijningen.
vennPolishes - Genereert een Venn-diagram voor meerdere sim4db-bestanden. Gebruikt inwendig by
ESTMapper schoonpoetsmiddel
samenvattenPools
PRODUCTBESCHRIJVING
Deze programma's zijn een reeks hulpprogramma's om mee te werken sim4db(1) gegenereerde uitlijningsbestanden.
Gebruik filterPolishes online met onworks.net-services
