gdcm2vtk - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

gdcm2vtk - Converteer een door VTK ondersteund bestand naar DICOM.

KORTE INHOUD

gdcm2vtk [opties] bestand-in bestand-uit

PRODUCTBESCHRIJVING

De gdcm2vtk neemt als invoer elk bestand dat wordt ondersteund door VTK (inclusief DICOM-bestand) en zal
genereer als uitvoer een DICOM-bestand.

PARAMETERS

file-in input bestandsnaam (DICOM of VTK ondersteund)

bestandsuitvoer bestandsnaam (DICOM of VTK ondersteund)

OPTIES

specifiek opties
--force-rescale herschalen forceren.
--krachtafstand krachtafstand.
--palette-color genereert, indien ondersteund, een PALETTE COLOR-bestand.
--argb genereert, indien ondersteund, een ARGB-bestand.
--compress indien ondersteund genereer een gecomprimeerd bestand.
--use-vtkdicom Gebruik vtkDICOMImageReader (in plaats van GDCM).
--modaliteitsset Modaliteit.
--linksonder stelt linksonder in.
--shift stelt shift in.
--schaal stel schaal in.
--comprimeer ingestelde compressie (MetaIO).
-T --study-uid Studie UID.
-S --series-uid Serie UID.
--root-uid Hoofd-UID.

samendrukking opties
-J --jpeg Comprimeer afbeelding in jpeg.
-K --j2k Afbeelding comprimeren in j2k.
-L --jpegls Comprimeer afbeelding in jpeg-ls.
-R --rle Comprimeer afbeelding in rle (alleen zonder verlies).

algemeen opties
-h-help
print deze helptekst en sluit af

-v --versie
versie-informatie afdrukken en afsluiten

-V --uitgebreid
uitgebreide modus (waarschuwing+fout).

-W --waarschuwing
waarschuwingsmodus, waarschuwingsinformatie afdrukken

-E --fout
foutmodus, afdrukfoutinformatie

-D --debuggen
foutopsporingsmodus, foutopsporingsinformatie afdrukken

milieu variabele
GDCM_ROOT_UID Hoofd-UID

PRODUCTBESCHRIJVING

Converteer een door VTK ondersteund bestand naar DICOM.

Typisch gebruik is:

$ gdcm2vtk invoerbestand uitvoer.dcm

Het gebruikt het interne fabrieksmechanisme van VTK om een ​​bestand te herkennen (CanRead-functie). Zien
VTK ondersteund bestand hier:

Welke afbeeldingsbestandsindelingen kan VTK lezen en schrijven? http://www.vtk.org/Wiki/VTK_FAQ#What_image_file_formats_can_VTK_read_and_write.3F

Als uw invoerbestand 4 componenten heeft, wordt de 4e comp (alfa) verwijderd uit de uitvoer
bestand omdat DICOM geen alpha-component meer ondersteunt (zie optie –argb).

Er is speciale zorg besteed aan het volgende bestandsformaat:

1. DICOM: Richtingscosinussen en vtkMedicalImageInformation worden doorgegeven aan de uitvoer
2. BMP: Het bestand kan worden opgeslagen met een opzoektabel (zie --palette-color)
3. GE Signa: vtkMedicalImageProperties wordt doorgegeven aan de uitvoer
4. MINC: Richting cosinus wordt doorgegeven aan de uitgang
5. TIFF: vtkTIFFReader is momenteel in slechte staat in VTK (ander gedrag in VTK 5.2 en git/master). Gebruik het alleen als u weet wat u doet.

CONVERTEREN MetaAfbeelding (mhd, mha)
$ gdcm2vtk invoerbestand uitvoer.mha

Deze opdracht converteert het ingevoerde DICOM-bestand: inputfile naar een MetaImage .mha-bestand. Dezelfde
gaat voor .mhd-bestand.

CONVERTEREN MHA/MHD
$ gdcm2vtk invoerbestand uitvoer.mha

or

$ gdcm2vtk invoerbestand uitvoer.mhd

Deze opdracht converteert het ingevoerde DICOM-bestand: inputfile naar een MetaImageData .mha/.mhd
bestand.

CONVERTEREN VTI
$ gdcm2vtk invoerbestand uitvoer.vti

Deze opdracht converteert het ingevoerde DICOM-bestand: inputfile naar een XML VTK ImageData .vti
bestand.

CONVERTEREN VTK
$ gdcm2vtk invoerbestand uitvoer.vtk

Deze opdracht converteert het ingevoerde DICOM-bestand: inputfile naar een oude VTK Structured
PointSets .vtk-bestand.

CONVERTEREN DICOM

$ gdcm2vtk invoer.dcm uitvoer.dcm

vtkGDCMImageReader wordt gebruikt om een ​​DICOM-bestand in te lezen, niet de standaard
vtkDICOMImageReader. Zie optie –use-vtkdicom om vtkDICOMImageReader te gebruiken.

RONDVAART DICOM TO MHD TO DICOM

$ gdcm2vtk input_ybr.dcm output.mhd
$ gdcm2vtk --modaliteit VS --imageformat 7 output.mhd output.dcm

De bovenstaande refsectie laat zien hoe een DICOM kan worden geconverteerd met behulp van de fotometrische interpretatie van
YBR_FULL (of zelfs YBR_FULL_422 is lossy) in een ander bestandsformaat: MetaImage (mhd). Sinds
dit bestandsformaat kan geen kleurruimte aan, we moeten het expliciet instellen met behulp van de
–imageformat opdrachtregeloptie. De opdrachtregeloptie –modaliteit is hierin vereist
geval omdat de standaard Secondary Capture Image Storage Class-familie geen YBR toestaat
Fotometrische Interpretatie.

GDCM2VTK OPMERKINGEN

BELANGRIJKE OPMERKING: De interne VTK-structuur wordt gevuld vanuit de invoer-DICOM en vervolgens
doorgeven aan de output DICOM-schrijver. Tijdens de conversie kan bepaalde informatie verloren gaan
DICOM naar VTK naar DICOM. Deze optie wordt meestal gebruikt om de
vtkGDCMImageReader/vtkGDCMImageWriter-combinatie.

BELANGRIJKE OPMERKING: bij het converteren van een formaat met verlies zoals JPEG, wordt de informatie van
verlies is belangrijk. De output DICOM zal de vereiste Lossy Image bevatten
Compressieattribuut dat aangeeft dat de afbeelding ergens met verlies is gecomprimeerd
pijpleiding. Zie ook gdcmimg (betere afhandeling van JPEG in het algemeen).

BELANGRIJKE OPMERKING: wanneer u –use-vtkdicom gebruikt, wordt het DICOM-uitvoerbestand altijd geschreven als
MR Image Storage omdat deze informatie niet beschikbaar is bij de lezer zelf. Dit staat toe
de beeldoriëntatie (Patiënt) correct in te stellen.

Gebruik gdcm2vtk online met behulp van onworks.net-services