genoom-muziek-survivalp - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

genoommuziekoverleving - Creëer overlevingsgrafieken en P-waarden voor klinische en mutatie
fenotypen.

VERSIE

Dit document beschrijft de overlevingsversie van genoommuziek 0.04 (2016-01-01 om 23:10:18)

KORTE INHOUD

genoommuziek overleving --bam-list=? --uitvoer-dir=? [--maf-bestand=?] [--overslaan-stil]
[--genetisch-gegevenstype=?] [--numeriek-klinisch-gegevensbestand=?]
[--categorisch-klinisch-gegevensbestand=?] [--glm-klinisch-gegevensbestand=?]
[--fenotypes-to-include=?] [--legend-placement=?] [--skip-non-coding]

... muziekoverleving \
--bam-lijst /pad/mijnBamList.tsv \
--maf-bestand /pad/mijnMAF.tsv \
--numeriek-klinisch-gegevensbestand /pad/myNumericData.tsv \
--categorisch-klinisch-gegevensbestand /pad/mijnKlasseData.tsv \
--output-dir /pad/output_directory

... muziekoverleving \
--bam-lijst /pad/mijnBamList.tsv \
--maf-bestand /pad/mijnMAF.tsv \
--glm-klinische-gegevensbestand /path/myGLMClinicalData.tsv \
--output-dir /pad/output_directory

... muziekoverleving \
--bam-lijst /pad/mijnBamList.tsv \
--maf-bestand /pad/mijnMAF.tsv \
--genetisch gegevenstype 'gen' \
--glm-klinische-gegevensbestand /path/myGlmClinicalData.tsv \
--op te nemen fenotypes 'Race,Gender,TP53' \
--output-dir /pad/output_directory

VERPLICHT ARGUMENTEN

bam-lijst Tekst
Lijst met monsternamen die in de analyse moeten worden opgenomen. (Zie beschrijving)

uitvoer-dir Tekst
Directory waar uitvoerbestanden worden geschreven

OPTIONELE ARGUMENTEN

maf-bestand Tekst
Lijst met mutaties in MAF-formaat

overslaan-stil Boolean
Sla stille mutaties over uit het verstrekte MAF-bestand

Standaardwaarde 'true' indien niet opgegeven

noskip-stil Boolean
Maak skip-stille 'false'

genetisch gegevenstype Tekst
Correleer klinische gegevens met gegevens op gen- of variantniveau

Standaardwaarde 'gene' indien niet gespecificeerd

numeriek-klinisch-gegevensbestand Tekst
Tabel met monsters (y) versus numerieke klinische gegevenscategorie (x)

categorisch-klinisch-gegevensbestand Tekst
Tabel met monsters (y) versus categorische klinische gegevenscategorie (x)

glm-klinisch-gegevensbestand Tekst
Klinische kenmerken, mutatieprofielen, andere gemengde klinische gegevens (zie BESCHRIJVING).

fenotypes-op te nemen Tekst
Neem alleen deze genen en/of fenotypen op in de analyse. (KOMMA-GESCHEIDEN)

legenda-plaatsing Tekst
Kies een van 'linksonder', 'linksboven', 'rechtsboven' of 'rechtsonder'.

Standaardwaarde 'linksonder' indien niet gespecificeerd

overslaan-niet-coderen Boolean
Sla niet-coderende mutaties uit het verstrekte MAF-bestand over

Standaardwaarde 'true' indien niet opgegeven

noskip-niet-coderen Boolean
Maak skip-non-coding 'false'

PRODUCTBESCHRIJVING

Deze opdracht voert een overlevingsanalyse uit en zet overlevingscurven uit voor mutatiegegevens, zoals
evenals alle klinische kenmerken die van belang zijn, zoals gespecificeerd via de invoer --phenotypes-to-include
parameter. De uitgevoerde analyses omvatten de Kaplan-Meier-schatter, gevolgd door de Cox
Proportionele gevarenmodel. Outputs voor elk geanalyseerd gen/klinisch kenmerk omvatten overleving
curven, een risicoratio (met betrouwbaarheidsintervallen) en P-waarden en FDR's die de
betekenis van het verschil tussen overlevenden en niet-overlevenden.

Alle klinische gegevensbestanden worden doorzocht op de vereiste (hoofdletterongevoelige) "vital_status"
en "days_to_last_followup"-kolommen die zijn gekoppeld aan fenotypes via monster-ID's voor de
overlevingsanalyse. De eerste kolom van alle klinische gegevensbestanden MOET het monster bevatten
ID's, hetzelfde als in andere MuSiC-tools. Standaard wordt analyse uitgevoerd op elk aanwezig gen
bij de MAF. Optioneel kan de analyse worden beperkt tot alleen specifieke genen door deze op te sommen
(door komma's gescheiden) na de invoerparameter --phenotypes-to-include. Overlevingsanalyse mag
kan ook worden uitgevoerd op andere kolommen in het klinische gegevensbestand door de kolomkoppen toe te voegen
naar de lijst met vermeldingen die zijn opgegeven na de invoerparameter --phenotypes-to-include.

Hier volgen enkele algemene richtlijnen voor het maken van invoerbestanden voor klinische gegevens:

· Kopteksten zijn vereist.

· De eerste kolom van elk bestand met klinische gegevens moet monster-ID's bevatten die daarmee overeenkomen
in zowel de --bam-list als de MAF-variantenlijst (in de MAF is dit de
kolom Tumor_Sample_Barcode, specifiek).

· In ten minste één van de invoerbestanden met klinische gegevens staan ​​kolommen met de kop 'vital_status'
en "days_to_last_followup" (niet hoofdlettergevoelig) moeten bestaan. "vital_status" moet zijn
afgebakend door 1-en en 0-en, waarbij 0 staat voor 'levend' en 1 voor 'overleden'.

Houd er rekening mee dat alle invoerbestanden door tabs gescheiden moeten zijn.

ARGUMENTEN

--bam-lijst
Geef voor elk een bestand met voorbeeldnamen en normale/tumor BAM-locaties. Gebruik maken van
het door tabs gescheiden formaat [sample_name normal_bam tumor_bam] per regel. Alleen dit hulpmiddel
heeft sample_name nodig, dus alle andere kolommen kunnen worden overgeslagen. De sample_name moet de
hetzelfde als de namen van de tumormonsters die worden gebruikt in het MAF-bestand (16e kolom, met de koptekst
Tumor_monster_streepjescode).

Gebruik genoom-muziek-survivalp online met behulp van onworks.net-services