Dit is de opdracht glam2-purge die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
glam2-purge - Verwijdert overtollige reeksen uit een FASTA-bestand
KORTE INHOUD
glam2-zuivering filet partituur [opties]
PRODUCTBESCHRIJVING
glam2-zuivering is een aangepaste versie van Andrew Neuwald's zuivering programma dat overtollige bestanden verwijdert
sequenties uit een FASTA-bestand. Dit wordt aanbevolen om grote gelijkenis te voorkomen
sequenties die de zoektocht naar motieven verstoren. Purge werkt met DNA of eiwit
reeksen en creëert een uitvoerbestand zodat geen twee reeksen een (gapless) lokaal hebben
uitlijningsscore groter dan een door de gebruiker opgegeven drempelwaarde. Het uitvoerbestand krijgt de naam
. . De uitlijningsscore is gebaseerd op de BLOSUM62-matrix voor eiwitten, en op a
+5/-1 scoreschema voor DNA. Purge kan ook worden gebruikt om tandemherhalingen te maskeren. Het maakt gebruik van de
XNU-programma voor dit doel.
OPTIES
-n
Sequenties zijn DNA (standaard: eiwit).
-b
Gebruik de blastheuristische methode (standaard voor eiwit).
-e
Gebruik een uitputtende methode (standaard voor DNA).
-q
Behoud de eerste reeks in de set.
-x
Gebruik xnu om eiwittandemherhalingen te maskeren.
Gebruik glam2-purge online met behulp van onworks.net-services
