gmap_build - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

gmap_build - Tool voor het maken van genoomdatabases voor GMAP of GSNAP

KORTE INHOUD

gmap_build [opties​ -d

PRODUCTBESCHRIJVING

gmap_build: bouwt een gmap-database voor een genoom voor gebruik door GMAP of GSNAP. Onderdeel van GMAP
pakket, versie 2015-12-31.

Een vereenvoudigd alternatief voor het gebruik van het programma gmap_setup, dat een Makefile maakt.

OPTIES

-D, -- richt=STRING
Bestemmingsmap voor installatie (standaard de gmapdb-map gespecificeerd op
tijd configureren)

-d, --db=STRING
Genoom naam

-n, --namen=STRING
Vervangende namen voor chromosomen, verstrekt in een bestand. Het bestand zou er een moeten hebben
regel voor elke chromosoomnaam die moet worden gewijzigd, met de originele FASTA-naam in de kolom
1 en de gewenste chromosoomnaam in kolom 2. Dit zorgt voor een gemakkelijke manier om te wijzigen
de namen van chromosomen, bijvoorbeeld om het voorvoegsel "chr" toe te voegen of te verwijderen. Kolom 2
mag leeg zijn, wat betekent dat er geen naamswijziging is. Dit bestand kan ook worden gecombineerd met
--soort=namen om een ​​bepaalde volgorde voor de chromosomen in de genoomindex te geven.

-M, --mdvlag=STRING
Gebruik MD-bestand van NCBI voor het toewijzen van contigs aan chromosomale coördinaten

-C, --contigs-zijn-toegewezen
Zoek een chromosomaal gebied in elke FASTA-kopregel. Handig voor contigs die hebben
toegewezen aan chromosomale coördinaten. Genegeerd als de --mdvlag is voorzien.

-z, --compressie=STRING
Gebruik gegeven compressietypes (gescheiden door komma's; standaard is bitpack64) bitpack64 -
geoptimaliseerd voor moderne computers met SIMD-instructies (aanbevolen) all - create
alle beschikbare compressietypes, momenteel bitpack64 geen - offset niet comprimeren
bestanden (volgens mij wordt dit niet langer ondersteund)

-k, --kmer=INT
k-mer-waarde voor genomische index (toegestaan: 15 of minder, standaard is 15)

-q INT-bemonsteringsinterval voor genomoe (toegestaan: 1-3, standaard 3)

-s, --soort=STRING
Sorteer chromosomen met behulp van de gegeven methode: geen - gebruik chromosomen zoals gevonden in FASTA
bestand(en) alfa - sorteer chromosomen alfabetisch (chr10 voor chr 1) numeriek-alfa
- chr1, chr1U, chr2, chrM, chrU, chrX, chrY chrom - chr1, chr2, chrM, chrX, chrY,
chr1U, chrU-namen - sorteer chromosomen op basis van het aangeleverde bestand --namen vlag

-g, --gunzip
Bestanden zijn gegzipt, dus je moet eerst elk bestand gunzippen

-E, --fasta-pijp=STRING
Interpreteer het argument als een opdracht, in plaats van een lijst met FASTA-bestanden

-w INT Wacht (slaap) zoveel seconden na elke stap (standaard 2)

-c, --circulaire=STRING
Circulaire chromosomen (een lijst met chromosomen gescheiden door een komma, of een
bestandsnaam met cirkelvormige chromosomen, één per regel). Als je de --namen
functie, dan moet u de oorspronkelijke naam van het chromosoom gebruiken, niet de
vervangende naam voor deze optie.

-e, --nberichten=INT
Maximaal aantal te rapporteren berichten (waarschuwingen, contigrapporten) (standaard 50)

--build-array=INT
Of u een achtervoegselarray wilt bouwen: 0=nee, 1=ja (standaard)

Verouderd opties:
-T STRING
Tijdelijke build-directory (mogelijk moet u specificeren of u onvoldoende ruimte heeft in uw
huidige map) Dit is niet langer nodig, aangezien gmap_build nu bouwt
direct in de bestemming (of -D) map.

Andere tools van de GMAP-suite bevinden zich in /usr/lib/gmap

Gebruik gmap_build online met behulp van onworks.net-services