Dit is de opdracht gmod_make_gff_from_dbxref.plp die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
gmod_make_gff_from_dbxref.pl - een hulpmiddel voor het maken van een gff3-bestand met een lijst met dbxrefs en
fasta-bestanden.
SYNOPSY
% gmod_make_gff_from_dbxref.pl --fasta_dir --tmp_dir \
<dbxref_list
OPDRACHTREGEL OPTIES
--fasta_dir Directory met fasta-bestanden (vereist)
--tmp_dir Tijdelijke map (standaard: / tmp)
--type SO-term die moet worden gebruikt voor gemaakte objecten (standaard: regio)
--source Kolom 2 van het GFF-bestand (standaard: .)
PRODUCTBESCHRIJVING
Deze tool gebruikt een lijst met door tabs gescheiden db-identifiers en toetredingen op de opdrachtregel
(zoals gmod_extract_dbxref_from_gff.pl zou opleveren) samen met een map met daarin
fasta-bestanden en maakt een GFF-bestand. Het script probeert verschillende opties voor het identificeren van de
toetreding in de fasta-beschrijvingsregel. Dit zijn het soort dingen dat het momenteel doet
probeert:
>mi|5419616|mn|TC130707|
om TC130707 te krijgen
>gi|34072055|gb|CG180994.1|CG180994
om CG180994.1 te krijgen
>mi|12821100|mn|2_11498(1330441) |
om 2_11498 te krijgen.
> 123456
om 123456 te krijgen (dat wil zeggen, de hele regel, wat het laatste redmiddel is).
Als u een beschrijvingsregel heeft die hiervan afwijkt en hulp wilt bij het aanpassen
dit script wilt gebruiken om met uw gegevens te werken, kunt u een e-mail sturen naar de schema-mailinglijst:
[e-mail beveiligd]. Als u het script zelf aanpast om met uw
gegevens, stuur dan ook een mail naar de schema-mailinglijst om uw wijzigingen door te geven, zodat ze kunnen worden doorgevoerd
inbegrepen.
Gebruik gmod_make_gff_from_dbxref.plp online met behulp van onworks.net-services
