Dit is de opdracht gmx-dyndom die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
gmx-dyndom - Interpoleer en extrapoleer structuurrotaties
KORTE INHOUD
gmx-dyndom [-f [<.pdb>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.xtc/.trr/...>]]
[-eerste knoop ] [-Lasttangle ] [-nframe ]
[-maximale hoek ] [-trans ] [-hoofd ]
[-staart ]
PRODUCTBESCHRIJVING
gmx dynamiek leest een .pdb bestandsuitvoer van DynDom (http://www.cmp.uea.ac.uk/dyndom/). Het
leest de coördinaten, de coördinaten van de rotatie-as en een indexbestand met daarin
de domeinen. Bovendien neemt het het eerste en het laatste atoom van het pijlbestand als commando
lijnargumenten (kop en staart) en tenslotte is de vertaalvector nodig (gegeven in
DynDom-infobestand) en de rotatiehoek (ook als opdrachtregelargumenten). Als de hoek
bepaald door DynDom wordt gegeven, zou men in staat moeten zijn de tweede gebruikte structuur te herstellen
het genereren van de DynDom-uitvoer. Vanwege de beperkte numerieke nauwkeurigheid zou dit wel het geval moeten zijn
geverifieerd door het berekenen van een all-atom RMSD (met behulp van gmx bevestigt) in plaats van door bestandsvergelijking
(met behulp van diff).
Het doel van dit programma is het interpoleren en extrapoleren van de rotatie zoals gevonden door
DynDom. Als gevolg daarvan ontstaan onfysieke structuren met lange of korte bindingen, of overlappende atomen
mag worden geproduceerd. Visuele inspectie en energieminimalisatie kunnen nodig zijn om te valideren
de structuur.
OPTIES
Opties om invoerbestanden op te geven:
-f [<.pdb>] (dyndom.pdb)
Eiwit databank bestand
-n [<.ndx>] (domeinen.ndx)
Indexbestand
Opties om uitvoerbestanden te specificeren:
-o [<.xtc/.trr/...>] (geroteerd.xtc)
Traject: xtc TRR gro g96 pdb tng
Andere opties:
-eerste knoop (0)
Rotatiehoek rond rotatievector
-Lasttangle (0)
Rotatiehoek rond rotatievector
-nframe (11)
Aantal treden op het pad
-maximale hoek (0)
DymDom heeft de rotatiehoek rond de rotatievector bepaald
-trans (0)
Vertaling (Angstrom) langs rotatievector (zie DynDom-infobestand)
-hoofd (0 0 0)
Eerste atoom van de pijlvector
-staart (0 0 0)
Laatste atoom van de pijlvector
Gebruik gmx-dyndom online met behulp van onworks.net-services
