gmx-pdb2gmx - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

gmx-pdb2gmx - Converteer coördinatenbestanden naar topologie- en FF-compatibele coördinatenbestanden

KORTE INHOUD

gmx pdb2gmx [-f [<.gro/.g96/...>]] [-o [<.gro/.g96/...>]] [-p [<.top>]]
[-i [<.itp>]] [-n [<.ndx>]] [-q [<.gro/.g96/...>]]
[-kettingsep ] [-samenvoegen ] [-ff ]
[-water ] [-[geen]inter] [-[nee]ss] [-[geen]ter]
[-[nee]lys] [-[nee]arg] [-[geen] asp] [-[geen]glu] [-[nee]gln]
[-[nee]van hem] [-hoek ] [-afstand ] [-[nee]een]
[-[geen]ignh] [-[geen]vermist] [-[nee]v] [-posrefc ]
[-vsite ] [-[nee]zwaarh] [-[geen] gedeutereerd]
[-[geen]chargegrp] [-[geen]cmap] [-[geen] renum] [-[geen]rtpress]

PRODUCTBESCHRIJVING

gmx pdb2gmx leest een .pdb (of .groeien) bestand, leest enkele databasebestanden, voegt waterstofatomen toe aan het
moleculen en genereert coördinaten in GROMACS (GROMOS), of optioneel .pdb, formaat en een
topologie in GROMACS-formaat. Deze bestanden kunnen vervolgens worden verwerkt om een ​​run te genereren
Invoer bestand.

gmx pdb2gmx zal zoeken naar krachtvelden door te zoeken naar a krachtveld.itp bestand in
submappen .ff van de huidige werkdirectory en van de GROMACS-bibliotheek
directory zoals afgeleid uit het pad van het binaire bestand of het GMXLIB omgevingsvariabele. Door
standaard is de krachtveldselectie interactief, maar u kunt de -ff optie op te geven
in plaats daarvan een van de korte namen in de lijst op de opdrachtregel. In dat geval gmx pdb2gmx
zoekt gewoon naar de corresponderende .ff directory.

Na het kiezen van een krachtveld, worden alle bestanden alleen-lezen van de overeenkomstige kracht
veld map. Als u een residutype wilt wijzigen of toevoegen, kunt u de kracht kopiëren
field directory van de GROMACS-bibliotheekdirectory naar uw huidige werkdirectory. Als
u nieuwe soorten eiwitresten wilt toevoegen, moet u deze wijzigen residutypes.dat in de
bibliotheek-directory of kopieer de hele bibliotheek-directory naar een lokale directory en stel de
variabele omgeving GMXLIB naar de naam van die map. Raadpleeg hoofdstuk 5 van de handleiding
voor meer informatie over bestandsindelingen.

Merk op dat een .pdb bestand is niets meer dan een bestandsformaat, en dat hoeft niet per se
bevatten een eiwitstructuur. Elk soort molecuul waarvoor er ondersteuning is in de
database kan worden geconverteerd. Als er geen ondersteuning in de database is, kunt u deze toevoegen
jezelf.

Het programma heeft een beperkte intelligentie, het leest een aantal databasebestanden die dit toestaan
om speciale bindingen te maken (Cys-Cys, Heme-His, etc.), indien nodig kan dit handmatig worden gedaan.
Het programma kan de gebruiker vragen om te selecteren welk soort LYS-, ASP-, GLU-, CYS- of ZIJN-residu
is gewenst. Voor Lys is de keuze tussen neutraal (twee protonen op NZ) of geprotoneerd (drie
protonen, standaard), voor Asp en Glu niet-geprotoneerd (standaard) of geprotoneerd, voor His de
proton kan zich op ND1, op NE2 of op beide bevinden. Deze selecties zijn standaard uitgevoerd
automatisch. Voor His is dit gebaseerd op een optimale waterstofbindingsconformatie.
Waterstofbindingen worden gedefinieerd op basis van een eenvoudig geometrisch criterium, gespecificeerd door het maximum
waterstof-donor-acceptorhoek en donor-acceptorafstand, die worden ingesteld door -hoek en
-afstand respectievelijk.

De protonatietoestand van N- en C-uiteinden kan interactief worden gekozen met de -ter vlag.
Standaardtermini zijn respectievelijk geïoniseerd (NH3+ en COO-). Sommige krachtvelden ondersteunen
zwitterionische vormen voor ketens van één residu, maar voor polypeptiden zouden deze opties dat wel moeten
NIET worden geselecteerd. De AMBER-krachtvelden hebben unieke vormen voor de terminale residuen, en
deze zijn onverenigbaar met de -ter mechanisme. U moet uw N- of C-terminal prefixen
residu-namen met respectievelijk "N" of "C" om deze vormen te gebruiken, zorg ervoor dat u behoudt
het formaat van het coördinatenbestand. U kunt ook benoemde terminatieresiduen gebruiken (bijv
ACE, NME).

De scheiding van ketens is niet helemaal triviaal sinds de markup in door gebruikers gegenereerde PDB
bestanden varieert vaak en soms is het wenselijk om vermeldingen samen te voegen in een TER
opnemen, bijvoorbeeld als u een disulfidebrug of afstandsbeperkingen tussen twee wilt
eiwitketens of als u een HEME-groep heeft die aan een eiwit is gebonden. In dergelijke gevallen meerdere
kettingen moeten in een enkele worden opgenomen molecuultype definitie. Om dit aan te pakken, gmx
pdb2gmx gebruikt twee afzonderlijke opties. Eerst, -kettingsep kunt u kiezen wanneer een nieuwe
chemische keten moet beginnen, en termini toegevoegd indien van toepassing. Dit kan op basis van
het bestaan ​​van TER-records, wanneer de keten-ID verandert, of combinaties van een of beide
van deze. U kunt de selectie ook volledig interactief doen. Daarnaast is er een
-samenvoegen optie die bepaalt hoe meerdere ketens daarna worden samengevoegd tot één molecuultype
het toevoegen van alle chemische uiteinden (of niet). Dit kan worden uitgeschakeld (geen samenvoeging), alles
niet-waterketens kunnen worden samengevoegd tot een enkel molecuul, of de selectie kan worden gedaan
interactief.

gmx pdb2gmx zal ook het bezettingsveld van de .pdb bestand. Als een van de
bezettingen zijn niet één, wat aangeeft dat het atoom niet goed is opgelost in de structuur, a
waarschuwingsbericht wordt afgegeven. Wanneer een .pdb bestand is niet afkomstig van een röntgenstructuur
bepaling alle bezettingsvelden mogen nul zijn. Hoe dan ook, het is aan de gebruiker om te verifiëren
de juistheid van de invoergegevens (lees het artikel!).

Tijdens de verwerking worden de atomen opnieuw gerangschikt volgens de GROMACS-conventies. Met -n an
indexbestand kan worden gegenereerd dat één groep bevat die op dezelfde manier opnieuw is gerangschikt. Dit maakt het mogelijk
u een GROMOS traject- en coördinatenbestand naar GROMOS converteren. Er is één beperking:
herordening wordt gedaan nadat de waterstofatomen uit de invoer zijn verwijderd en voordat ze nieuw zijn
waterstofatomen worden toegevoegd. Dit betekent dat u het niet mag gebruiken -ignh.

De .groeien en .g96 bestandsindelingen ondersteunen geen keten-ID's. Daarom is het nuttig om
voer een .pdb bestandsnaam bij de -o optie wanneer u een multi-chain wilt converteren .pdb bestand.

De optie -vsite verwijdert waterstof en snelle onjuiste dihedrale bewegingen. Hoekig en
bewegingen buiten het vlak kunnen worden verwijderd door waterstofatomen te veranderen in virtuele locaties en te fixeren
hoeken, die hun positie ten opzichte van naburige atomen fixeren. Bovendien alle atomen
in de aromatische ringen van de standaard aminozuren (dwz PHE, TRP, TYR en HIS) kunnen zitten
omgezet in virtuele sites, waardoor de snelle onjuiste dihedrale fluctuaties hierin worden geëlimineerd
ringen. Note dat in dit geval alle andere waterstofatomen ook worden omgezet naar virtueel
sites. De massa van alle atomen die worden omgezet in virtuele sites, wordt toegevoegd aan de zware
atomen.

Ook het vertragen van de dihedrale beweging kan worden gedaan -zwaar gedaan door het verhogen van de
waterstofmassa met een factor 4. Dit wordt ook gedaan voor waterwaterstoffen om de
roterende beweging van water. De toename in massa van de waterstofatomen wordt afgetrokken van de
gebonden (zwaar) atoom zodat de totale massa van het systeem gelijk blijft.

OPTIES

Opties om invoerbestanden op te geven:

-f [<.gro/.g96/...>] (eiwit.pdb)
Structuur bestand: gro g96 pdb brk en esp TPR

Opties om uitvoerbestanden te specificeren:

-o [<.gro/.g96/...>] (conf.gro)
Structuur bestand: gro g96 pdb brk en esp

-p [<.top>] (topol.top)
Topologie bestand

-i [<.itp>] (posre.itp)
Bestand voor topologie opnemen

-n [<.ndx>] (schoon.ndx) (Optioneel)
Indexbestand

-q [<.gro/.g96/...>] (schoon.pdb) (Optioneel)
Structuur bestand: gro g96 pdb brk en esp

Andere opties:

-kettingsep (id_of_ter)
Voorwaarde in PDB-bestanden wanneer een nieuwe keten moet worden gestart (termini toevoegen):
id_or_ter, id_and_ter, ter, id, interactief

-samenvoegen (Nee)
Voeg meerdere ketens samen tot één [molecuultype]: nee, allemaal, interactief

-ff (selecteer)
Krachtveld, standaard interactief. Gebruik -h ter informatie.

-water (selecteer)
Te gebruiken watermodel: select, none, spc, spce, tip3p, tip4p, tip5p

-[geen]inter (Nee)
Stel de volgende 8 opties in op interactief

-[nee]ss (Nee)
Interactieve selectie van SS-bruggen

-[geen]ter (Nee)
Interactieve termini-selectie, in plaats van betalend (standaard)

-[nee]lys (Nee)
Interactieve lysineselectie, in plaats van geladen

-[nee]arg (Nee)
Interactieve arginineselectie, in plaats van opgeladen

-[geen] asp (Nee)
Interactieve selectie van asparaginezuur, in plaats van geladen

-[geen]glu (Nee)
Interactieve selectie van glutaminezuur, in plaats van geladen

-[nee]gln (Nee)
Interactieve glutamine selectie, in plaats van neutraal

-[nee]van hem (Nee)
Interactieve histidineselectie, in plaats van H-bindingen te controleren

-hoek (135)
Minimale waterstof-donor-acceptorhoek voor een H-binding (graden)

-afstand (0.3)
Maximale donor-acceptorafstand voor een H-binding (nm)

-[nee]een (Nee)
Selecteer aromatische ringen met verenigde CH-atomen op fenylalanine, tryptofaan en
tyrosine

-[geen]ignh (Nee)
Negeer waterstofatomen die in het coördinatenbestand staan

-[geen]vermist (Nee)
Ga door als er atomen ontbreken, gevaarlijk

-[nee]v (Nee)
Wees iets uitgebreider in berichten

-posrefc (1000)
Forceer constant voor positiebeperkingen

-vsite (Geen)
Zet atomen om in virtuele sites: geen, waterstofatomen, aromaten

-[nee]zwaarh (Nee)
Maak waterstofatomen zwaar

-[geen] gedeutereerd (Nee)
Verander de massa van waterstofatomen in 2 amu

-[geen]chargegrp (Ja)
Gebruik ladingsgroepen in de .rtp filet

-[geen]cmap (Ja)
Gebruik cmap-torsies (indien ingeschakeld in het .rtp het dossier)

-[geen] renum (Nee)
Hernummer de residuen opeenvolgend in de uitvoer

-[geen]rtpress (Nee)
Gebruik .rtp ingangsnamen als residunamen

Gebruik gmx-pdb2gmx online met behulp van onworks.net-services