gmx-sasa - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

gmx-sasa - Bereken het voor oplosmiddel toegankelijke oppervlak

KORTE INHOUD

gmx-sasa [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-odg [<.xvg>]] [-Of [<.xvg>]] [-oa [<.xvg>]]
[-TV [<.xvg>]] [-q [<.pdb>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-u ] [-xvg ] [-[geen]rmpbc]
[-[geen] pbc] [-sf ] [-selrpos ] [-doorvragen ]
[-ndots ] [-[geen]prot] [-dgs ]
[-oppervlakte ] [-uitvoer ]

PRODUCTBESCHRIJVING

gmx sasa berekent voor oplosmiddelen toegankelijke oppervlakken. Zie Eisenhaber F, Lijnzaad P, Argos
P, Sander C, & Scharf M (1995) J. Comput. Chem. 16, 273-284 voor het gebruikte algoritme. Met
-q, kan het Connolly-oppervlak ook worden gegenereerd in a .pdb bestand waar de knooppunten zich bevinden
weergegeven als atomen en de randen die de dichtstbijzijnde knooppunten verbinden als CONECT-records. -odg
maakt schatting van solvatatievrije energieën mogelijk op basis van solvatatie-energieën per atoom
blootgesteld oppervlak.

Het programma vereist een selectie waarmee de oppervlakteberekening moet worden gespecificeerd
-oppervlakte. Deze moet altijd bestaan ​​uit alle niet-oplosmiddelatomen in het systeem. Het gebied van
deze groep wordt altijd berekend. Optioneel, -uitvoer kan aanvullende selecties opgeven,
Dit moeten subsets van de berekeningsgroep zijn. De voor oplosmiddelen toegankelijke gebieden hiervoor
Ook worden groepen uit het volledige oppervlak gehaald.

De gemiddelde en standaarddeviatie van het gebied over het traject kunnen worden berekend per
residu en atoom (opties -Of en -oa).

Met de -TV optie kan het totale volume en de dichtheid van het molecuul worden berekend. Met
-pbc (de standaardinstelling), moet u ervoor zorgen dat uw molecuul/oppervlaktegroep niet wordt opgesplitst
PBC. Anders krijg je onzinnige resultaten. Overweeg ook of de
In dit geval is de normale tastradius geschikt, of u liever bijvoorbeeld 0 gebruikt.
Het is goed om in gedachten te houden dat de resultaten voor volume en dichtheid zeer benaderend zijn.
In ijs Ih kun je bijvoorbeeld gemakkelijk watermoleculen in de poriën passen, wat zou opleveren
een volume dat te laag is, en oppervlakte en dichtheid die beide te hoog zijn.

OPTIES

Opties om invoerbestanden op te geven:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Optioneel)
Invoertraject of enkele configuratie: xtc TRR cpt gro g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Optioneel)
Invoerstructuur: TPR gro g96 pdb br ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Optioneel)
Extra indexgroepen

Opties om uitvoerbestanden te specificeren:

-o [<.xvg>] (gebied.xvg)
Totale oppervlakte als functie van de tijd

-odg [<.xvg>] (dgsolv.xvg) (Optioneel)
Geschatte solvatatievrije energie als functie van de tijd

-Of [<.xvg>] (resarea.xvg) (Optioneel)
Gemiddelde oppervlakte per residu

-oa [<.xvg>] (atoomgebied.xvg) (Optioneel)
Gemiddelde oppervlakte per atoom

-TV [<.xvg>] (volume.xvg) (Optioneel)
Totaal volume en dichtheid als functie van de tijd

-q [<.pdb>] (connolly.pdb) (Optioneel)
PDB-bestand voor Connolly-oppervlak

Andere opties:

-b (0)
Eerste frame (ps) om van traject te lezen

-e (0)
Laatste frame (ps) om van traject te lezen

-DT (0)
Frame alleen gebruiken als t MOD dt == eerste keer (ps)

-u (ps)
Eenheid voor tijdwaarden: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg (xmgrace)
Plotopmaak: geen, xmgrace, xmgr

-[geen]rmpbc (Ja)
Maak moleculen heel voor elk frame

-[geen] pbc (Ja)
Gebruik periodieke randvoorwaarden voor afstandsberekening

-sf
Zorg voor selecties uit bestanden

-selrpos (atoom)
Selectie referentieposities: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
hele_res_com, hele_res_cog, hele_mol_com, hele_mol_cog, part_res_com,
deel_res_cog, deel_mol_com, deel_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog

-doorvragen (0.14)
Straal van de oplosmiddelsonde (nm)

-ndots (24)
Aantal stippen per bol, meer stippen betekent meer nauwkeurigheid

-[geen]prot (Ja)
Voer het eiwit uit naar de Connolly .pdb bestand ook

-dgs (0)
Standaardwaarde voor solvatievrije energie per oppervlakte (kJ/mol/nm^2)

-oppervlakte
Selectie oppervlakteberekening

-uitvoer
Uitvoerselectie(s)

Gebruik gmx-sasa online met behulp van onworks.net-services