Dit is de opdracht gmx-saxs die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
gmx-saxs - Bereken röntgenverstrooiingsspectra met een kleine hoek
KORTE INHOUD
gmx saxen [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-d [<.dat>]] [-vierkant [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-xvg ] [-ng ] [-beginq ]
[-eindq ] [-energie ]
PRODUCTBESCHRIJVING
gmx saxofoons berekent SAXS-structuurfactoren voor bepaalde indexgroepen op basis van Cromer's
methode. Zowel topologie- als trajectoriebestanden zijn vereist.
OPTIES
Opties om invoerbestanden op te geven:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Traject: xtc TRR cpt gro g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Structuur+massa(db): TPR gro g96 pdb br ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Optioneel)
Indexbestand
-d [<.dat>] (sfactor.dat) (Optioneel)
Generiek gegevensbestand
Opties om uitvoerbestanden te specificeren:
-vierkant [<.xvg>] (sq.xvg)
xvgr/xmgr-bestand
Andere opties:
-b (0)
Eerste frame (ps) om van traject te lezen
-e (0)
Laatste frame (ps) om van traject te lezen
-DT (0)
Gebruik frame alleen als t MOD dt = eerste keer (ps)
-xvg
xvg-plotopmaak: xmgrace, xmgr, geen
-ng (1)
Aantal groepen om SAXS te berekenen
-beginq (0)
Beginnend q (1/nm)
-eindq (60)
Eindig q (1/nm)
-energie (12)
Energie van de binnenkomende röntgenstraling (keV)
Gebruik gmx-saxen online met behulp van onworks.net-services
