EngelsFransSpaans

Ad


OnWorks-favicon

gmx-spol - Online in de cloud

Voer gmx-spol uit in de gratis hostingprovider van OnWorks via Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator

Dit is de opdracht gmx-spol die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator

PROGRAMMA:

NAAM


gmx-spol - Analyseer dipooloriëntatie en polarisatie van oplosmiddelen rond opgeloste stoffen

KORTE INHOUD


gmx-spol [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-DT ] [-[nu]
[-xvg ] [-[geen]com] [-hervetten ] [-min ]
[-r max ] [-dip ] [-bw ]

PRODUCTBESCHRIJVING


gmx geslacht analyseert dipolen rond een opgeloste stof; het is vooral nuttig voor polariseerbaar water.
Een groep referentieatomen, of een massamiddelpuntreferentie (optie -com) en een groep van
oplosmiddelatomen zijn vereist. Het programma splitst de groep oplosmiddelatomen in moleculen.
Voor elk oplosmiddelmolecuul de afstand tot het dichtstbijzijnde atoom in de referentiegroep of tot de
COM wordt bepaald. Een cumulatieve verdeling van deze afstanden wordt uitgezet. Voor elk
afstand tussen -min en -r max het inproduct van de afstandsvector en de dipool
van het oplosmiddelmolecuul wordt bepaald. Voor oplosmiddelmoleculen met netto lading (ionen) geldt de
de netto lading van het ion wordt gelijkmatig afgetrokken van alle atomen bij de selectie van elk ion.
Het gemiddelde van deze dipoolcomponenten wordt afgedrukt. Hetzelfde wordt gedaan voor de polarisatie,
waarbij de gemiddelde dipool wordt afgetrokken van de momentane dipool. De omvang van de
gemiddelde dipool wordt ingesteld met de optie -dip, wordt de richting bepaald door de vector van
het eerste atoom in de geselecteerde oplosmiddelgroep naar het middelpunt tussen de tweede en de
derde atoom.

OPTIES


Opties om invoerbestanden op te geven:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Traject: xtc TRR cpt gro g96 pdb tng

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Draagbaar xdr voer invoerbestand uit

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Optioneel)
Indexbestand

Opties om uitvoerbestanden te specificeren:

-o [<.xvg>] (scdist.xvg)
xvgr/xmgr-bestand

Andere opties:

-b (0)
Eerste frame (ps) om van traject te lezen

-e (0)
Laatste frame (ps) om van traject te lezen

-DT (0)
Gebruik frame alleen als t MOD dt = eerste keer (ps)

-[nu (Nee)
Uitvoer bekijken .xvg, .xpm, .eps en .pdb bestanden

-xvg
xvg-plotopmaak: xmgrace, xmgr, geen

-[geen]com (Nee)
Gebruik het massamiddelpunt als referentiepositie

-hervetten (1)
Het referentieatoom van het oplosmiddelmolecuul

-min (0)
Maximale afstand (nm)

-r max (0.32)
Maximale afstand (nm)

-dip (0)
De gemiddelde dipool (D)

-bw (0.01)
De bakbreedte

Gebruik gmx-spol online met behulp van onworks.net-services


Gratis servers en werkstations

Windows- en Linux-apps downloaden

  • 1
    DivFix + +
    DivFix + +
    DivFix++ is van jou AVI video reparatie en
    preview-software. Het is ontworpen voor reparatie
    en voorbeeldbestanden die worden gedownload
    van ed2k(emule), torrent, gnutella, ftp...
    DivFix++ downloaden
  • 2
    JBoss-gemeenschap
    JBoss-gemeenschap
    Door de gemeenschap aangestuurde projecten met de
    nieuwste innovaties voor cutting edge
    apps. Ons vlaggenschipproject JBoss AS is
    de toonaangevende Open Source,
    normconform...
    JBoss-community downloaden
  • 3
    Django Filer
    Django Filer
    django Filer is een bestandsbeheerprogramma
    applicatie voor django die maakt
    omgaan met bestanden en afbeeldingen een fluitje van een cent.
    django-filer is een bestandsbeheerprogramma
    aanvraag voor djang...
    Django filer downloaden
  • 4
    xCAT
    xCAT
    Toolkit voor extreem clusterbeheer.
    xCAT is een schaalbaar clusterbeheer
    en inrichtingstool die biedt
    hardwarecontrole, detectie en besturingssysteem
    schijf vol/di...
    XCAT downloaden
  • 5
    Psi
    Psi
    Psi is platformonafhankelijke krachtige XMPP
    client ontworpen voor ervaren gebruikers.
    Er zijn builds beschikbaar voor MS
    Windows, GNU/Linux en macOS.. Publiek:
    Eindgebruikers...
    Psi downloaden
  • 6
    Blobbyvolley 2
    Blobbyvolley 2
    Officiële voortzetting van de beroemde
    Blobby Volley 1.x arcadespel..
    Doelgroep: eindgebruikers/desktop. Gebruiker
    interface: OpenGL, SDL. Programmering
    Taal: C++, Lua. C...
    Blobbyvolley 2 downloaden
  • Meer "

Linux-commando's

Ad