Dit is de opdracht gmx-spol die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
gmx-spol - Analyseer dipooloriëntatie en polarisatie van oplosmiddelen rond opgeloste stoffen
KORTE INHOUD
gmx-spol [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-DT ] [-[nu]
[-xvg ] [-[geen]com] [-hervetten ] [-min ]
[-r max ] [-dip ] [-bw ]
PRODUCTBESCHRIJVING
gmx geslacht analyseert dipolen rond een opgeloste stof; het is vooral nuttig voor polariseerbaar water.
Een groep referentieatomen, of een massamiddelpuntreferentie (optie -com) en een groep van
oplosmiddelatomen zijn vereist. Het programma splitst de groep oplosmiddelatomen in moleculen.
Voor elk oplosmiddelmolecuul de afstand tot het dichtstbijzijnde atoom in de referentiegroep of tot de
COM wordt bepaald. Een cumulatieve verdeling van deze afstanden wordt uitgezet. Voor elk
afstand tussen -min en -r max het inproduct van de afstandsvector en de dipool
van het oplosmiddelmolecuul wordt bepaald. Voor oplosmiddelmoleculen met netto lading (ionen) geldt de
de netto lading van het ion wordt gelijkmatig afgetrokken van alle atomen bij de selectie van elk ion.
Het gemiddelde van deze dipoolcomponenten wordt afgedrukt. Hetzelfde wordt gedaan voor de polarisatie,
waarbij de gemiddelde dipool wordt afgetrokken van de momentane dipool. De omvang van de
gemiddelde dipool wordt ingesteld met de optie -dip, wordt de richting bepaald door de vector van
het eerste atoom in de geselecteerde oplosmiddelgroep naar het middelpunt tussen de tweede en de
derde atoom.
OPTIES
Opties om invoerbestanden op te geven:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Traject: xtc TRR cpt gro g96 pdb tng
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Draagbaar xdr voer invoerbestand uit
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Optioneel)
Indexbestand
Opties om uitvoerbestanden te specificeren:
-o [<.xvg>] (scdist.xvg)
xvgr/xmgr-bestand
Andere opties:
-b (0)
Eerste frame (ps) om van traject te lezen
-e (0)
Laatste frame (ps) om van traject te lezen
-DT (0)
Gebruik frame alleen als t MOD dt = eerste keer (ps)
-[nu (Nee)
Uitvoer bekijken .xvg, .xpm, .eps en .pdb bestanden
-xvg
xvg-plotopmaak: xmgrace, xmgr, geen
-[geen]com (Nee)
Gebruik het massamiddelpunt als referentiepositie
-hervetten (1)
Het referentieatoom van het oplosmiddelmolecuul
-min (0)
Maximale afstand (nm)
-r max (0.32)
Maximale afstand (nm)
-dip (0)
De gemiddelde dipool (D)
-bw (0.01)
De bakbreedte
Gebruik gmx-spol online met behulp van onworks.net-services