gmx-tcaf - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

gmx-tcaf - Bereken de viscositeit van vloeistoffen

KORTE INHOUD

gmx tcaf [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-ot [<.xvg>]] [-oa [<.xvg>]] [-o [<.xvg>]] [-van [<.xvg>]]
[-oc [<.xvg>]] [-ov [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[nu] [-xvg ] [-[geen]mol] [-[geen]k34]
[-gew ] [-acflen ] [-[nee]normaliseren] [-P ]
[-fitfn ] [-beginnen ] [-eindfit ]

PRODUCTBESCHRIJVING

gmx tcafé berekent transversale huidige autocorrelaties. Deze worden gebruikt om de waarde te schatten
afschuifviscositeit, eta. Voor details zie: Palmer, Phys. Rev. E 49 (1994), blz. 359-366.

Dwarsstromen worden berekend met behulp van de k-vectoren (1,0,0) en (2,0,0), elk ook in
de y- En z-richting, (1,1,0) en (1,-1,0) elk ook in de 2 andere vlakken (deze
vectoren zijn niet onafhankelijk) en (1,1,1) en de 3 andere doosdiagonalen (ook niet
onafhankelijk). Voor elke k-vector worden de sinus en cosinus gebruikt, in combinatie met de
snelheid in 2 loodrechte richtingen. Dit geeft een totaal van 16*2*2=64 dwars
stromingen. Voor elke k-vector wordt één autocorrelatie berekend, wat 16 oplevert
TCAF's. Elk van deze TCAF's is aangepast aan f(t) = exp(-v)(cosh(Wv) + 1/W sinh(Wv)), v = -t/(2
tau), W = sqrt(1 - 4 tau eta/rho k^2), wat 16 waarden van tau en eta oplevert. De pasvorm
gewichten vervallen exponentieel met de tijdconstante w (gegeven met -gew) als exp(-t/w), en de
TCAF en fit worden berekend tot tijdstip 5*w. De eta-waarden moeten worden aangepast aan 1 - a
eta(k) k^2, waaruit men de afschuifviscositeit bij k=0 kan schatten.

Wanneer de doos kubusvormig is, kan men de optie gebruiken -oc, wat het gemiddelde is van de TCAF's over het geheel genomen
k-vectoren met dezelfde lengte. Dit resulteert in nauwkeurigere TCAF's. Zowel de kubieke
TCAF's en passingen zijn geschreven -oc Er wordt ook naar de kubieke eta-schattingen geschreven -ov.

Met optie -mol, wordt de dwarsstroom bepaald op basis van moleculen in plaats van atomen. In
in dit geval moet de indexgroep bestaan ​​uit molecuulnummers in plaats van atoomnummers.

De k-afhankelijke viscositeiten in de -ov bestand moet worden aangepast aan eta(k) = eta_0 (1 - ak^2)
om de viscositeit bij oneindige golflengte te verkrijgen.

Opmerking: zorg ervoor dat je coördinaten en snelheden vaak genoeg schrijft. De initiële,
niet-exponentieel, een deel van de autocorrelatiefunctie is erg belangrijk voor het verkrijgen van a
past goed.

OPTIES

Opties om invoerbestanden op te geven:

-f [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr)
Volledig precisietraject: TRR cpt tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Optioneel)
Structuur+massa(db): TPR gro g96 pdb br ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Optioneel)
Indexbestand

Opties om uitvoerbestanden te specificeren:

-ot [<.xvg>] (transcur.xvg) (Optioneel)
xvgr/xmgr-bestand

-oa [<.xvg>] (tcaf_all.xvg)
xvgr/xmgr-bestand

-o [<.xvg>] (tcaf.xvg)
xvgr/xmgr-bestand

-van [<.xvg>] (tcaf_fit.xvg)
xvgr/xmgr-bestand

-oc [<.xvg>] (tcaf_cub.xvg) (Optioneel)
xvgr/xmgr-bestand

-ov [<.xvg>] (visc_k.xvg)
xvgr/xmgr-bestand

Andere opties:

-b (0)
Eerste frame (ps) om van traject te lezen

-e (0)
Laatste frame (ps) om van traject te lezen

-DT (0)
Gebruik frame alleen als t MOD dt = eerste keer (ps)

-[nu (Nee)
Uitvoer bekijken .xvg, .xpm, .eps en .pdb bestanden

-xvg
xvg-plotopmaak: xmgrace, xmgr, geen

-[geen]mol (Nee)
Bereken TCAF van moleculen

-[geen]k34 (Nee)
Gebruik ook k=(3,0,0) en k=(4,0,0)

-gew (5)
Exponentiële vervaltijd voor de TCAF-fitgewichten

-acflen (-1)
Lengte van de ACF, standaard is de helft van het aantal frames

-[nee]normaliseren (Ja)
ACF normaliseren

-P (0)
Order of Legendre polynoom voor ACF (0 geeft niets aan): 0, 1, 2, 3

-fitfn (Geen)
Fit-functie: geen, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-beginnen (0)
Tijd waar de exponentiële aanpassing van de correlatiefunctie moet beginnen

-eindfit (-1)
Tijd waar de exponentiële fit van de correlatiefunctie moet eindigen, -1 is tot de
einde

Gebruik gmx-tcaf online met behulp van onworks.net-services