Dit is de opdracht gt-orfinder die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
gt-orfinder - Identificeert ORF's (open leesramen) in sequenties.
KORTE INHOUD
gt zoeker [optie ...] [indexnaam] [GFF3_file ...]
PRODUCTBESCHRIJVING
-soorten
Specificeer regio's die moeten worden doorzocht voor open leesramen, bijv
LTR_retrotransposon
-allofs [ja|nee]
zoeken naar alle ORF's in plaats van alleen de langste (standaard: nee)
- min [waarde]
minimale lengte van ORF (standaard: 30)
-max [waarde]
maximale lengte van ORF (standaard: 10000)
-v [ja|nee]
uitgebreid zijn (standaard: nee)
-o [bestandsnaam]
output omleiden naar gespecificeerd bestand (standaard: niet gedefinieerd)
-gzip [ja|nee]
schrijf gzip gecomprimeerd uitvoerbestand (standaard: nee)
-bzip2 [ja|nee]
schrijf bzip2 gecomprimeerd uitvoerbestand (standaard: nee)
-dwingen [ja|nee]
geforceerd schrijven naar uitvoerbestand (standaard: nee)
-seqbestand [bestandsnaam]
stel het sequentiebestand in waaruit de sequenties moeten worden gehaald (standaard: niet gedefinieerd)
-encseq [bestandsnaam]
stel de gecodeerde sequentie-indexnaam in waaruit de sequenties moeten worden gehaald (standaard:
ongedefinieerd)
-seqbestanden
stel de sequentiebestanden in waaruit de functies moeten worden geëxtraheerd gebruik -- om de lijst te beëindigen
van sequentiebestanden
-matchbeschrijving [ja|nee]
zoek in de sequentiebeschrijvingen van de invoerbestanden naar de gewenste sequentie-ID's (in
GFF3), de eerste wedstrijd rapporteren (standaard: nee)
-matchdescstart [ja|nee]
exact overeenkomen met de sequentiebeschrijvingen uit de invoerbestanden voor de gewenste sequentie
ID's (in GFF3) van het begin tot de eerste witruimte (standaard: nee)
-gebruikdesc [ja|nee]
gebruik sequentiebeschrijvingen om de sequentie-ID's (in GFF3) toe te wijzen aan de werkelijke sequentie
inzendingen. Als een beschrijving een reeksreeks bevat (bijv. III:1000001..2000000), wordt de
eerste deel wordt gebruikt als sequentie-ID (III) en de eerste bereikpositie als offset
(1000001) (standaard: nee)
-regiotoewijzing [snaar]
stel een bestand in dat sequentie-regio naar sequentiebestandstoewijzing bevat (standaard: niet gedefinieerd)
-Help
help weergeven en afsluiten
-versie
versie-informatie weergeven en afsluiten
RAPPORTAGE BUGS
Rapporteer bugs aan[e-mail beveiligd]>.
Gebruik gt-orffinder online met behulp van onworks.net-services
