hmm2search - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

hmm2search - doorzoek een sequentiedatabase met een profiel HMM

KORTE INHOUD

hmm2zoeken [Opties] hmmbestand volgbestand

PRODUCTBESCHRIJVING

hmm2zoeken leest een HMM uit hmmbestand en zoekopdrachten volgbestand voor aanzienlijk vergelijkbaar
reeksovereenkomsten.

volgbestand wordt eerst gezocht in de huidige werkmap en vervolgens in een map
genoemd door de omgevingsvariabele BLASTDB. Hierdoor kunnen gebruikers bestaande BLAST-databases gebruiken,
als BLAST is geconfigureerd voor de site.

hmm2zoeken Het kan minuten of zelfs uren duren, afhankelijk van de grootte van de reeks
database. Het is een goed idee om de uitvoer naar een bestand om te leiden.

De uitvoer bestaat uit vier secties: een gerangschikte lijst met de best scorende reeksen, a
gerangschikte lijst met de best scorende domeinen, afstemmingen voor alle best scorende domeinen, en
een histogram van de scores. Een reeksscore kan hoger zijn dan een domeinscore voor de
dezelfde reeks als er meer dan één domein in de reeks aanwezig is; de reeksscore neemt
rekening houden met alle domeinen. Alle reeksen scoren boven de -E en -T afsnijdingen worden getoond
dan in de eerste lijst elk domein gevonden in deze lijst wordt weergegeven in de tweede lijst van
domeinhits. Indien gewenst kunnen ook E-waarde- en bitscoredrempels worden toegepast op de
domeinlijst met behulp van de --koepel en --domT opties.

OPTIES

-h Korte hulp afdrukken; inclusief versienummer en overzicht van alle opties, inclusief
deskundige opties.

-A Beperkt de uitlijningsuitvoer tot de best scorende domeinen. -A0 sluit de
uitlijningsuitvoer en kan worden gebruikt om de grootte van uitvoerbestanden te verkleinen.

-E Stel de E-waardegrens voor de per reeks gerangschikte trefferlijst in op , WAAR is een
positief reëel getal. De standaardwaarde is 10.0. Hits met E-waarden beter dan (minder
dan) wordt deze drempel weergegeven.

-T Stel de bitscore-cutoff voor de per reeks gerangschikte trefferlijst in op , WAAR is
een reëel getal. De standaardwaarde is negatief oneindig; standaard is de drempelwaarde
gecontroleerd door E-waarde en niet door bitscore. Hits met bit scoren beter dan
(groter dan) deze drempel wordt weergegeven.

-Z Bereken de E-waardescores alsof we een reeksdatabase hadden gezien
opeenvolgingen. De standaardwaarde is het aantal reeksen dat in uw databasebestand wordt gezien
.

EXPERT OPTIES

--comp
Gebruik het uitvoerformaat van HMMER 2.1.1, de openbare release van 1998-2001; mits zo
2.1.1-parsers hoeven niet herschreven te worden.

--processor
Stelt het maximale aantal CPU's in waarop het programma kan worden uitgevoerd. De standaard is om te gebruiken
alle CPU's in de machine. Overschrijft de omgevingsvariabele HMMER_NCPU. Alleen
heeft invloed op schroefdraadversies van HMMER (de standaard op de meeste systemen).

--cut_ga
Gebruik Pfam GA-scorelimieten (verzameldrempel). Equivalent aan --globT
--domT , maar de GA2- en GA1-cutoffs worden uit het HMM-bestand gelezen. hmm2bouwen
plaatst deze grenswaarden daar als het uitlijningsbestand geannoteerd was in een Pfam-vriendelijk bestand
uitlijningsformaat (uitgebreid SELEX- of Stockholm-formaat) en het optionele GA
annotatieregel aanwezig was. Als deze grenswaarden niet zijn ingesteld in het HMM-bestand, --cut_ga
werkt niet.

--cut_tc
Gebruik Pfam TC-scorelimieten (trusted cutoff). Equivalent aan --globT --domT
, maar de TC2- en TC1-cutoffs worden uit het HMM-bestand gelezen. hmm2build plaatst deze
cutoffs daar als het uitlijningsbestand was geannoteerd in een Pfam-vriendelijke uitlijning
formaat (uitgebreid SELEX- of Stockholm-formaat) en de optionele TC-annotatieregel was
cadeau. Als deze grenswaarden niet zijn ingesteld in het HMM-bestand, --cut_tc werkt niet.

--cut_nc
Gebruik Pfam NC-scorelimieten (noise cutoff). Equivalent aan --globT --domT ,
maar de NC1- en NC2-cutoffs worden uit het HMM-bestand gelezen. hmm2build plaatst deze
cutoffs daar als het uitlijningsbestand was geannoteerd in een Pfam-vriendelijke uitlijning
formaat (uitgebreid SELEX- of Stockholm-formaat) en de optionele NC-annotatieregel was
cadeau. Als deze grenswaarden niet zijn ingesteld in het HMM-bestand, --cut_nc werkt niet.

--koepel
Stel de E-waardegrens voor de per domein gerangschikte hitlijst in op , WAAR is een
positief reëel getal. De standaardwaarde is oneindig; standaard zijn alle domeinen in de
sequenties die de eerste drempel hebben overschreden, worden dus in de tweede lijst gerapporteerd
dat het aantal domeinen dat in de lijst per sequentie wordt gerapporteerd consistent is met de
nummer dat in de lijst per domein verschijnt.

--domT
Stel de bitscore-cutoff voor de per domein gerangschikte hitlijst in op , WAAR is een
echt nummer. De standaardwaarde is negatief oneindig; standaard zijn alle domeinen in de
sequenties die de eerste drempel hebben overschreden, worden dus in de tweede lijst gerapporteerd
dat het aantal domeinen dat in de lijst per sequentie wordt gerapporteerd consistent is met de
nummer dat in de lijst per domein verschijnt. belangrijk Opmerkingen: slechts één domein in a
De volgorde wordt absoluut bepaald door deze parameter, of door --domT. de tweede en
daaropvolgende domeinen in een reeks hebben de facto een bitscoredrempel van 0 omdat
van de details van hoe HMMER werkt. HMMER vereist ten minste één doorgang door de
hoofdmodel per reeks; om meer dan één pas te doen (meer dan één domein) de
uitlijning met meerdere domeinen moet een betere score hebben dan uitlijning met één domein,
en daarom moeten de extra domeinen een positieve score bijdragen. Zie de Gebruikershandleiding
voor meer informatie.

--naar voren
Gebruik het Forward-algoritme in plaats van het Viterbi-algoritme om de per-
reeksscores. Scores per domein worden nog steeds bepaald door het Viterbi-algoritme.
Sommigen hebben betoogd dat Forward een gevoeliger algoritme is voor het detecteren op afstand
sequentiehomologen; mijn experimenten met HMMER hebben dit echter niet bevestigd.

--informeren
Beweer dat de invoer volgbestand is in formaat ; voer het Babelfish-formaat niet uit
automatische detectie. Dit verhoogt de betrouwbaarheid van het programma enigszins, omdat de
Babelfish kan fouten maken; bijzonder aanbevolen voor onbeheerde, hoog-
doorvoerruns van HMMER. Geldige formaatreeksen zijn onder meer FASTA, GENBANK, EMBL, GCG,
PIR, STOCKHOLM, SELEX, Artsen zonder Grenzen, CLUSTAL en PHYLIP. Zie de gebruikershandleiding voor a
complete lijst.

--nul2
Schakel het post-hoc tweede nulmodel uit. Standaard wordt elke uitlijning opnieuw gescoord
een nabewerkingsstap die rekening houdt met mogelijke vertekende compositie in beide
de HMM of de doelsequentie. Dit is bijna essentieel bij zoekopdrachten in databases,
vooral met lokale uitlijningsmodellen. Er is een zeer kleine kans dat dit het geval is
nabewerking kan echte overeenkomsten verwijderen, en in deze gevallen --nul2 kan verbeteren
gevoeligheid ten koste van het verminderen van de specificiteit door een vertekend beeld van de samenstelling
slaat door.

--pvm Draaien op een parallelle virtuele machine (PVM). De PVM moet al actief zijn. De
klantenprogramma hmm2search-pvm moet op alle PVM-knooppunten worden geïnstalleerd. Optioneel PVM
ondersteuning moet in HMMER zijn gecompileerd.

--xnu Schakel XNU-filtering van doeleiwitsequenties in. Heeft geen effect op nucleïnezuur
opeenvolgingen. Bij proefexperimenten werd --xnu lijkt minder goed te presteren dan de
standaard post-hoc null2-model.

Gebruik hmm2search online met behulp van onworks.net-services