Dit is de opdracht indigo-deco die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
indigo-deco - molecuul scaffold detectie en R-groep deconvolutie
KORTE INHOUD
indigo-deco bestanden [parameters]
indigo-deco -h
PRODUCTBESCHRIJVING
indigo-deco voert molecuulsteigerdetectie en R-groepdeconvolutie uit. Geaccepteerd
formaten zijn: Molfile, SDFile, RDFile, SMILES en CML.
OPTIES
indigo-deco accepteert de volgende parameters.
-h Help-bericht afdrukken
-a Bereken geschatte steiger (standaard is exact)
-s
Schrijf maximaal gevonden steiger naar molfile
-S
Schrijf alle gevonden steigers naar SD-bestand
-l
Geen steiger berekenen, maar laden uit bestand
-sr
Schrijf een scaffold met R-sites naar een bestand
-o
Schrijf resulterende gemarkeerde moleculen naar bestand
-r
Schrijf resulterende moleculen met gescheiden r-groepen naar een bestand
aangemaakt Geen aromatische overweging
-- Markeert het einde van opties
Voorbeelden
indigo-deco *.mol -o hl.sdf -s scaf.sdf
Lees moleculen uit molfiles in de huidige directory, sla maximaal gevonden scaffold op
naar scaf.mol en de gemarkeerde moleculen opslaan in hl.sdf.
indigo-deco structuur.mol veel.sdf -s scaf.mol -S allscafs.sdf -r rg.sdf
Lees één molecuul uit structure.mol en meerdere moleculen uit many.sdf, opslaan
moleculen met r-rgoups naar rg.sdf en sla alle gevonden steigers op naar allscafs.sdf.
indigo-deco *.smi -d readyscaf.mol -o hl.sdf
Lees meerdere moleculen uit elk SMILES-bestand in de huidige map, lees
scaffold van readyscaf.mol en sla gemarkeerde moleculen op in hl.sdf.
Gebruik indigo-deco online met onworks.net-services