icress - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

ipcress - In-silico PCR-experimentsimulatiesysteem

KORTE INHOUD

icres [ opties ] <primer bestand> <sequence paden>

PRODUCTBESCHRIJVING

icres is de In-silico PCR Eexperiment Simulatie Ssysteem.

Dit is een hulpmiddel voor het simuleren van PCR-experimenten. U levert een bestand met primers aan
en een reeks sequenties, en het voorspelt PCR-producten.

Ipcress is vergelijkbaar met het e-PCR-programma van de NCBI, maar is veel sneller en niet
last hebben van problemen bij het identificeren van overeenkomsten wanneer er ambiguïteitssymbolen in de buurt van primer zijn
eindigt.

Als u veel primerparen samen levert, simuleert ipcress de PCR-experimenten in
parallel, waardoor genoombrede simulatie van grote aantallen experimenten mogelijk is. Het gebruikt veel
bibliotheken uit de zuiveren sequentievergelijkingstool.

INVOER FORMAT

De invoer voor ipcress is een eenvoudig door witruimtes gescheiden bestand dat één experiment per experiment beschrijft
lijn. Elke regel bevat de volgende 5 velden:

id Een ID voor dit experiment
primer_A Volgorde voor de eerste primer
primer_B Volgorde voor de tweede primer
min_product_len Minimale productlengte om te rapporteren
max_product_len Maximale productlengte om te rapporteren

Hier is een voorbeeldregel in dit formaat:

ID0001 CATGCATGCATGCCGATGCANGCATGCT 900 1100

OUTPUT FORMAT

Het uitvoerformaat beschrijft één PCR-product per regel,
en wordt voorafgegaan door "ipcress:", gevolgd door de volgende 11 velden:

volgorde_id De sequentie-ID
experiment_id De PCR-experiment-id
product_lengte De lengte van het PCR-product
primer_5 De 5'-primer (A of B)
pos_5 Positie van de 5'-primer
mismatch_5 Aantal misparingen op 5'-primer
primer_3 |
pos_3 | Dezelfde velden voor de 3'-primer
mismatch_3 |
beschrijving Een beschrijving van het PCR-product

Het beschrijvingsveld is een van de volgende 4 strings:

vooruit Normaal product, primer A gevolgd door B
revcomp Normaal product, primer B gevolgd door A
enkele_A Slecht product alleen gegenereerd door primer_A
enkele_B Slecht product alleen gegenereerd door primer_B

Er wordt ook een voor mensen leesbare uitvoer weergegeven, die niet is ontworpen voor parsing (zie:
--mooi hieronder).

ALGEMEEN OPTIES

De meeste argumenten hebben korte en lange vormen. De lange vormen
zijn waarschijnlijk stabieler in de loop van de tijd en moeten daarom worden gebruikt in scripts die
bel icres.

-h | --korte hulp
Hulp laten zien. Dit toont een beknopte samenvatting van de beschikbare opties, standaardinstellingen
en waarden die momenteel zijn ingesteld.

--help
Dit toont alle helpopties, inclusief de standaardinstellingen, de momenteel ingestelde waarde,
en de omgevingsvariabele die kan worden gebruikt om elke parameter in te stellen. Er zal
een indicatie zijn van welke opties verplicht zijn. Verplichte opties hebben geen
default, en er moet een waarde worden opgegeven om ipcress te laten werken. Indien verplichte opties
volgorde worden gebruikt, kunnen hun vlaggen worden overgeslagen vanaf de opdrachtregel (zie voorbeelden
onderstaand). In tegenstelling tot deze man-pagina, zal de informatie van deze optie altijd beschikbaar zijn
tot nu toe met de nieuwste versie van het programma.

-v | --versie
Geef het versienummer weer. Geeft ook andere informatie weer, zoals de bouwdatum
en glib-versie gebruikt.

FILE INVOER OPTIES

-i | --invoer
PCR-experimentgegevens in het hierboven beschreven ipcress-bestandsformaat.

-s | --volgorde
Specificeer de reeksen. Hier kunnen meerdere bestanden worden opgegeven, wat de FSM vermindert
het bouwen van overhead, en zorgt ervoor dat ipcress sneller werkt dan het uitvoeren van het proces
afzonderlijk.

IPCRESS PARAMETERS

-m | --mismatch
Specificeer het aantal toegestane mismatches per primer. Het toestaan ​​van mismatches vermindert
de snelheid van het programma als een grote primer buurt moet worden gebouwd, en
voorafgaand aan elke scan van de reeks kunnen minder experimenten in het geheugen worden geplaatst
databases.

-M | --geheugen
Geef de hoeveelheid geheugen op die het programma moet gebruiken. Hoe meer geheugen gemaakt
beschikbare ipcress, hoe sneller het zal lopen, naarmate er meer PCR-experimenten kunnen worden uitgevoerd
bij elke scan van de sequentiedatabases. Dit omvat niet het geheugen dat wordt gebruikt tijdens
de scan (voor het opslaan van deelresultaten en sequenties), dus de werkelijke hoeveelheid
gebruikt geheugen zal iets hoger zijn.

-p | --zeer
Geef resultaten weer in een voor mensen leesbaar formaat, niet ontworpen voor parsing.

-P | --producten
Geef PCR-producten weer als een reeks in FASTA-formaat.

-S | --zaad
Specificeer de seed-lengte voor de woordbuurt voor de FSM. Indien ingesteld op nul,
de volledige primer wordt gebruikt. Kortere woorden verkleinen de buurt, maar
verhoog de tijd die ipcres nodig heeft om fout-positieve overeenkomsten te filteren.

MILIEU

Nog niet gedocumenteerd.

Voorbeelden

icres test.ipress volgorde.fasta
Dit is de eenvoudigste manier waarop icress kan worden gebruikt.
icres dbsts_human.ipcress --volgorde ncbi30/*.fasta --mismatch 1
Vergelijk een invoerbestand met een set fasta-bestanden, waarbij in elk één mismatch toegestaan ​​is
primer.

VERSIE

Deze documentatie vergezelt versie 2.2.0 van het vrijgestelde pakket.

Gebruik ipcress online met behulp van onworks.net-services