Dit is de opdracht kissplice die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
kissplice - detectie van polymorfismen in RNA-seq-gegevens.
KORTE INHOUD
kusspleet -h
kissplice [OPTIE] [-r LEESBESTANDEN]
PRODUCTBESCHRIJVING
Detecteert alternatieve splitsingsgebeurtenissen en andere soorten polymorfismen uit READFILES (in
FASTA- of FASTQ-formaat).
OPTIES
-H, --help
Toon dit helpbericht en sluit af.
-r LEESBESTANDEN
Voer fasta/q-leesbestanden in (meerdere, zoals "-r file1 -r bestand2...").
-k KVAL
k-mer-grootte (standaard=25).
-l LLMAX
Maximale lengte van het kortere pad (standaard: 2k-1).
-m LL_MIN
Minimale lengte van het kortere pad (standaard 2k-8).
-M UL_MAX
Maximale lengte van het langste pad (standaard 1000), overgeslagen exons langer dan UL_MAX
worden niet gerapporteerd.
-g GRAPH_PREFIX
Pad en voorvoegsel naar vooraf gebouwde de Bruijn-grafiek (achtervoegsel .edges/.nodes) indien gezamenlijk
gebruikt met -r, grafiek die wordt gebruikt om bellen te vinden en waarden die worden gebruikt voor kwantificering.
-o OUT_DIR
Pad om de resultaten op te slaan (standaard = ./results).
-d PATH_TO_TMP
Specifieke map (absoluut pad) waar tijdelijke bestanden moeten worden gebouwd (standaard
tijdelijke map, anders).
-t NBPROCS
Aantal kernen (moet <= aantal fysieke kernen zijn).
-s Voer geen SNP's uit (bespaart tijd).
-v Uitgebreide modus.
-u Bewaar het knooppunten/randenbestand voor onvoltooide bcc's.
-c MIN_COV
Gooi k-meren weg die strikt minder dan dit aantal keren aanwezig zijn in de
gegevensset. (standaard 2).
-C MIN_RELATIVE_COV
Gooi randen weg met een relatieve dekking onder MIN_RELATIVE_COV, uitgedrukt als a
percentage [0,1). (standaard 0.02).
-z GENOME_SIZE
Geschat aantal knooppunten in de De-Bruin-grafiek. (standaard = 1000000000).
-e MIN_EDIT_DIST
Classificeer als onnauwkeurige herhalingen van die bellen waarvan de bewerkingsafstand kleiner is
dan MIN_EDIT_DIST (standaard 3).
-y MAX_CYCLES
Maximaal aantal bellenopsommingen in elke bcc. Bij overschrijding wordt er geen bel geproduceerd
voor de bcc (standaard 10000).
--time-out TIME-OUT
De maximale hoeveelheid tijd (in seconden) die wordt besteed aan het opsommen van bellen in elke bcc. Als
overschreden, wordt er geen bel uitgevoerd voor de bcc (standaard 900).
--versie
Geef het versienummer van het programma weer en sluit af.
Gebruik kissplice online met behulp van onworks.net-services
