Dit is de opdracht macs2_bdgdiff die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
macs2_bdgdiff - Modelgebaseerde analyse voor ChIP-sequencing
PRODUCTBESCHRIJVING
gebruik: macs2 bdgdiff [-h] --t1 T1BDG --t2 T2BDG --c1 C1BDG --c2 C2BDG
[-C CUTOFF] [-l MINLEN] [-g MAXGAP] [--d1 DEPTH1]
[--d2 DEPTH2] [--uitdir UITDIR] (--o-voorvoegsel OPREFIX | -o OFILE OFILE OFILE)
optioneel argumenten:
-h, --help
toon dit helpbericht en sluit af
--t1 T1BDG
MACS pileup bedGraph voor conditie 1. Incompatibel met callpeak --SPMR uitgang.
VERPLICHT
--t2 T2BDG
MACS pileup bedGraph voor conditie 2. Incompatibel met callpeak --SPMR uitgang.
VERPLICHT
--c1 C1BDG
MACS control lambda bedGraph voor conditie 1. Incompatibel met callpeak --SPMR
uitgang. VEREIST
--c2 C2BDG
MACS control lambda bedGraph voor conditie 2. Incompatibel met callpeak --SPMR
uitgang. VEREIST
-C AFSNIJDEN, --afsnijden AFSNIJDEN
logLR-grenswaarde. STANDAARD: 3 (waarschijnlijkheidsratio=1000)
-l MILEN, --min-len MIJNEN
Minimale lengte van het differentiële gebied. Probeer een grotere waarde om kleine regio's te verwijderen.
STANDAARD: 200
-g MAXGAP, --max-opening MAXGAP
Maximale opening om nabijgelegen differentiële regio's samen te voegen. Overweeg een grotere opening voor breed
merken. De maximale opening moet kleiner zijn dan de minimale lengte (-g). STANDAARD: 100
--d1 DIEPTE1, --diepte1 DIEPTE1
Sequentiediepte (# van niet-redundante uitlezingen in miljoen) voor voorwaarde 1. Dat zal zo zijn
gebruikt samen met --d2. Zie beschrijving voor --d2 hieronder voor hoe u ze kunt toewijzen.
Standaard: 1
--d2 DIEPTE2, --diepte2 DIEPTE2
Sequentiediepte (# van niet-redundante uitlezingen in miljoen) voor voorwaarde 2. Dat zal zo zijn
gebruikt samen met --d1. DEPTH1 en DEPTH2 worden gebruikt om de schaling te berekenen
factor voor elke steekproef, om een grotere steekproef terug te schalen naar het niveau van een kleinere.
Gebruik bijvoorbeeld bij het vergelijken van 10 miljoen voorwaarde 1 en 20 miljoen voorwaarde 2
--d1 10 --d2 20, dan wordt de waarde van de pileup in bedGraph voor voorwaarde 2 gedeeld door
2. Standaard: 1
--naar buiten BUITEN
Indien opgegeven, worden alle uitvoerbestanden naar die map geschreven. Standaard: de
huidige werkmap
--o-voorvoegsel OPPREFIX
Voorvoegsel uitvoerbestand. Werkelijke bestanden krijgen de naam PREFIX_cond1.bed,
PREFIX_cond2.bed en PREFIX_common.bed. Wederzijds exclusief met -o/--ofiel.
-o OFILE OFILE OFILE, --bestand OFILE OFILE OFIEL
Uitvoer bestandsnamen. Moet drie argumenten in volgorde geven: 1. bestand voor unieke regio's in
voorwaarde 1; 2. bestand voor unieke regio's in toestand 2; 3. bestand voor gemeenschappelijke regio's
in beide omstandigheden. Let op: sluit elkaar uit met --o-voorvoegsel.
Gebruik macs2_bdgdiff online met behulp van onworks.net-services
