Dit is de opdracht macs2_bdgopt die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
macs2_bdgopt - Modelgebaseerde analyse voor ChIP-sequencing
PRODUCTBESCHRIJVING
gebruik: macs2 bdgopt [-h] -i IFILE [-m {vermenigvuldigen,optellen,p2q}]
[-p [EXTRAPARAM [EXTRAPARAM ...]]] [--outdir OUTDIR] -o
OFIEL
optioneel argumenten:
-h, --help
toon dit helpbericht en sluit af
-i IFIEL, --ibestand IFIEL
MACS-score in bedGraph. Opmerking: dit moet een bedGraph-bestand zijn dat het VOLLEDIGE
genoom. VEREIST
-m {vermenigvuldigen,optellen,p2q}, --methode {vermenigvuldigen,optellen,p2q}
Methode om de scorekolom van het bedGraph-bestand te wijzigen. Beschikbare keuzes zijn:
vermenigvuldigen, optellen of p2q. 1) vermenigvuldig, het EXTRAPARAM is vereist en zal zijn
vermenigvuldigd met de scorekolom. Als u van plan bent de scorekolom door X te delen, gebruik dan
waarde van 1/X als EXTRAPARAM. 2) toevoegen, het EXTRAPARAM is vereist en zal worden toegevoegd
de scorekolom. Als u van plan bent de scorekolom met X af te trekken, gebruikt u de waarde van -X
als EXTRAPARAM. 3) p2q, dit converteert p-waardescores naar q-waardescores met behulp van
Benjamini-Hochberg-proces. Het EXTRAPARAM is niet vereist. Deze methode veronderstelt
de scores zijn -log10 p-waarde van MACS2. Alle andere soorten scores veroorzaken
onverwachte fouten.
-p [EXTRAPARAM [EXTRAPARAM ...]], --extra-param [EXTRAPARAM [EXTRAPARAM ...]]
De extra parameter voor METHODE. Controleer de details van -m optie.
--naar buiten BUITEN
Indien opgegeven, worden alle uitvoerbestanden naar die map geschreven. Standaard: de
huidige werkmap
-o OFIEL, --bestand OFIEL
Voer BEDGraph-bestandsnaam uit.
Gebruik macs2_bdgopt online met behulp van onworks.net-services
