macs2 - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

macs2 - macs2 - Modelgebaseerde analyse voor ChIP-sequencing

PRODUCTBESCHRIJVING

gebruik: macs2 [-h] [--versie]

{callpeak,bdgpeakcall,bdgbroadcall,bdgcmp,bdgopt,cmbreps,bdgdiff,filterdup,voorspeld,pileup,randsample,refinepeak}
...

macs2 -- Modelgebaseerde analyse voor ChIP-sequencing

positie- argumenten:
{callpeak,bdgpeakcall,bdgbroadcall,bdgcmp,bdgopt,cmbreps,bdgdiff,filterdup,voorspeld,pileup,randsample,refinepeak}

roeppiek
Belangrijkste MACS2-functie: oproeppieken van uitlijningsresultaten.

bdgpeakoproep
Oproeppieken van bedGraph-uitvoer. Opmerking: alle regio's op hetzelfde chromosoom in de
bedGraph-bestand moet continu zijn, dus alleen bedGraph-bestanden van MACS2 zijn:
acceptabel.

bdgbroadcall
Bel brede pieken van bedGraph-uitvoer. Opmerking: alle regio's op hetzelfde chromosoom in
het bedGraph-bestand moet continu zijn, dus alleen bedGraph-bestanden van MACS2 zijn:
acceptabel.

bdgcmp Trek ruis af door twee signaalsporen in bedGraph te vergelijken. Opmerking: alle regio's op de
hetzelfde chromosoom in het bedGraph-bestand moet continu zijn, dus alleen bedGraph-bestanden
van MACS2 zijn acceptabel.

bdgopt Bewerkingen op scorekolom van bedGraph-bestand. Opmerking: alle regio's op hetzelfde
chromosoom in het bedGraph-bestand moet continu zijn, dus alleen bedGraph-bestanden van
MACS2 is acceptabel.

cmbreps
Combineer BEDGraphs van scores van replica's. Opmerking: alle regio's op hetzelfde
chromosoom in het bedGraph-bestand moet continu zijn, dus alleen bedGraph-bestanden van
MACS2 is acceptabel.

bdgdiff
Differentiële piekdetectie op basis van gekoppelde vier bedgraph-bestanden. Opmerking: alle regio's
op hetzelfde chromosoom in het bedGraph-bestand moet continu zijn, dus alleen bedGraph
bestanden van MACS2 zijn accpetable.

filteren
Verwijder dubbele uitlezingen op dezelfde positie en converteer vervolgens het acceptabele formaat naar BED
formaat.

voorspeld
Voorspel d of fragmentgrootte uit uitlijningsresultaten. *Zal GEEN duplicaten filteren*

pileup Pileup uitgelijnd leest met een gegeven extensiegrootte (fragmentgrootte of d in MACS
taal). Merk op dat er geen stap is voor het filteren of rangschikken van dubbele leesbewerkingen
diepte schalen, dus het kan zijn dat u bepaalde pre-/postprocessing moet doen.

willekeurig voorbeeld
Willekeurig steekproefnummer/percentage van het totale aantal leesbewerkingen.

verfijnpeak
(Experimenteel) Neem onbewerkte leest uitlijning, verfijn piektoppen en geef scores
het meten van de balans van waston/crick-tags. Geïnspireerd door SP.

optioneel argumenten:
-h, --help
toon dit helpbericht en sluit af

--versie
toon het versienummer van het programma en sluit af

Typ voor opdrachtregelopties van elke opdracht: macs2 COMMAND -h

Macs2 online gebruiken met onworks.net-services