macs2_pileup - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

macs2_pileup - Modelgebaseerde analyse voor ChIP-sequencing

PRODUCTBESCHRIJVING

gebruik: macs2 stapeling [-h] -i IFILE [IFIL ...] -o UITVOERBESTAND [--uitmap OUTDIR]

[-f {AUTO,BAM,SAM,BED,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE}]
[-B] [--extsize EXTSIZE] [--uitgebreid uitgebreid]

optioneel argumenten:
-h, --help
toon dit helpbericht en sluit af

-i IFILE [IFILE ...], --ibestand IFILE [IFIL ...]
ChIP-seq uitlijningsbestand. Als er meerdere bestanden worden gegeven als '-t AB C', dan zullen ze
allemaal worden gelezen en gecombineerd. Merk op dat pair-end data hier niet mee zou moeten werken
opdracht. VERPLICHT.

-o UITVOERBESTAND, --bestand UITVOERBESTAND
Uitvoer bedGraph-bestandsnaam. Indien niet gespecificeerd, wordt naar standaarduitvoer geschreven.
VERPLICHT.

--naar buiten BUITEN
Indien opgegeven, worden alle uitvoerbestanden naar die map geschreven. Standaard: de
huidige werkmap

-f {AUTO,BAM,SAM,BED,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE}, --formaat
{AUTO,BAM,SAM,BED,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE}
Formaat van tagbestand, "AUTO", "BED" of "ELAND" of "ELANDMULTI" of "ELANDEXPORT" of
"SAM" of "BAM" of "BOWTIE". De standaard AUTO-optie laat 'macs2 Pileup' beslissen
welk formaat het bestand heeft. Controleer de definitie in het README-bestand als u ervoor kiest
ELAND/ELANDMULTI/ELANDEXPORT/SAM/BAM/BOWTIE. STANDAARD: "AUTO"

-B, --beide richtingen
Standaard wordt elke leesbewerking bij uitbreiding uitgebreid naar de stroomafwaartse richting
maat. Het is dus [0,grootte-1] (op 1 gebaseerd indexsysteem) voor plus streng lezen en
[-size+1,0] voor minus-strenguitlezing waarbij positie 0 het 5'-uiteinde van de uitgelijnde uitlezing is.
Standaardgedrag kan de MACS2-manier simuleren om ChIP-monsterlezingen waar op te stapelen
extensiegrootte wordt ingesteld als fragmentgrootte/d. Als deze optie is ingesteld op Aan, uitgelijnd
De lezingen zullen bij uitbreiding zowel in stroomopwaartse als stroomafwaartse richting worden uitgebreid
maat. Het betekent [-size,size] waarbij 0 het 5'-uiteinde is van een uitgelijnde lezing. Het kan
simuleert gedeeltelijk de MACS2-manier om controlegegevens op te stapelen. Echter MACS2 lokale bias
wordt berekend door het maximaliseren van de verwachte stapeling over een ChIP-fragmentgrootte/d
geschat op basis van 10 kb, 1 kb, d en volledige genoomachtergrond. STANDAARD: Onwaar

--vergroten EXTSIMAAT
De extensiegrootte in bps. Elke gelezen uitlijning wordt een EXTSIZE van een fragment,
dan opgestapeld worden. Controleer beschrijving voor -B voor details. Het is twee keer de ‘ploeggrootte’
in de oude MACSv1-taal. STANDAARD: 200

--uitgebreid UITGEBREID
Stel uitgebreid niveau in. 0: toon alleen kritieke melding, 1: toon aanvullende waarschuwing
bericht, 2: toon procesinformatie, 3: toon debug-berichten. Als je het wilt weten
waar zijn de dubbele waarden, gebruik 3. DEFAULT:2

Gebruik macs2_pileup online met behulp van onworks.net-services