Ad

OnWorks-favicon
EngelsFransDuitsItaliaansPortugeesRussianSpaans

maqview - Online in de cloud

Voer maqview uit in OnWorks gratis hostingprovider via Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator

Dit is het commando maqview dat kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator

PROGRAMMA:

NAAM


Maqview - Maq uitlijning indexer en viewer

KORTE INHOUD


maqindex -i|-v|-b [-c in.cns] in.map [chr[:begin[-einde]] [...]]

maqview [-c in.cns] in.map

BESCHRIJVING


Maqview is een reeks programma's die snelle willekeurige toegang tot het uitlijningsbestand bereikt
gegenereerd door `maar Q map', en geeft de uitlijning weer met een mooie GUI (Graphical User
Koppel). Het is zeer efficiënt in snelheid, geheugen en schijfgebruik. Maqview is gebaseerd op
OpenGL en het is bekend dat het op zowel Mac OS X als Linux werkt. Overzetten naar Windows is in principe
gemakkelijk.

maqindex
maqindex -i|-v|-b [-c in.cns] in.map [chr[:begin[-einde]] [...]]

-i Indexeer het uitlijningsbestand

-v Druk de uitlijning af in het opgegeven gebied in het `maq mapview'-formaat

-b Dump de uitlijning in het opgegeven gebied in de binaire .map-indeling

-c FILE Indexeer het Maq-consensusbestand om tegelijkertijd in maqview te bekijken

Programma maqindex indexeert een maq-uitlijningsbestand in.map of haalt snel alle gelezen in
een of meerdere regio's. Een van de -i, -v en -b moet gebruikt worden. Voor -v or -b, ten minste een
regio zoals `chrX', `chrX:1000' of `chrX:1,000-2,000' moet worden opgegeven. Meerdere regio's
zijn toegestaan.

maqview
maqview [-c in.cns] in.map

-c FILE Het Maq-consensusbestand

Programma maqview geeft de gelezen uitlijning weer in een grafisch venster. Wanneer in.cns is
gespecificeerd, is de bovenste sequentie de referentie, gevolgd door de Maq-consensussequentie;
anders wordt de meerderheidsconsensus berekend.

Maqview heeft twee weergaven: sequentieweergave en boxweergave. Lees in de reeksweergave reeksen
wordt op het scherm afgedrukt. Donkerdere basen duiden op lagere basiskwaliteiten en rode
toon de verschillen in vergelijking met de referentie als in.cns is opgegeven of aan de
consensus van de meerderheidsregel als dat niet het geval is. In de boxweergave zijn verschillende soorten nucleotiden:
weergegeven als kleurvakken met groen voor A, cyaan voor C, oranje voor G, rood voor T en donker
grijs voor N. De verzadiging van kleuren geeft de basiskwaliteiten en de diktelijnen aan
van leesbewerkingen toont de mapping-kwaliteiten van leesuitlijningen. In-/uitzoomen wordt alleen ondersteund
in de boxweergave. In beide weergaven toont de statusbalk onder aan het venster enkele
informatie over de toetsaanslagen, en lees namen en basiskwaliteiten die door de muis worden aangegeven.

Navigeren door de uitlijning wordt bereikt door verschillende sneltoetsen.

· Sneltoetsen:

? Help weergeven
Uitgang
Volgordeweergave
Boxweergave
p Naar de vorige referentiereeks gaan
n Naar de volgende referentiereeks gaan
r Vernieuwen

Ga naar de positie die wordt aangegeven door
H / Eén basis naar links verplaatsen
ik / Ga één basis naar rechts
k / Eén regel omhoog gaan
J / Eén regel naar beneden gaan
> Ga naar de volgende lees
< Ga naar de vorige gelezen
G / Naar het begin van de huidige referentie gaan
G / Naar het einde van de huidige referentie gaan
jij / Eén pagina naar links verplaatsen
/ Eén pagina naar rechts verplaatsen
Verplaats met 100 basen
Verplaats met 1000 basen

+ Voeg een nieuwe weergave toe
- De huidige weergave verwijderen

Automatisch scrollen naar rechts in-/uitschakelen
^b Schakel automatisch scrollen naar links in/uit
+ Inzoomen
- Uitzoomen
0 Zoom naar de standaardschaal
q Schakel toewijzingskwaliteiten weergeven/verbergen in
e Toggle display SE/PE mapping kwaliteiten
o Open een nieuw uitlijningsbestand

· Voer een geheel getal in en druk vervolgens op om naar de gewenste positie te springen.

· Voer een geheel getal in en druk vervolgens op een andere toets dan om het scrollen te versnellen door de
gespecificeerde factor.

· Klik met de linkermuisknop en sleep het gele kruis in het vierkant om langs de reeks te bewegen. Rechts
klik op de verwijzing om een ​​kolom te markeren.

Gebruik maqview online met onworks.net-services


Ad


Ad

Nieuwste Linux & Windows online programma's: