Dit is de opdrachtmatchere die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
matcher - Waterman-Eggert lokale uitlijning van twee sequenties
KORTE INHOUD
overeenkomst -een sequentie volgorde -volgorde volgorde [-data bestand Matrix] [-alternatieven geheel getal]
[-gapen geheel getal] [-gapeextend geheel getal] -uitbestand richten
overeenkomst -Help
PRODUCTBESCHRIJVING
overeenkomst is een commandoregelprogramma van EMBOSS (“the European Molecular Biology Open
softwarepakket"). Het maakt deel uit van de "Alignment:Local"-opdrachtgroep(en).
OPTIES
Invoer sectie
-een sequentie volgorde
-volgorde volgorde
-data bestand Matrix
Dit is het scorematrixbestand dat wordt gebruikt bij het vergelijken van reeksen. Standaard is het de
bestand 'EBLOSUM62' (voor eiwitten) of het bestand 'EDNAFULL' (voor nucleïnezuursequenties). Deze
bestanden zijn te vinden in de 'data' directory van de EMBOSS installatie.
Extra sectie
-alternatieven geheel getal
Dit stelt het aantal alternatieve matches in. Standaard alleen de hoogste
score-uitlijning wordt getoond. Een waarde van 2 geeft u andere redelijke uitlijningen. In
sommige gevallen, bijvoorbeeld multidomein-eiwitten van cDNA en genomische DNA-vergelijkingen,
er kunnen andere interessante en significante afstemmingen zijn. Standaardwaarde: 1
-gapen geheel getal
De gap penalty is de score die wordt weggenomen wanneer een gat wordt gecreëerd. De beste waarde hangt af
over de keuze van de vergelijkingsmatrix. De standaardwaarde van 14 gaat ervan uit dat u de gebruikt
EBLOSUM62-matrix voor eiwitsequenties, of een waarde van 16 en de EDNAFULL-matrix voor
nucleotide sequenties. Standaardwaarde: @($(acdproteïne)? 14: 16)
-gapeextend geheel getal
De klooflengte, of gap extension, penalty wordt opgeteld bij de standaard gap penalty for
elke base of residu in de opening. Dit is hoe lange onderbrekingen worden bestraft. Meestal zul je
verwacht een paar lange gaten in plaats van veel korte gaten, dus de boete voor het verlengen van de kloof
lager moet zijn dan de gap penalty. Een uitzondering is waar een of beide reeksen zijn
enkele reads met mogelijke sequencing-fouten, in welk geval je veel zou verwachten
enkele basisgaten. U kunt dit resultaat krijgen door de gap penalty in te stellen op nul (of zeer
laag) en het gebruik van de gap extension penalty om het scoren van gaps onder controle te houden. Standaardwaarde:
@($(acdproteïne)? 4 : 4)
uitgang sectie
-uitbestand richten
Matchere online gebruiken met onworks.net-services
