meryl - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

meryl - in- en out-of-core kmer-telling en hulpprogramma's

KORTE INHOUD

Het schatten geheugen eisen
meryl -P -m kmergrootte [-c #] [-p] -s volgende.fasta

meryl -P -m kmergrootte [-c #] [-p] -n koopman

Gebouw a tafel
meryl -B -m kmergrootte [-c #] [-p] [-v] [-f|-r|-C] [-L klein voorval] [-U maximaal voorkomen]
[-draden n | {-segmenten segmenten | -geheugen megabytes} [-configuratiebatch [-ge functienaam]]]
-s volgende.fasta -o tblvoorvoegsel

meryl -telbatch aantal [-sgebuild "qsuboptionstring"] -o tblvoorvoegsel

meryl -samenvoeging aantal [-sgemeer "qsuboptionstring"] -o tblvoorvoegsel

Uitvoerend operaties on a tafel
meryl -M operatie [-v] -s tblvoorvoegsel [-s tblvoorvoegsel2 ​ -o uitgang

Dumping a tafel
meryl -Dh -s tblvoorvoegsel

meryl -Dt -n minaantal -s tblvoorvoegsel

PRODUCTBESCHRIJVING

meryl berekent het kmer-gehalte van genomische sequenties. Kmer-inhoud wordt weergegeven als een
lijst met kmers en het aantal keren dat elk voorkomt in de invoerreeksen. De kmer kan zijn
beperkt tot alleen de voorwaartse kmer, alleen de omgekeerde kmer, of de canonieke kmer
(lexicografisch kleiner van de voorwaartse en achterwaartse kmer op elke locatie). Meryl wel
rapporteer het histogram van tellingen, de lijst met kmers en hun tellingen, of kan presteren
wiskundige en ingestelde bewerkingen op de verwerkte gegevensbestanden.

De uitvoer van meryl zijn twee binaire bestanden, een zogenaamde meryl-database, die snel kan zijn
gedumpt om een ​​histogram van tellingen of de werkelijke tellingen weer te geven. Er wordt een C++-bibliotheek meegeleverd
voor directe toegang tot de bestanden.

OPTIES

-P Schat de geheugenvereisten in. Gegeven een sequentiebestand (-s) of een bovengrens voor de
aantal mers in het bestand (-n), bereken de tabelgrootte (-t in build) om te minimaliseren
het geheugengebruik. Deze modus herkent de volgende opties:

-m # grootte van een mer (verplicht)

-c # homopolymeercompressie (optioneel)

-p posities inschakelen

-s volgende.fasta
Sequentiebestand dat moet worden gescand om het aantal mers te bepalen

-n # bereken params, uitgaande van een bestand met zoveel mers erin

slechts één van -s, -n hoeven te worden gespecificeerd. Als beide gegeven zijn, -s krijgt prioriteit.

-B Bereken de tabellen met meertellingen op basis van een reeksbestand (-s) en veel parameters. Door
standaard worden beide strengen verwerkt.

-f bouw alleen voor de voorste streng

-r bouw alleen voor de omgekeerde streng

-C gebruik canonieke mers (gaat uit van beide strengen)

-L # Bewaar GEEN mers die minder dan # keer voorkomen

-U # Bewaar GEEN mers die meer dan # keer voorkomen

-m # grootte van een mer (verplicht)

-c # homopolymeercompressie (optioneel)

-p posities inschakelen

-s volgende.fasta
volgorde waarvoor u de tabel wilt bouwen

-o tblvoorvoegsel
uitvoertabelvoorvoegsel

-v de gebruiker vermaken

De meryl proces kan in één grote geheugenbatch draaien, in veel kleine geheugenbatches,
of onder SGE-controle, allemaal met of zonder gebruik van meerdere CPU-kernen. Standaard,
de berekening wordt uitgevoerd als één groot opeenvolgend proces. Multi-threaded werking
is mogelijk, tegen extra geheugenkosten, evenals gesegmenteerde werking, tegen extra kosten
I/O-kosten.

Draad- operatie
Verdeel het tellen in n stukken van bijna gelijke grootte. Hiervoor wordt een extra gebruikt
h MB (vanaf -P) per draad.

-draden n
. n draadjes om op te bouwen

Gesegmenteerd, sequentiële operatie
Verdeel het tellen in stukken die in niet meer dan m MB passen
geheugen, of in n stukken van gelijke grootte. Elk stuk wordt opeenvolgend berekend,
en de resultaten worden aan het einde samengevoegd. Slechts één van -geheugen en -segmenten is
nodig.

-geheugen m
hoogstens gebruiken m MB geheugen per segment

-segmenten n
. n segmenten

Gesegmenteerd, batchgewijs operatie
Hetzelfde als sequentieel, behalve dat elk segment hierdoor handmatig kan worden uitgevoerd
parallel. Slechts één van -geheugen en -segmenten is nodig. Zie ook de
VOORBEELD sectie op deze pagina.

-geheugen m
hoogstens gebruiken m MB geheugen per segment

-segmenten n
. n segmenten

-configuratiebatch
maak de batches

-telbatch n
batchnummer uitvoeren n

-samenvoeging
voeg de batches samen

De batchmodus kan op het raster worden uitgevoerd.

-ge functienaam
unieke taaknaam voor deze uitvoering. Meryl zal vacatures met naam indienen
mpfunctienaam, ncfunctienaam, nmfunctienaam, voor fasen voorbereiden, tellen en samenvoegen.

-sgebuild "opties"

-sgemeer "opties"
eventuele extra opties qsub(1) (bijv. "-p -153 -pe draad 2 -A
merylaccount") NB - -N wordt genegeerd. Let op: citeer de
opties

-M Gegeven een lijst met tabellen, voert u een wiskundige, logische of drempelbewerking uit. Tenzij
opgegeven, nemen alle bewerkingen een willekeurig aantal databases in beslag. Wiskundige bewerkingen zijn:

Min count is het minimumaantal voor alle databases. Als de mer NIET bestaat in
alle databases, de mer heeft een nultelling en staat NIET in de uitvoer.

mijnbestaan
count is het minimumaantal voor alle databases die de mer bevatten

max count is het maximale aantal voor alle databases

toevoegen aantal is de som van de tellingen voor alle databases

beneden aantal is de eerste min de tweede (alleen binair)

abs aantal is de absolute waarde van de eerste min de tweede (alleen binair)

Logische bewerkingen zijn:

en levert meer op als het in alle databases voorkomt

nand levert meer op als het in ten minste één, maar niet in alle, databases voorkomt

or outputs mer iff het bestaat in ten minste één database

xor levert meer op als het in een oneven aantal databases voorkomt

Drempelbewerkingen zijn:

minder dan x
geeft mer als het aantal <x heeft

Minder dan of gelijk x
geeft mer als het aantal <= x heeft

groter dan x
geeft mer als het aantal > x heeft

groter dan of gelijk aan x
geeft mer als het aantal >= x heeft

gelijk x
geeft mer als het aantal == x heeft

Drempelbewerkingen werken op precies één database.

-s tblvoorvoegsel
. tblvoorvoegsel als databank

-o tblvoorvoegsel
maak deze uitvoer

-v de gebruiker vermaken

-D Dumptafel (niet al deze werken)

-DD Dump een histogram van de afstand tussen dezelfde meren.

-Dt Dumpmers >= een drempel. Gebruik -n om de drempel op te geven.

-DC Tel het aantal mers, verschillende mers en unieke mers.

-Dh Dump (naar standaard) een histogram van meertellingen.

-s Lees vanaf hier de teltabel (laat .mcdat of .mcidx weg).

VOORBEELD

Partij het aanmaken of a tafel
Initialiseer de computer met -configuratiebatch, waarvoor alle bouwopties nodig zijn. Voer alles uit
-telbatch banen dus -samenvoeging te voltooien.

meryl -configuratiebatch -B [Opties] -o filet
meryl -telbatch 0 -o filet
meryl -telbatch 1 -o filet
...
meryl -telbatch N -o filet
meryl -samenvoeging N -o filet

Gebruik meryl online met behulp van onworks.net-services